Но в экспедиции Лоувелла Фрэнсис не был ни капитаном, ни владельцем какого-либо из судов. На этот раз англичане захватили у берегов Африки пять португальских судов с невольниками и грузом воска и слоновой кости. Одно судно со слоновой костью и воском было отправлено в Англию, а четыре остальных, с рабами, ушли в Вест-Индию, где англичане повторили торговую операцию по обмену рабов на товары, заставив испанцев все же вступить с ними в торговый обмен. После реализации всех товаров в Англии Xокинс сумел организовать третью экспедицию, в которую отправились уже шесть кораблей.

Елизавета выделила в экспедицию два своих военных корабля: «Иисус из Любека», купленный еще ее отцом Генрихом VIII в Любеке 30 лет назад (большой корабль водоизмещением 700 тонн, вооруженный 22 тяжелыми и 42 легкими орудиями) и «Миньон» (водоизмещением 340 тонн). Первым командовал сам Xокинс, возглавивший экспедицию, а вторым – капитан Xэмптон. Кроме этих судов в экспедицию пошли небольшие суда «Уильям и Джон», «Ласточка», «Ангел» и «Юдифь». Барком «Юдифь» командовал его владелец, Фрэнсис Дрейк. Всего на кораблях, участвовавших в экспедиции, было 500 моряков.

Суда вышли из Плимута 2 октября 1567 года. На африканском берегу Xокинс воспользовался войной между негритянскими племенами. Он помог одной из сторон победить своих противников, а в награду ему отдали всех пленных (около 500 негров). Кроме того, была захвачена португальская каравелла, которой дали новое название «Божье благословение». В марте 1568 года суда Xокинса с живым товаром добрались до Антильских островов. Два судна – «Юдифь» и «Ангел» – он отправил торговать рабами к берегам Колумбии, а сам с остальными направился к побережью Венесуэлы (тогда приморские области этих стран назывались Новой Андалузией).

В небольшой гавани Рио-де-ла-Ача испанцы отказались от торговли и встретили Дрейка огнем орудий, но он не ушел с якорной стоянки. Через некоторое время туда подошел Xокинс, которому так и не удалось реализовать живой товар. Несчастные невольники, запертые в трюмах, гибли один за другим. Xокинс высадил десант в составе 200 моряков и опустошил Рио-де-ла-Ача. Жители успели убежать в окрестные леса. Xокинс отправил к ним своего посланника, который передал последнее требование пирата: если у него не купят всех черных рабов по сходной цене, то он сожжет город. Пришлось местным плантаторам согласиться и забрать оставшихся в живых невольников.

В Мексиканском заливе английские суда попали в сильный шторм. Особенно пострадал старый «Иисус из Любека». Xокинс направился в порт Сан-Xуан-де-Улоа, находившийся в 15 милях к югу от города Вера-Круз, из которого вывозилось в Испанию серебро, добываемое в рудниках Мексики. Через два дня в порт зашла испанская эскадра из 13 кораблей, предназначенная для охраны испанских судов, перевозивших из Америки в Испанию золото и серебро. Испанскую эскадру возглавлял новый вице-король Мексики Мартин Энрикес.

В порт были стянуты испанские войска, и испанцы попытались захватить английские корабли, несмотря на подписанное Xокинсом с вице-королем соглашение об обеспечении безопасности англичан и возможности их свободного ухода из гавани. Англичанам удалось орудийным выстрелом взорвать пороховой погреб на испанском вице-адмиральском корабле. При этом погибло до 300 испанцев. В маленькой гавани (шириной всего в полмили) шел бой между 20 кораблями. У англичан были потоплены «Ангел» и «Ласточка». Судно «Божье благословение» было сильно повреждено. Корабль зажгли и направили в сторону испанских судов. Испанцы потеряли четыре корабля.

Большой ущерб испанцам нанесла артиллерия «Иисуса», которой командовал сам Xокинс. Во время особенно ожесточенного обстрела он послал своего слугу за пивом. Выпив пива из серебряного кубка, Xокинс поставил его на ограждение фальшборта. И кубок был сбит испанским ядром. Xокинс крикнул своим артиллеристам:

– Ничего не бойтесь! Бог, который спас меня от этого выстрела, избавит нас и от этих предателей и негодяев.

«Иисус из Любека» почти тонул от многочисленных попаданий испанских ядер. Xокинс приказал «Юдифи» и «Миньону» подойти вплотную к флагману, чтобы забрать людей и перебросить ценные грузы. Когда работы по перегрузке были в разгаре, англичан атаковали два испанских брандера (частные торговые суда, заполненные горючими и зажигательными материалами). Xокинс понял, что «Иисуса» ему не спасти, и решил уходить на «Юдифи» и «Миньоне».

В результате только «Юдифь» и «Миньон» сумели вырваться из порта, а остальные английские суда затонули. Xокинс возглавил экипаж «Миньона», а Дрейк повел на восток «Юдифь». Затем суда потеряли друг друга в океане. Дрейк благополучно возвратился в Плимут только в январе 1569 года; судно было в хорошем состоянии, на его борту находилось 65 моряков. На «Миньоне» при уходе из Сан-Xуан-де-Улоа находилось 200 моряков и очень мало продовольствия. 100 человек добровольно остались на американском берегу, чтобы остальные все же сумели добраться до Англии. Из высадившихся лишь двоим через много лет удалось возвратиться на родину, остальные были схвачены испанцами и погибли в застенках инквизиции.