Xокинс на «Миньоне» добрался до берегов Англии через четыре месяца и прибыл в Плимут через пять дней после прихода Дрейка. Из-за голода и цинги на «Миньоне» остались в живых только 15 моряков. Всю свою жизнь Дрейк вспоминал о коварстве вице-короля Мексики и не мог простить испанцам нарушения соглашения, что привело к гибели многих англичан экспедиции Xокинса.

Отомстить испанцам за коварство и нарушение соглашения хотел и Xокинс, для чего стал двойным агентом. С согласия английского правительства он оказался участником заговора против королевы Елизаветы. Заговорщики хотели сделать английской королевой королеву Шотландии Марию Стюарт, находившуюся в заточении в Англии. И испанский посол в Англии, и испанский король Филипп II поверили в искренность Xокинса, который обещал своими 16 кораблями охранять подступы к Испанской Америке от пиратов всех национальностей. За свои услуги Xокинс просил освободить его матросов из испанских тюрем и возместить ему все расходы. К концу августа 1571 года его матросы были освобождены и отправлены на родину, получив по 10 дукатов каждый, а Xокинс получил от испанцев 40 тысяч фунтов стерлингов. Он вошел в такое доверие к испанскому послу, что тот сообщал ему обо всех обстоятельствах заговора против Елизаветы. Ясно, что эти сведения сразу же передавались Xокинсом английскому правительству. Ясно и то, что заговор был раскрыт, но испанцы так и не узнали о роли Xокинса в провале заговора.

Дрейк задумал нанести удар по испанцам в «сокровищнице мира», то есть в Испанской Америке. А пока 25-летний Фрэнсис 4 июля 1569 года женился на 17-летней Мэри Ньюмен, дочери моряка.

Вскоре после свадьбы Дрейк отправился в плавание (по заданию английских властей) на снаряженном королевой судне вдоль берегов Африки с разведывательными целями и для каперских операций. Он вернулся в Англию с богатой добычей, десятую часть которой передал королевской казне, а также с новыми, более точными картами района плавания. Об этом секретном плавании, происходившем в конце 1569 – начале 1570 года, никаких точных документов не сохранилось. По другим сведениям, в этом плавании принимали участие два корабля – «Лебедь» и «Дракон», – и оно осуществлялось на средства адмирала Винтера.

В следующем году Дрейк еще раз отправился в Карибское море. Он решил ограбить караван с золотом из Перу, который испанцы регулярно отправляли через Панамский перешеек. Высадившись на берег, Дрейк попытался установить добрые отношения с местными индейцами и не грабил их. Он разведывал панамское побережье для будущей экспедиции и нашел укромную бухту, на берегу которой спрятал запас оружия, ядер, пуль и пороха. Дрейк назвал бухту Портом Фазанов, потому что там он увидел множество этих птиц.

24 мая 1572 года Дрейк вышел из Плимута в очередное плавание на запад на двух судах. Флагманское судно «Паша» водоизмещением 70 тонн вел он сам, а «Лебедем» (водоизмещение 30 тонн) командовал его младший брат Джон. На обоих судах было 73 моряка. Суда были неплохо вооружены и имели на борту несколько пинасс, беспалубных парусно-гребных катеров для плавания у берегов и по рекам.

12 июля он достиг Порта Фазанов на побережье Панамского перешейка. На берегу у тайника с оружием он нашел табличку: знакомый ему капитан Гаррет сообщал о том, что испанцы узнали о существовании этой бухты и пребывание в ней стало опасным. Но Дрейк проигнорировал предупреждение и начал возводить на берегу небольшой форт. Неожиданно в бухту зашли три судна – одно пиратское английское и два захваченных этими пиратами испанских судна. Пираты присоединились к экспедиции Дрейка.

20 июля флотилия Дрейка снялась с якоря и поплыла вдоль берега. Не доходя до Номбре-де-Диоса, пираты спустили на воду пинассы и на них приблизились к городу, намереваясь на рассвете атаковать его. Но в это время в бухту, на берегу которой расположился город, вошел испанский корабль. Капитан, заметив пиратов, послал к берегу шлюпку, чтобы предупредить городские власти об этом. Но пираты перехватили ее и высадились на берег.

Часовой у береговой батареи поднял тревогу. Дрейк решил все же атаковать город. Группа пиратов – 16 человек под командой Джона Дрейка и девонширца Джона Оксенгема – направилась к казначейству с целью захвата хранившихся в нем ценностей. А Фрэнсис повел вторую группу из 40 пиратов на рыночную площадь, туда, где были богатые дома и товарные склады. Дрейк приказал бить в барабаны и трубить, чтобы усилить смятение у жителей города.

Испанцы упорно оборонялись. Тем более что за неделю до этого губернатор Панамы прислал в город 150 солдат для защиты горожан от маронов (отрядов беглых негров-рабов). Установив, что пиратов совсем немного, испанцы усилили натиск. Фрэнсис был ранен мушкетной пулей в ногу. Но когда отряд Джона ударил в тыл испанцам, успех стал склоняться на сторону пиратов. Фрэнсис, невзирая на рану, проник в дом губернатора, в подвалах пираты обнаружили большое количество серебра. Во время штурма казначейства, где, по мнению пиратов, хранилось золото, Фрэнсис потерял сознание от потери крови. Англичане спешно отступили к пинассам с ничтожной добычей.

Переправив на пинассы всех раненых и захватив испанский корабль, помешавший им на рассвете благополучно провести намеченную операцию, Дрейк с пиратами покинул Номбре-де-Диос. На захваченном судне оказался груз вина с Канарских островов. За время боев в городе пираты потеряли одного бойца, а испанцы —18.

Дрейк обосновался на небольшом острове Бастиментос, который служил местом летнего отдыха жителей Номбре-де-Диос. Там было множество садов с плодовыми деревьями, много кур и незнакомых одомашненных птиц. Пираты отдыхали и залечивали раны. Через два дня на острове появился посланец губернатора. Дрейк осведомился о причине его визита. Посланец ответил, что губернатор хотел бы узнать, тот ли это Дрейк, который уже дважды побывал в Испанской Америке и оставил о себе хорошую память гуманным обращением с пленными испанцами. Дрейк подтвердил, что это именно он. Он отказался от продовольствия, которое обещал прислать губернатор. Затем Дрейк все же рассердился и зло сказал испанцу:

– Я советую губернатору смотреть во все глаза. До своего ухода, если бог сохранит мою жизнь, я намерен собрать часть вашего урожая, который вы снимаете с этой земли и посылаете в Испанию, чтобы держать в беспокойстве весь мир.

Все это закончилось в духе века: Дрейк пригласил посланца губернатора отобедать с ним. Возвратясь в Номбре-де-Диос, этот посланец говорил, что «никогда за всю жизнь ему не оказывалось такой чести».

На острове Дрейк получил важную информацию от маронов о путях доставки драгоценных металлов из Панамы на Тихоокеанском побережье в Номбре-де-Диос и послал своего брата Джона на одной из пинасс проверить сведения, сообщенные ими. Джон успешно выполнил поручение Фрэнсиса. Возвратившись, он рассказал, как далеко по реке Чегрес можно проникнуть на пинассах в глубь Панамского перешейка, а также – что дорога, по которой проходят караваны с золотом и серебром, хорошо видна с реки и легко доступна. Джон установил хорошие отношения с местными маронами.