Русские люди не понимали царя и его действий. Взбунтовались стрельцы. По дороге из Вены в Москву Петр получил известие о прекращении стрелецкого бунта и о решительных действиях боярина-воеводы Алексея Семеновича Шеина.

Петр прибыл в Москву в сильном раздражении. По столице разнеслась весть, что, возвратившись из дальних путешествий, царь побывал у девицы Монс, но не посетил дворец, не виделся с женой, а вечер провел у Лефорта. Петр понимал, кто стоял за стрельцами — бояре и церковь. Утром 26 августа он собрал в деревянном Преображенском дворце своих вельмож и собственноручно начал обрезать им бороды. Первыми оказались Алексей Шеин и Федор Ромодановский. Царь не дотронулся только до самых почтенных стариков — Тихона Никитича Стрешнева и князя Михаила Алегуковича Черкасского. Кто не хотел брить бороду — тот должен был платить пошлину.

Петр сурово обошелся с взбунтовавшимися стрельцами. Приступили к пыткам. Один из арестованных сообщил, что стрельцы хотели стать под Новодевичий монастырь и звать на царство Софью, которая прислала им письмо. Пытали женщин монастыря. Петр сам допросил обеих сестер — Марфу и Софию.

30 сентября состоялись казни. Жизни лишили 201 человека. Сам Петр пятерым стрельцам отрубил головы. 11 октября произошли новые казни: повесили 144 человека, на другой день — 205, на третий — 141; 17 октября казнили 109 человек, 18 октября — 63, 19 октября — 106, 21 октября были казнены 2 человека. 195 стрельцов повешены у Новодевичьего монастыря перед кельей Софьи, трое из них — около окон. Но этим дело не закончилось — казни продолжались. Александр Меншиков, новый любимец Петра, отрубил головы 20 стрельцам. Царь восседал на лошади и смотрел на зрелище. Целых пять месяцев трупы не убирали с места казни.

11 октября царь созвал бояр и духовных лиц, чтобы они определили меру наказания Софье. Решение неизвестно, но Софью постригли и под именем Сусанны отправили в тот же Новодевичий монастырь под стражей сотни солдат. Гораздо виновнее Софьи оказалась ее сестра Марфа, которую тоже постригли и поместили в Александровскую слободу. Ей дали имя Маргарита.

Петр не был хорошим семьянином, так как постоянно находился в разъездах. Его женили рано, по старому обычаю, важным считали, чтобы невеста была молодой и красивой. Возможно, Евдокия сначала и нравилась Петру. Но, увидев в Немецкой слободе очаровательную Анну Монс, дочь виноторговца, Петр окончательно покинул первую жену и надолго сохранил связи с новой возлюбленной. Можно понять, какая ненависть была у Лопухиных к немцам, к Лефорту. Из Москвы царь удалил отца Евдокии и ее двух братьев. 23 сентября 1698 г. Евдокию насильно постригли и отправили в Суздальский монастырь под именем Елены. Малолетнего царевича Алексея после пострига матери перевезли к тетке — царевне Наталье Алексеевне.

Печальные события лета и осени 1698 г. держали Петра в сильном раздражении. Случались приступы бешенства. Так было и 14 сентября на пиру у Алексея Шеина. Никто не мог успокоить царя, кроме Меншикова.

Александр Данилович Меншиков служил сержантом Преображенского полка. Был он сыном придворного конюха. До прихода на царскую службу его знали просто Алексашка, он торговал пирожками. Наружность его была весьма привлекательной. Он был высокого роста, хорошо сложен, худощав, с приятными чертами лица, живыми глазами. Любил элегантно одеваться, был очень опрятен, обладал проницательным умом, имел ясную речь, хорошо подбирал нужных людей. Это была сильная, одаренная натура. В то же время, став фаворитом царя, ради достижения цели Меншиков шел на любой шаг, включая подкуп и обман.

20 декабря 1699 г. в России узнали еще одну новость: Петр приказал вести летосчисление не от сотворения мира, как прежде, а от Рождества, и Новый год считать не с 1 сентября, а с 1 января. Жители страны должны были в новогодний праздник поставить перед воротами дома сосну, ель или можжевельник, украсить их и сохранить до 7 января.

Так начался в Москве 1700-й год, памятный в истории Европы началом двух войн: за наследство испанского престола на Западе и великой Северной войны на Востоке. Вследствие первой войны почти на целый век упало значение Франции. В итоге второй войны потеряла свое прежнее значение Швеция, и среди европейских государств появилась новая могущественная держава — Россия. В этом году в Стамбуле состоялось подписание перемирия России с Турцией на 30 лет, согласно которому г. Азов остался за Россией, а "кубанская сторона" признавалась вассалом Турции.

По возвращении из-за границы Петр стал искать союзников против Швеции. Это было выполнимое желание, так как многие страны Европы, в том числе Дания и Польша, были настроены против Швеции. Петр встретился с королем Польши Августом II. Речь шла о подготовке войны со Швецией и о взаимной помощи. Еще 11 ноября 1699 г. в Преображенском был заключен между Россией и Польшей тайный договор о наступательном союзе против Швеции. Король Польши Август II обязывался начать войну вступлением своих войск в Лифляндию, Петр обещал двинуть свои войска в Ингрию (южное побережье Финского залива) и Карелию.

В это время королем Швеции был молодой Карл XII, который вступил в свои права в 1697 г. Карл XII родился в 1682 г. и был моложе русского царя на 10 лет. Это была сильная натура, которая постоянно искала опасностей в походах и завоеваниях. Карл сблизился с Фридрихом III, герцогом Голштейн-Готторпским, который впоследствии женился на старшей сестре шведского короля.

Война против Швеции началась нападением Данни на Голштинское герцогство. Фридрих вынужден был покинуть свою страну и прибыть под покровительство Карла XII, так как датские войска заняли это государство. Войска шведов, в свою очередь, направились в Голштинию, чтобы вытеснить оттуда датчан. Пришла и другая весть: Август II вторгся в Лифляндию. Но, как оказалось вскоре, Ригу он взять не сумел.

Вечером 13 апреля 1700 г. Карл покинул Стокгольм и с 15-тысячным войском внезапно объявился в Дании перед Копенгагеном. Датский король Фридрих IV поспешил заключить мир с Карлом XII и утвердил самостоятельность Голштинии, заплатив к тому же герцогу Голштинии Фридриху 260 тыс. талеров. Договор был подписан в столице Голштинии г. Травендаль 8 августа, в тот самый день, когда Петр получил известие о заключении на 30 лет мира с турками. Эту миссию успешно выполнили русские дипломаты Емельян Игнатьевич Украинцев и дьяк Чередеев (Иван Большой).