Возмужание царя, устранение Милославских, приближение Языкова, Лихачева, а затем и Апраксиных повлияли на дальнейшую судьбу бывшего патриарха Никона и Аргамона Матвеева. В это время Никон находился в Кирилло-Белозерском монастыре, где он был более стеснен, чем в Ферапонтове, но у него нашлась заступница в лице тетки Федора — Татьяны Михайловны. Никона хотели перевести в Воскресенский монастырь, но патриарх Иосаф II категорически запротестовал. Тогда Никона отправили в Ярославль. В пути 17 августа 1681 г. он скончался. Никону было 75 лет. Его тело перевезли в Воскресенский монастырь, где похоронили с большими почестями. Никон до последнего вздоха считал себя патриархом. Матвееву же разрешили переехать в Мезень, затем в Лухов.

Прошло полгода, и приближенные царя начали думать о его втором браке. Конечно, не без участия Языкова Федор 14 февраля 1682 г. женился на его свояченице Марфе Матвеевне Апраксиной. Но через два с половиной месяца после этого брака, 27 апреля, Федор на 21-м году жизни скончался.

В 1682 г. в Москве после смерти Федора разразилась смута. Малолетний Петр был провозглашен царем, то есть правление государством переходило в руки его матери Натальи. Но могла ли Софья пережить это? Она жаловалось народу, что ее брат Иоанн старше Петра, но его не выбрали в цари.

На 15 мая, роковой день убийства царевича Дмитрия, был назначен стрелецкий бунт. Был пущен слух, что Нарышкины убили Иоанна. Стрельцы ударили в набат и двинулись к дворцу. Царица вывела обоих царевичей. Стрельцы поняли, что были обмануты, но не успокоились. Они схватили молодого князя Михаила Долгорукого, который больше всех кричал на стрельцов, и сбросили его вниз на копья. Тут же был убит и Артамон Сергеевич Матвеев. Толпа стала искать других «изменников». Наталья Кирилловна схватила сына Петра и скрылась в Грановитой палате. Стрельцы бегали по покоям и искали Нарышкиных. Был убит знаменитый воевода князь Григорий Григорьевич Ромодановский, изрублены боярин Иван Максимович Языков, а также князь Юрий Алексеевич Долгорукий. Целый день стрельцы хозяйничали в Кремле. Утром 16 мая они снова явились с требованием выдать им брата Натальи — молодого Ивана Нарышкина. Он, его отец — Кирилл Полуектович, братья, родственники и сын убитого Матвеева — Андрей Артамонович прятались сначала у Натальи Алексеевны, а потом в палатах царицы — вдовы Марфы Матвеевны. Понятно, что Софья с Милославскими не могли успокоиться, пока Иван Нарышкин был жив.

Софья, покончив с Матвеевым, теперь хотела с помощью стрельцов отнять власть у мачехи. Она потребовала, чтобы Наталья выдала своего брата, которого обвиняли в измене. Под угрозой расправы царица уступила. Нарышкина пытали, но он не сказал ни слова, тогда его вытащили на Красную площадь и зарубили.

18 мая стрельцы потребовали, чтобы был пострижен в монахи Кирилл Полуектович Нарышкин. Старика отправили в Кирилло-Белозерский монастырь. 19 мая стрельцы запросили долг за службу в сумме 240 тысяч рублей. Затем они потребовали ссылки Алексея Лихачева, Павла Языкова, всех Нарышкиных, Андрея Матвеева — сына Артамона Сергеевича и других.

С помощью стрельцов Софья захватила власть. Она была единственной из всего царского дома, кто хотел власти, и все волей-неволей обращались к ней. Софья в значительной мере удовлетворила материальные требования стрельцов. Таким образом она начала управлять, но это управление надо было освятить правом. Софья царствовала во дворце, а в церквах постоянно произносили имя великого государя Петра Алексеевича. 23 мая князь Иван Хованский донес царевне, что стрельцы прислали выборных, и они хотят, чтобы в России царствовали оба брата вместе.

После долгих раздумий решили быть обоим братьям на престоле. Ударили в большой колокол и провозгласили многолетие благочестивейшим царям Иоанну Алексеевичу и Петру Алексеевичу. Уже этим актом первенство отдавалось Иоанну. Затем стрельцы потребовали, чтобы Иоанн был первым царем, а Петр — вторым. 26 мая Дума вместе с патриархом так и порешила. 29 мая стрельцы объявили боярам: из-за молодости обоих государей пусть правление перейдет к их сестре царевне Софье. Началась обычная церемония: все стали упрашивать Софью взойти на царский трон. После небольших колебаний она согласилась.

Стрельцы понимали, что они еще не Москва и тем более не Россия, поэтому в оправдание своих действий они подали челобитную. В ней стрельцы оправдывали свои действия, объясняли причины «побития» именитых людей и излагали, кто из них и в чем был виновен. Стрельцы требовали, чтобы их за содеянное «никто никоими поносными словами, бунтавщиками и изменниками не называл». Софья посредством стрельцов оттеснила от престола ненавистную мачеху и фактически стала при малолетних братьях правительницей России.

В сентябре 1682 г. стрельцы вновь взбунтовались. 17 сентября на имя царевны Софьи поступил донос на князя Ивана Андреевича Хованского и его сына Андрея с обвинением в намерении захвата власти (донос, очевидно, написал Илья Милославский). Хованские обманным путем были схвачены, доставлены в подмосковное село Воздвиженское и там в день ангела Софьи, 17 сентября, казнены.

Смута сильно отозвалась на юге России, в казацкой стороне. В Переяславле (на Украине) стрельцы перестали слушаться воевод. Подобное происходило и в других местах страны.