Одним из первых вопросов, который пришлось рассматривать Б. С. Стомонякову, когда он стал заниматься проблемами советско-японских отношений, был рыболовный. Японцы всячески старались обойти положения советско-японской рыболовной конвенции 1928 года, выработанной также при участии Б. С. Стомонякова и устанавливавшей в целях сохранения рыбных богатств определенные ограничения на хищнический лов рыбы. Нередко японские дипломаты пытались оспаривать решения советских органов о количестве сдаваемых в аренду рыболовных участков и об их ценах.

После длительных проволочек летом 1934 года в Москве начались советско-японские переговоры по рыболовному вопросу. Однако посетивший Б. С. Стомонякова 11 июня японский посол в СССР Т. Ота пытался навязать советской стороне ряд предварительных условий для начала переговоров. Заместитель наркома решительно отклонил эти японские домогательства. Сообщая об этой беседе полпреду СССР в Японии К. К. Юреневу, Б. С. Стомоняков писал, что «японцы будут всемерно затягивать переговоры под любыми предлогами».

Со второй половины 1934 года японские войска в Маньчжурии все чаще стали нарушать советскую границу.

— Особую активность японская военщина проявляла на участках Гродековского и Посьетского пограничных отрядов, — вспоминал позже в беседе с автором бывший посол СССР в Китае А. С. Панюшкин, командовавший в тот период одним из участков 58-го пограничного отряда. — Только на нашем гродековском направлении, — продолжал он, — японские подразделения численностью в 40–60 человек дважды, 23 и 26 июня 1935 года, демонстративно вторгались на советскую территорию.

Провокации на границе смыкались с воинственными выпадами японских официальных лиц против советских учреждений в Маньчжурии и в Токио. Нередко с антисоветскими речами выступали и политические деятели. Так, по дороге в Венгрию глава японской парламентской делегации Макияма дал интервью, в котором потребовал эвакуации советских войск с Дальнего Востока, угрожая, что в противном случае «война неизбежна».

Газета «Правда» 28 июня 1936 года в связи с этим писала: «Петушиное заявление г-на Макияма… конечно, никого в СССР не напугает. Но г-н Макияма, сам того не подозревая, разоблачает перед всем миром авантюристические замыслы японской военщины, подготовляющей и провоцирующей новую войну».

Борис Спиридонович, как никто другой, понимал, что при рассмотрении вопросов обеспечения безопасности Советского Союза на Дальнем Востоке необходимо учитывать угрозу, нависшую над западными и северо-западными границами СССР, поскольку польские и финские реакционные круги были не прочь сговориться с заправилами фашистской Германии и милитаристской Японией. Сведения о различного рода контактах на антисоветской основе между этими странами постоянно доходили до Стомонякова. Воистину положение таково, как в японской пословице, сказал однажды Борис Спиридонович в беседе с заведующим Восточным отделом Б. И. Козловским: «Гонишь от ворот тигра, а в заднюю дверь ломится волк».

В конце февраля 1936 года группа «молодых офицеров», одержимых идеей быстрейшего осуществления японских экспансионистских планов, попыталась с помощью обманутых ими солдат совершить в Токио путч с целью установления в стране военно-фашистского режима. Путч провалился, но стал еще одним толчком к дальнейшей милитаризации и фашизации Японии. Именно так оценивал Борис Спиридонович эти события в Японии в письме полпреду СССР в Китае Д. В. Богомолову, когда писал, что они «приведут во всяком случае к усилению влияния военно-экстремистских элементов на японскую политику».

Японская военщина продолжала провокации на советско-маньчжурской границе. 9 января 1936 года японский военный самолет, нарушив советскую границу, совершил посадку в районе села Покровка. Б. С. Стомоняков вызвал в связи с этим японского посла Т. Ота и заявил ему протест.

30 января отряд японо-маньчжурских войск снова вторгся на советскую территорию в районе Гродеково, у пади Мещерякова, и углубился на 3 километра в глубь советской территории. Вооруженный конфликт продолжался около девяти часов. Японцы бросили подкрепление. В бою участвовало с обеих сторон уже не менее двух батальонов. Потеряв более 50 человек убитыми, японо-маньчжуры были вынуждены покинуть советскую территорию.

Была уже ночь, когда Борису Спиридоновичу пришлось вновь вызвать японского посла. Часы показывали 0 часов 45 минут.

По поводу этого нового и тяжелого нарушения советской границы, приведшего к жертвам со стороны советских пограничников, заместитель наркома от имени Советского правительства заявил решительный протест и потребовал передать это заявление министру иностранных дел Японии К. Хирота. Он напомнил, что Советское правительство уже много раз предупреждало японское правительство в связи с провокациями на советской границе и указывало «на тяжелые последствия, которые могут произойти в результате того, что японское правительство не принимает необходимых мер против незаконных действий японо-маньчжурских военных властей».