После смерти отца Фёдор стал замечать, что Годунов избегает его. На царском семейном обеде, куда царь Фёдор пригласил своего брательника, Годунов был неизменно приветлив, но обходил нежелательного ему гостя взглядом либо отсутствовал, ссылаясь на занятость. Фёдор делал вид, что не замечает его уловок, но на память приходили слова покойного Никиты Романовича: «Больше друзей, больше и врагов». Однако он с интересом ожидал, чем закончатся эти уловки Бориса.

Был погожий апрельский день, когда Фёдор возвращался с царской трапезы. Он остановился перед церковью Успения перекреститься на образ Спаса и вдруг увидел через плечо Бориса, который тоже осенял себя крестом. Взгляды их встретились. Борис казался приветливым.

— Фёдор Никитич, — начал он тихо, — есть причины, по которым я не могу открыто высказать тебе мою любовь и бережение, о чём было говорено с незабвенным Никитой Романовичем. Ныне я не волен назвать причины.

Годунов удалился так быстро, что Фёдор не успел ему ответить. Он понял, что из каких-то видов Борис Фёдорович нашёл нужным отдалиться от него, но до времени не решался выказать ему нелюбовь.

Дальнейшие события показали, что самой неотложной заботой Годунова было удаление родовитых бояр и князей. Он цепко держал в руках бразды правления и сурово расправлялся с теми, кто хотел ослабить его власть при царе либо умалял его авторитет одним своим присутствием при дворе. Только на Шуйских он до времени не посягал. Правитель ожидал случая подвергнуть их опале.

Тем временем митрополит Дионисий убедил Годунова помириться с Шуйскими. Правитель лукаво обещал быть с ними в дружбе, и патриарх рода Шуйских, выйдя на площадь к народу, ожидавшему развязки, объявил о мире с Борисом Фёдоровичем. Люди отнеслись, однако, с недоверием к этим словам, а два купца сказали:

— Эх, Иван Петрович, помирились вы нашими головами. И вам от Бориса пропасть, и нам погибнуть.

Эти купцы в ту же ночь были схвачены. Шуйские поняли, что согласие с Борисом невозможно. Они решили всем миром при поддержке многих князей и московских влиятельных людей просить царя Фёдора развестись с неплодной Ириной — по примеру его деда, великого князя Василия Ивановича. Их совет был поддержан митрополитом Дионисием. А чем всё завершилось? Ивана Петровича и Андрея Ивановича Шуйских сослали в их вотчины и там удавили. Остальных разослали по городам и монастырям.

Опасаясь нежелательных толков за рубежом, Годунов дал наказы послам и в тех наказах искусно перемешал правду с ложью: «Спросят, за что на Шуйских государь опалу положил и за что казнили земских посадских людей, отвечать: государь князя Ивана Петровича за его службу пожаловал своим великим жалованьем, дал в кормление Псков и с пригородами, с тяглом и кабалами, чего ни одному боярину не давал государь. Братья его, князь Андрей и другие братья, стали перед государем измену делать, неправду, на всякое лихо умышлять с торговыми мужиками, а князь Иван Петрович им потакал, к ним пристал и неправды многие показал перед государем. То не диво в государстве добрых жаловать, а лихих казнить. Государь наш милостив: как сел после отца на своих государствах, ко всем людям милосердие и жалованье великое показал, а мужики, надеясь на государскую милость, заворовали было, не в своё дело вступились, к бездельникам пристали; государь велел об этом сыскать, и которые мужики-воры такое безделье учинили, тех пять или шесть человек государь велел казнить; а Шуйского князя Андрея сослал в деревню за то, что к бездельникам приставал, а опалы на него никакой не положил; братья же князя Андрея, князь Василий, князь Димитрий, князь Александр и князь Иван, в Москве; а князь Василий Фёдорович Скопин-Шуйский, тот был на жалованье на Каргополе и теперь, думаем, в Москве; боярин князь Иван Петрович поехал к себе в вотчину новую, в государево данье, на Кинешму: город у него большой на Волге, государь ему пожаловал за псковскую осаду; а мужики, все посадские люди теперь по-старому живут. Если спросят, зачем же в Кремле-городе в осаде сидели и стражу крепкую поставили, отвечать: этого не было, это сказал какой-то бездельник: от кого, от мужиков в осаде сидеть? А сторожа в городе и по воротам не новость — так издавна ведётся: сторожа по воротам и дети боярские прикащики живут для всякого береженья».

На самом же деле везде была поставлена крепкая стража, хватали людей, лилась кровь на пытках. Годунов действовал нагло. Он снял с митрополичьего поста Дионисия, лишил архиерейства Варлаама и заточил их в отдалённые монастыри.

Все поняли, что Годунов был правителем по имени, по власти — царём. Важнейшие места в государстве занимали Годуновы и их приспешники. А сам Борис Фёдорович придумал для себя особый титул: «царский шурин и правитель, конюший боярин и дворцовый воевода и содержатель великих государств, царства Казанского и Астраханского». Он закрепил за собой особое право сноситься с иностранными государствами от собственного имени.

К этому времени Годунов был самым богатым человеком в России. Он имел около ста тысяч годового дохода. При этом он особенно заботился о славе царицы, своей сестры, выдавал огромные суммы на её благотворительность, любое царское благодеяние делалось от её имени. Был создан особый полк царицыных телохранителей, была построена, в дополнение к уже имевшимся, особая золотая царицына палата.

Замечено было, что свой двор Борис устроил наподобие царского, где принимал иностранных послов, давая при этом почувствовать, что всё зависит от него. И, понимая его силу, послы величали его «пресветлейшим вельможеством», «пресветлым величеством». От иностранных послов не отставала английская королева Елизавета. Она называла его в письмах «своим самым дорогим и любимым двоюродным братом». Прослышав о неплодии его сестры, царицы Ирины, она прислала ей врачей. В благодарность Годунов разрешил беспошлинную торговлю английским купцам, что лишало казну ежегодного дохода в двадцать тысяч рублей и более — по тем временам огромные деньги. Англичанин Горсей, которому до этого чинили всякую «тесноту» и который, спасая свою жизнь, поспешил вернуться в Англию, получил большие запасы, необходимые для столь долгого путешествия. Не иначе как хотел Годунов удивить англичан необъятностью русского гостеприимства. После того как Горсей со своими единомышленниками выехал на княжеском судне, снабжённом нужной для дороги провизией, ему во след на второй день было послано: 16 живых быков, 70 овец, 600 кур, 25 окороков, 80 четвериков муки, 600 караваев хлеба, 2000 яиц, 10 гусей, 2 журавля , 2 лебедя, 65 галлонов [23] мёду, 40 галенок [24] водки, 60 галенков пива, 3 молодых медведя, 4 сокола, запас лука и чеснока, 10 свежих сёмг и дикого кабана. Всё это было доставлено Горсею одним дворянином от имени государя, а другим от Бориса Фёдоровича.

Было о чём задуматься москвитянам: суровый к своим, Годунов был усердно-угодлив к иноземцам.

Почему он не терпел рядом с собой соправителей, которые составляли круг близких вельмож при Иване Грозном? Или они не хотели добра державе? Почему притеснял своих торговых людей и готов был кланяться последнему англичанину?

Фёдор видел, как поочерёдно и круто расправлялся Годунов с некогда всесильными вельможами. После гибели героя псковской осады Ивана Петровича Шуйского из прежних могикан оставался в силе глава Посольского приказа Андрей Петрович Щелкалов. Никому даже в голову не приходило, что опала может постичь и его. Иностранные послы называли его канцлером, и он действительно был всесилен, подобно канцлеру в Англии. К нему прислушивался сам Иван Грозный, который не считался ни с кем, даже с Малютой Скуратовым. На Щелкалова было много доносов и жалоб, но он всегда выходил сухим из воды. Поэтому, когда до Фёдора дошли досужие разговоры, что Годунов «подбирается» под самого всесильного дьяка, он не поверил, но на душе стало тревожно. Почудилось, будто неведомая опасность надвигается и на него самого.