Не осталась без монографического научного анализа и ни одна из стадий советского уголовного процесса, а также существовавшие в то время особые производства. Здесь следует выделить мнографии, посвященные стадиям возбуждения уголовного дела (Р.Д. Рахунов и А.Р. Михайленко, Н.В. Жогин, Ф.Н. Фаткуллин), предварительного расследования (Л.М. Карнеева, А.М. Ларин, Н.В. Жогин, Ф.Н. Фаткуллин, В.А. Стремовский, Н.А. Якубович и др.), предания суду (И.Д. Перлов, И.М. Гальперин, В.З. Лукашевич), судебному разбирательству (цикл монографий И.Д. Перлова), кассационному, надзорному производствам и пересмотру уголовных дел по вновь открывшимся обстоятельствам (М.М. Гродзинский, Э.Ф. Куцова, А.Л. Ривлин, О.П. Темушкин, И.Д. Перлов), исполнению приговора (М.К. Свиридов), производству по делам несовершеннолетних (Г.М. Миньковский, В.В. Шимановский), производству по применению принудительных мер медицинского характера (Б.А. Протченко).

Еще одной особенностью советской уголовно-процессуальной науки на втором этапе развития стал ее относительно замкнутый характер, выражавшийся в невозможности рассматривать соответствующие проблемы в едином сравнительно-правовом контексте, что объяснялось сугубо идеологическими причинами (дескать, нельзя сравнивать советское право с капиталистическим) и приводило к некоторому теоретическому застою. В то же время это не означало отсутствие серьезных научных исследований уголовного процесса основных зарубежных стран. Такие исследования проводились постоянно, хотя в исключительно автономном режиме и с вынужденной непременной «дежурной» критикой «буржуазной» сущности западного уголовного процесса. Сложилась даже отдельная советская научная школа специалистов по зарубежному уголовному процессу, чьи достижения очевидны и не утратили своего значения даже сегодня. Отметим серьезные монографические исследования 1960-х–1980-х годов, посвященные уголовному процессу США и Англии (К.Ф. Гуценко, И.Б. Михайловская, В.М. Николайчик), Франции (С.В. Боботов и А.И. Лубенский), ФРГ (Б.А. Филимонов), Австрии (В.Н. Бутов).

В целом советской уголовно-процессуальной науке удалось решить стоявшие перед ней задачи: на первом этапе создать общий прочный доктринальный каркас новой модели уголовного процесса, что позволило, в частности, успешно провести кодификацию 1960 г., а на втором этапе провести углубленные монографические исследования фактически всех ключевых институтов уголовного процесса, обеспечив их солидной теоретической базой.

В отличие от 1917 г. переход в 1991 г. от советского к постсоветскому уголовному процессу происходил без формального разрыва. УПК РСФСР 1960 г. не был отменен и продолжал действовать, многие реформы обсуждались еще во второй половине 1980-х годов и намечались к проведению в СССР, т.е. состоялись бы независимо от его распада. Более того, сохраняли силу не только принятые в советское время законодательные акты, но и, допустим, разъяснения Верховного Суда СССР в части, не противоречащей новым разъяснениям. Таким образом, замена советского уголовного процесса новой, более современной моделью была связана не столько с собственно распадом СССР, сколько с планомерными и давно намеченными работами по совершенствованию несколько устаревшего законодательства. Другое дело, что распад СССР заметно ускорил процесс реформ. Кроме того, в ходе известной политической борьбы между союзными (на уровне СССР) и российскими (на уровне РСФСР) властными структурами уголовно-процессуальная и в более широком смысле судебная реформы рассматривались в качестве одного из важнейших политических инструментов. Так, в Постановлении Верховного Совета РСФСР об утверждении Концепции судебной реформы в РСФСР, принятом 24 октября 1991 г., т.е. еще за несколько месяцев до упразднения СССР, в качестве одной из «главных задач» судебной реформы называлось «обеспечение суверенного права РСФСР осуществлять правосудие и уголовное преследование на своей территории в соответствии с собственным материальным и процессуальным правом», иначе говоря, без оглядки на СССР. Несколько месяцев спустя (1992 г.) данный документ был опубликован уже в качестве Концепции судебной реформы в Российской Федерации.

После распада СССР начался период бурных реформ российского уголовного процесса, которые развивались по трем направлениям.

Во-первых, еще до принятия Конституции РФ 1993 г. был принят ряд важнейших законов по внесению изменений в УПК 1960 г. Так, Закон от 23 мая 1992 г. 191 допустил защитника к подозреваемому с момента задержания и к обвиняемому с момента предъявления обвинения, а также предусмотрел право лица, заключенного под стражу в качестве меры пресечения (по-прежнему с санкции прокурора), обжаловать в суд законность и обоснованность данного решения, создав основы судебного контроля в стадии предварительного расследования. Закон от 29 мая 1992 г. 192 заметно упростил стадию предания суду, отказавшись от коллегиальных распорядительных заседаний и от самого термина «предание суду». Закон от 16 июля 1993 г. 193 возродил в России суд присяжных, пусть пока только в нескольких субъектах Российской Федерации (в качестве эксперимента). После принятия Конституции 1993 г. и обновления законодательства (Федеральный конституционный закон «О судебной системе Российской Федерации», новый УК РФ и др.) реформирование УПК 1960 г. продолжилось. Например, в связи с появлением в УК РФ новых оснований освобождения от уголовной ответственности в УПК появились новые основания прекращения уголовного дела: в связи с деятельным раскаянием и примирением обвиняемого с потерпевшим. В целом за 1990-е годы в УПК 1960 г. было внесено в общей сложности едва ли не больше изменений, чем за предшествующие 30 лет. В каком-то смысле можно говорить, что к концу десятилетия в России действовал не советский, а постсоветский вариант данного Кодекса.

Во-вторых, многие изменения действующего уголовно-процессуального права происходили не путем законодательных преобразований, а на основании решений Конституционного Суда РФ, на протяжении 1990-х годов подвергшего УПК 1960 г. детальной ревизии на предмет соответствия Конституции РФ, принятой в 1993 г. Только за пять лет, с 1995 по 2000 г., Конституционный Суд РФ вынес в отношении УПК около 20 постановлений и примерно столько же определений, в большинстве случаев признавая его нормы неконституционными. Так, например, в соответствии с постановлениями КС РФ от 13 ноября 1995 г., от 29 апреля 1998 г. и от 23 марта 1999 г. заинтересованные участники процесса получили право обжаловать в суд не только решение о заключении под стражу, но и вынесенные в ходе досудебного производства постановления о прекращении и отказе в возбуждении уголовного дела, о приостановлении предварительного расследования, продлении срока предварительного расследования, наложении ареста на имущество и обыске. Постановлением от 20 апреля 1999 г. Конституционный Суд РФ запретил судам возвращать по собственной инициативе уголовные дела на дополнительное расследование на основании неполноты дознания и предварительного следствия или в связи с необходимостью предъявления более тяжкого обвинения (либо существенно отличающегося от первоначального). Перечень важнейших решений Конституционного Суда РФ, принятых в этот период, можно продолжить. Учитывая, что они обязательны не только для правоприменителя, но и для законодателя, именно орган конституционной юстиции сыграл ключевую роль в изменении многих традиционных для российского уголовного процесса подходов, в значительной мере подготовив своими постановлениями новый УПК РФ 2001 г. В научной литературе произведенные решениями Конституционного Суда РФ преобразования отечественного уголовного процесса были даже названы «тихой революцией» 194 .

В-третьих, начались активные работы по подготовке новой российской уголовно-процессуальной кодификации. Велись они на фоне ожесточенной полемики между сторонниками двух вариантов развития отечественного уголовного процесса: 1) почти полного слома традиционной российской модели, исторически основанной на континентальных подходах и со времен Устава уголовного судопроизводства развивавшейся в русле смешанного уголовного процесса 195 , с заменой ее на полностью состязательное уголовное судопроизводство в духе англо-американских образцов; 2) модернизации советского уголовного процесса путем приведения его в соответствие с современными требованиями, но с сохранением всей континентальной «смешанной» инфраструктуры, унаследованной от дореволюционного периода развития 196 .

С учетом отмеченного расхождения в подходах неудивительно, что в начале 1992 г. были созданы не одна, а две «параллельные» рабочие группы по разработке нового УПК: первая действовала при Государственно-правовом управлении Администрации Президента РФ, вторая – при Министерстве юстиции РФ. Результатом их деятельности стали два альтернативных проекта УПК, опубликованные осенью 1994 г. Проект УПК (только общей части) ГПУ Президента РФ выражал более радикальные идеи перехода к почти «чистой» состязательности 197 , проект УПК Минюста России (полный) являлся много более умеренным и в значительной степени отражал воззрения сторонников сохранения континентального статус-кво 198 . В целом на данном этапе в борьбе проектов верх одержал проект УПК Минюста, который и был в 1995 г. принят к рассмотрению Государственной Думой, после чего работу над ним продолжила уже единая рабочая группа при Комитете по законодательству Государственной Думы РФ. Рабочая группа при ГПУ Администрации Президента РФ к тому моменту прекратила существование.