Только в два часа дня адъютант привез Якову II весть о том, что главная атака противника была предпринята на Олдбридж и деревня уже взята. В результате основная часть якобитской армии, так и не принявшая участия в бою, вместе с Яковом II оказалась зажатой между двумя флангами оранжистов: бригадой М. Хермана и генерала Дугласа, с одной стороны, и главными силами Вильгельма III, занявшими Олдбридж, с другой. Якобиты пытались провести фронтальную атаку противника, однако им помешала болотистая местность. Когда М. Хэрман и Дуглас начали с флангов обходить позиции ирландской армии, Яков II понял, что ему угрожает полное окружение и отдал приказ об отступлении [1360] . Ирландская пехота бросилась бежать безо всякого порядка [1361] . Единственной частью якобитской армии, сохранившей боевой порядок в ходе отступления, оказался экспедиционный французский корпус герцога де Лозэна. Французы дважды отбивали атаки преследующих оранжистких войск и спасли якобитов во время их отступления от окончательного разгрома [1362] .

Ирландская армия была слишком многочисленной, поэтому Вильгельм III отказался от ее преследования, следуя стратагеме Сципиона Африканского: «Оставь врагу золотой мост» [1363] . Видимо, нидерландский статхаудер опасался, что не принявшие участие в бою две трети армии Якова II в ходе преследования могут повернуть назад, и в таком случае исход сражения будет неизвестен.

Во время этого сражения якобиты понесли сравнительно легкие потери: около 1 тысячи убитыми и 500 пленными. Оранжисты потеряли убитыми 500 человек [1364] . В результате победы при р. Бойн в руках Вильгельма III оказалась восточная часть Ирландии и столица королевства — Дублин. Якобиты были вынуждены отступить в самую суровую и бесплодную часть страны — западную провинцию Коннахт. Их боевой дух окончательно упал.

Увидев поражение своей ирландской армии, Яков II покинул поле сражения. Вечером 1 июля Яков II прибыл в Дублин, а 4 июля, считая продолжение борьбы в Ирландии бесперспективным, отбыл во Францию [1365] . Накануне он направил последние распоряжения герцогу Тирконнелу, согласно которым тот получил титул вице-короля Ирландии и неограниченные полномочия. Низложенный Стюарт предоставил Тирконнелу по своему усмотрению решить вопрос о дальнейшей судьбе якобитского движения в Ирландии [1366] , предоставив ему полномочия на заключение мира с Вильгельмом III Оранским.

Прибыв в Дублин утром 2 июля 1690 г., предводители разбитой якобитской армии герцоги Тирконнел и де Лозэн обнаружили, что ирландская столица находится в руках протестантов. Заключенные были выпущены из тюрем. Толпы горожан чинили беспорядки. Дома Патрика Сарсфилда и других известных предводителей якобитов были разграблены. Многие приближенные Якова II и французские аристократы бежали в соседний г. Уотерфорд. Началось формирование протестантского ополчения и разоружение католиков. Начальник нового гарнизона капитан Роберт Фицджерард сформировал временное правительство, готовое передать власть Вильгельму III [1367] . В этой ситуации оборонять столицу не представлялось возможным, поэтому остатки якобитской армии отступили в Лимерик — портовый город, находящийся на западном побережье страны [1368] . Вслед за ирландской столицей оранжистам сдались крупнейшие города восточной части острова: Дрогеда, Килкенни, Клонмел, Уотерфорд [1369] .

С бегством Якова II якобитское движение в Ирландии ослабло. Хотя свергнутый Стюарт был посредственным военачальником и организатором, однако он являлся фигурой, которая объединяла всех сторонников старого режима независимо от их интересов. После поражения на р. Бойн среди якобитов начались разногласия, которые усугублялись по мере того, как сторонники Якова II терпели новые поражения. Каждая партия выдвигала своего лидера, между которыми разгорелась борьба. После бегства Якова II во главе ирландских якобитов остались четыре ключевые фигуры: герцог Тирконнел, которого начали одолевать недуги, герцог Берик, полковник Патрик Сарсфилд и граф де Лозэн. Последний был иностранцем и поэтому не мог располагать сколько-нибудь значительным влиянием среди ирландцев [1370] .

Герцог Берик (1670–1634) был старшим и самым любимым из незаконнорожденных детей Якова II. Матерью герцога была Арабелла Черчилль — родная сестра графа Мальборо [1371] . Впоследствии дяде и племяннику, двум полководцам, «не раз пришлось скрестить шпаги в бою» [1372] . Слабость позиций герцога Берика заключалась в том, что он был юн и не имел политической опоры в стране [1373] . Берик занимал высокое положение в якобитском руководстве при отце, но с отъездом Якова II он утратил свои позиции, хотя официально и получил пост главнокомандующего ирландской армией [1374] . В итоге сын короля был вынужден уйти на второй план и уступить руководство борьбой другим лицам.

В отличие от юного Берика, Тирконнел был старым и опытным политиком. Ко времени битвы при р. Бойн ему было шестьдесят лет. Благодаря своим родственным и личным связям ему удалось собрать значительную партию, которая оказывала ему поддержку [1375] .

Новой яркой фигурой, выдвинувшейся в период кампаний 1689–1690 гг., стал полковник Патрик Сарсфилд (ок. 1660–1693), «отважный кавалерийский командир» [1376] , который был любимцем армии, ставшей единственной опорой якобитов в Ирландии на заключительной фазе восстания. П. Сарсфилд происходил из известной, но незнатной семьи [1377] . В отличие от герцогов Берика и Тирконнела, молодой ирландский офицер своим выдвижением был обязан исключительно личным заслугам [1378] . Его высоко ценили Яков II и Людовик XIV. Последний в 1689 г. обращался к своему кузену с просьбой отпустить П. Сарсфилда на военную службу во Францию [1379] .

Основная борьба за лидерство развернулась между герцогом Тирконнелом и полковником П. Сарсфилдом [1380] . Вице-король и его партия, представлявшая интересы англо-ирландской аристократии, считали дальнейшую борьбу бесперспективной и выступали за скорейшее начало переговоров с Вильгельмом III. Они были готовы примириться с новым режимом при условии сохранения своих привилегий. Патрик Сарсфилд, представлявший интересы армии и более радикально настроенной части ирландской и англо-ирландской знати, настаивал на продолжении сопротивления.