С гораздо меньшими усилиями Карл привёл к покорности Баварию. Герцогство Баварское выросло на основе племенного союза баваров (маркоманнов), принимавшего участие в Великом переселении народов, и, таким образом, представляло собой моноэтничное политическое образование. Герцоги баварские осуществляли экспансию на восток, незадолго до вступления на престол Карла Великого присоединив Каринтию (Хорутанию) и Крайну, населённые южными славянами. Что касается отношений с Франкским государством, Бавария всегда сопротивлялась попыткам франкских королей навязать ей вассальный статус и принимала таковой лишь формально, из опасения военного столкновения с могущественным соседом. Герцоги Баварии постоянно искали союзников против франков, обращаясь к западным славянам, аварам, лангобардам и т. д. Немаловажную роль сыграло и то, что жена герцога Тасиллона Лиутберга была дочерью свергнутого короля лангобардов Дезидерия; это способствовало росту антифранкских настроений при баварском дворе. Однако, Бавария не успела чем-либо помочь южноитальянским противникам Карла, с которыми Тасиллон пытался вступить в сговор, и после их поражения осталась в одиночестве. Стратегическая инициатива перешла к Карлу. Под предлогом неявки Тасиллона на традиционный сейм франкской знати по приказу короля, Карл в 787 г. организовал военную блокаду Баварии, и Тасиллон, желая избежать неминуемого разорения своего герцогства, почёл за благо добровольно сдаться Карлу. В июне 788 г. королевский суд в Ингельхайме приговорил Тасиллона к смерти по обвинению в государственной измене, заменив потом эту меру заточением в монастырь самого герцога и его семьи. Так Бавария из непокорного вассала превратилась в очередную провинцию будущей империи Карла Великого; там, как и в других завоёванных областях, стала создаваться стандартная административная система. Вместе с Баварией к Франкскому государству отошли и упомянутые выше славянские земли, присоединённые Тасиллоном.

Если рассмотренные выше войны Карла Великого велись франками против государств того же типа, что и Франкское, а именно — варварских королевств германцев, образовавшихся в результате переселения народов, то далее пойдёт речь о противнике, принадлежащем к несколько иному этнокультурному типу, — о кочевниках аварах, вторгшихся в Европу в VI в. и основавших своё государство в Паннонии. Аварский каганат был типичным грабительским государством степных кочевников, существовавшим за счёт опустошительных рейдов и сбора дани с окружающих его племён, в основном славянских. Франки впервые столкнулись с аварской угрозой в конце 780-х гг., когда разные противники франков — лангобарды, Бавария, саксы — все как один обращались с просьбами о помощи к аварам. Это обстоятельство поставило Карла перед необходимостью принять адекватные меры. Кроме того, от набегов авар страдали славянские провинции на восточных рубежах разросшейся державы Карла. Наконец, в 788 г. по договору с Тасиллоном (тогда уже сдавшимся Карлу) авары с некоторым опозданием вторглись в пределы Баварии, где, правда, потерпели поражение. Так началась война с аварами, длившаяся с переменным успехом до 795 г. Осенью 791 г. Карл Великий организовал большой поход против авар: войска двинулись из столицы Баварии Регенсбурга тремя потоками и в ходе успешного наступления преследовали авар до Венского леса и слияния рек Раб и Дунай. Лишь неожиданно начавшийся падёж лошадей во франкском войске помешал Карлу закрепить достигнутый успех и довершить разгром авар. Войска вернулись обратно, и далее возобновились вялотекущие военные действия, сопровождавшиеся также дипломатической борьбой: Карлу удалось подкупить часть аварской знати, тем самым ослабив противника. Наконец, решающим фактором стал союз между Карлом и князем хорутан (южных славян, населявших Каринтию и Крайну, предков нынешних словенцев) Войномиром, сразу удвоивший силы на восточном театре военных действий. В 795 г. в результате совместного похода франкский полководец Эрик Фриульский и Войномир штурмом взяли столицу Аварского каганата — так называемый «ринг», состоявший из нескольких концентрических валов. Силы каганата были безнадёжно подорваны, но, тем не менее, для окончательного их разгрома Карл в 796 г. послал в Паннонию очередную рать под руководством своего сына Пипина, короля Италии. При её приближении авары в страхе сами убили своего кагана и предложили мир; однако франки сочли целесообразным тотальное истребление авар огнём и мечом. Ринг был полностью разрушен, авары вырезаны практически полностью по всей Паннонии, отданной после этого для заселения славянам. К 799 г. были уничтожены остатки авар, скрывавшиеся в степях. Так, усилиями Карла Великого практически в одночасье прекратил своё существование Аварский каганат, на протяжении двух столетий являвшийся своего рода занозой в теле тогдашней Европы. Эти события послужили основанием для широко известной поговорки: «погибли аки обры (авары)», то есть, сразу и бесследно.

К иному цивилизационному типу принадлежал и другой противник Карла Великого — арабы, угрожавшие южной границе Франкского государства. Спустя полвека после сокрушительного поражения, понесённого от Карла Мартелла при Пуатье (732), арабы вновь предпринимают попытки экспансии на север от Пиренеев. Этому предшествовали сложные политические пертурбации в арабо-мусульманском мире. Усиление в арабской Испании недавно образовавшегося Кордовского халифата, управляемого оппозиционной по отношению к Багдадскому халифату династией Омейядов, вызывало недовольство мелких арабских князьков (эмиров) северной Испании, не желавших подчиняться централизующей власти кордовских халифов. Эти эмиры в борьбе за свою удельную независимость стали искать союзника в Карле Великом, принеся конфессиональные разногласия с христианами в жертву политической целесообразности. В 777 г. эмир Сарагосы обратился к Карлу с просьбой о помощи. В ответ на это Карл в 778 г. организовал поход в Испанию, однако арабский союзник, по-видимому, уже передумал, изменив свои намерения в соответствии с быстро менявшейся политической конъюнктурой, и поход увенчался ничем, пройдя впустую. Более того, на обратном пути арьергард франкского войска, возглавляемый приближённым Карла Роландом, подвергся в ущелье Ронсеваль внезапному нападению то ли горцев-басков, то ли, по другим сведениям, всё-таки арабов, и был полностью истреблён. Этот случай лёг в основу сюжета известного французского эпоса Средневековья «Песнь о Роланде».

Таким образом, испанская политика Карла Великого с самого начала была гораздо менее успешной, чем победоносные кампании на восточных границах. Более того, после неудачи 778 г. ситуация на юге стала ухудшаться. В 788 г. к власти в Кордовском халифате пришёл халиф Хишам, проповедовавший идеи возрождения арабской военной мощи под знаменем исламского джихада, апеллируя к недавним славным временам арабских завоеваний. Было очевидно, что на сей раз объектом этого «джихада» могут быть лишь территории к северу от Пиренеев, если учесть, что других сухопутных границ с немусульманскими государствами у Кордовского халифата, по сути, и не было. У франков же на южных границах было мало войск, поскольку Карл в то время был занят подготовкой похода против авар и военными действиями в Беневенте (см. выше). Созданное Карлом в 781 г. «вице-королевство» с центром в Тулузе, находившееся под формальным управлением его малолетнего сына Людовика и игравшее роль будущей Испанской марки, не смогло сдержать удар арабов, совершивших в 791 г. поход в Септиманию, в ходе которого были разорены и разграблены Нар-бонн и Каркассон, а франкское войско было разбито на р. Орбье.

Облегчение ситуации наступило со смертью халифа Хишама в 796 г. У Карла к тому времени в связи с разгромом авар высвободились значительные воинские силы, и наступательная инициатива переходит от арабов к франкам. Франкская экспансия, сопровождающаяся постоянными военными действиями, длилась с конца 790-х гг. по 814 г., до конца царствования Карла Великого. На очищенных от арабов землях создавалась Испанская марка, заселяемая испанцами, бежавшими в пределы Франкского государства от арабов. Столицей марки стала взятая в 801 г. Барселона. К 814 г. территория Испанской марки простиралась на юг до р. Эбро, ставшей рубежом между империей Карла Великого и землями халифата.

К концу VIII в. относятся также попытки Карла установить контроль над кельтской Бретанью. Бретань, подобно английскому Уэльсу, оставалась чисто кельтской областью, не затронутой франкским завоеванием и колонизацией ввиду своей труднодоступности; единственная сухопутная граница Бретани на востоке представляла собой полосу непроходимых болот. В V в. население полуострова значительно возросло за счёт кельтских беженцев из Британии, подвергшейся в то время опустошительному англосаксонскому завоеванию. Франкские короли предпринимали попытки покорения Бретани с 560 г., но практическими результатами этих попыток были лишь признание бретонцами формального вассалитета и выплата дани; в реальности же Бретань оставалась независимой. Карл Великий укрепил созданную его предшественниками Бретонскую марку с центром в Ванне, а его полководцы — сенешаль Адульф и префект марки Гюи — совершили в 786 и 799 гг. походы в пределы Бретани; однако ничего не изменилось. Бретань попала под власть французской короны лишь в 1532 г.

Перейдём теперь к войнам, которые Карл Великий вёл на протяжении долгих 30 лет (772–804) и которые стали самыми кровопролитными и упорными за всё время его царствования. Речь идёт о войнах с саксами, чьи земли примыкали к северо-восточным границам империи франков. Необходимо сказать несколько слов о саксах, чтобы понять причины столь длительного и жестокого их противоборства с Карлом Великим. Саксы населяли в раннее Средневековье обширные земли в нижнем течении Рейна, Везера и Эльбы. Значительная часть саксов вместе со своими северными соседями — англами и ютами — приняла участие в завоевании кельтской Британии в V в., где создала свои королевства. Оставшиеся же на континенте саксы к рассматриваемому периоду ещё не успели создать своей государственности, находясь на стадии классообразования и живя племенными союзами. Подобных союза насчитывалось четыре: непосредственно к владениям франков примыкали земли союза вестфалов, за ними, в бассейне Везера, лежала территория анграриев (энгернов), ещё восточнее располагались остфалы, граничившие по Эльбе с западнославянскими племенами, а к северу, на месте современного Шлезвиг-Гольштейна, жили нордальбинги (то есть «живущие к северу от Эльбы»). Саксы издавна славились воинственным нравом, широко практикуя как пиратство (по причине которого целые районы побережья Британии и Галлии носили название «Саксонского берега»), так и сухопутные набеги на соседей, в том числе и на государство франков. Франки отвечали военными экспедициями, такими, как в 718 и 734 гг. при Карле Мартелле, в 744, 753 и 758 гг. при Пипине Коротком. Но только Карл Великий пошёл дальше этого взаимного обмена ударами и предпринял попытку присоединить Саксонию к франкской державе с целью навсегда положить конец набегам саксов, «окультурить» эти племена посредством включения их в унифицированные структуры своей империи. Следует отметить, что после присоединения к франкской державе Фризии (Фрисландии) на севере и Алеманнии, Тюрингии и Баварии на юге земли саксов глубоко вдавались своим западным краем в территорию расширяющейся империи, так что их присоединение имело в каком-то смысле и геополитический подтекст.

Сложность конфликта усугублялась конфессиональными противоречиями: саксы придерживались традиционных языческих верований, и это дало повод Карлу вести борьбу с ними под лозунгом христианизации Саксонии. В этом смысле Карл Великий стал духовным предтечей крестоносцев классического Средневековья. Конфессиональный фактор придавал этой борьбе особое упорство и непримиримость, поскольку саксы, в свою очередь, сражались не только за политическую независимость, но и за свою веру. Кроме того, немаловажен тот факт, что побеждённые саксы подвергались закрепощению, становясь из свободных людей крепостными франкских феодалов. Таким образом, саксы в этой борьбе отстаивали привычный патриархальный уклад жизни, социальную организацию, присущую племенам на данной стадии классобразования, для которой свойственно преобладание свободного крестьянства. Всё это обусловило крайне ожесточённый характер покорения Саксонии. Почти ежегодно франкские войска вторгались в земли саксов, воздвигали крепости, размещали гарнизоны, прочёсывали леса и болота, разоряли языческие капища, осуществляли насильственную христианизацию населения и его депортацию во внутренние области Франкского государства с целью ликвидировать сам базис сопротивления, но саксы отвечали тотальным сопротивлением, резнёй гарнизонов, ответными набегами на франкскую территорию, фанатичной приверженностью вере своих предков.