Джо Бонанно находился за пределами страны, возвращаясь из поездки в Италию, когда Вито Дженовезе организовал вторую конференцию в Апалачине. За год до этого Бонанно председательствовал в доме Барберы, где проходило спокойное национальное собрание. В своих мемуарах Бонанно утверждал, что был против встречи 1957 года, потому что она нарушала установленный протокол о массовом собрании каждые пять лет, и было слишком рискованно собираться через год на том же месте. Другие боссы считали, что Бонанно был раздосадован тем, что с ним не посоветовались по поводу второй встречи, и что его влиятельное положение в Нью-Йорке и в стране оспаривал выскочка Дженовезе.

В своей автобиографии Бонанно утверждал, что был в Апалачине на частных посиделках, но бойкотировал большую встречу в доме Барберы. Полиция штата, как он утверждал, по ошибке опознала его, потому что один из его грузчиков, которого остановили, использовал водительские права Бонанно. Его объяснение было опровергнуто в конфиденциальном отчете о полицейском рейде, подготовленном для тогдашнего губернатора Нью-Йорка Аверрелла Гарримана. В отчете говорилось, что полицейские нашли смущенного Бонанно, бредущего по кукурузному полю, прилегающему к владениям Барбера, и что он сказал им, что «навещал» больного друга.

Покушение на убийство Фрэнка Костелло в 1957 году, убийство Альберта Анастазиа , катастрофа в Апалачине — все это произошло в течение шести месяцев — впервые после слушаний Кефаувера шестью годами ранее заставило мафию вновь оказаться в центре внимания общественности. На представителей правоохранительных органов вновь стали давить, требуя объяснений загадочной последовательности событий, завершившихся в Апалачине. Возникли очевидные и тревожные вопросы: Кто созвал всех этих отъявленных гангстеров на массовое собрание? Какова была его цель? И насколько могущественна эта группа?

Федеральное большое жюри предъявило обвинения двадцати семи участникам собрания в Апалачине, и двадцать из них были осуждены за сговор с целью лжесвидетельства и препятствования правосудию. Приговоры были единогласно отменены апелляционным судом на основании недостаточности доказательств заговора и лжесвидетельства. Главной причиной, указанной в судебном решении, стала широко распространенная наивность, царившая в то время в системе уголовного правосудия, относительно существования Комиссии и методологии мафии. Отметив «странный характер» собрания в Апалачине, коллегия из трех судей сочла, что «обычный опыт» не допускает мысли о том, что преступный заговор может быть вынашиваем в таком большом, казалось бы, несекретном собрании. Возможно, судьи и приняли правильное решение, сославшись на отсутствие доказательств по делу, но, как и большинство юристов того времени, они были явно не в курсе операций мафии и ее мотивов для встречи. Единственной причиной совещаний в Апалачине были заговоры и планы преступной деятельности.

Даже после Апалачина Дж. Эдгар Гувер, самый известный в стране эксперт по правоохранительным органам, все еще публично отрицал существование мафии. Однако в частном порядке вице-король ФБР был унижен тем, что после Апалачина похвалы удостоился его осведомленный заклятый соперник, глава Бюро по борьбе с наркотиками Гарри Анслингер. В одночасье Анслингер был признан прессой лучшим авторитетом в правоохранительных органах по вопросам организованной преступности. Гуверу пришлось отвечать. Как обычно, не признавая прежних ошибок и не упоминая запретное слово «мафия», он отдал приказ о начале программы по нагону преступников по образцу одного из своих успехов в области связей с общественностью — «Десяти наиболее разыскиваемых списков» ФБР. Каждое бюро ФБР должно было выявлять и добиваться судебного преследования «десяти главных хулиганов» в своей юрисдикции. В терминологии Гувера «хулиганы» были кодовым названием мафиози. Для агентов в Нью-Йорке, Чикаго, Филадельфии и других крупных городах придумать десять целей было проще простого. Но бюро в штатах, куда никогда не ступала нога Коза Ностра, — Вайоминге, Айдахо, Монтане, Айове, Юте, Небраске и многих других — выполняли приказ Гувера, задерживая мелких преступников и малолетних правонарушителей. В рамках программы были задержаны десятки мелких букмекеров и азартных игроков, но общий эффект от арестов оказался бессмысленным.

Другой шаг Гувера был подпольным и более эффективным в плане сбора разведывательной информации, но он был незаконным. Он издал конфиденциальные инструкции по «работе с черными мешками» — так ФБР называло установку «жучков» без разрешения суда в местах скопления подозреваемых мафиози. В директиве, адресованной специальным агентам региональных отделений, он велел им использовать «необычные методы расследования» — эвфемизм для электронного наблюдения.

Это было непростое задание, поскольку большинство агентов и начальников бюро почти не знали, как устроена мафия и где ее лидеры ведут дела. Как и в случае с кампанией по борьбе с худлумами, удалось получить мало сведений, за исключением удачного случая в Чикаго, где агрессивные агенты поставили жучок в комнате над портновской мастерской, которую использовал Сэм «Момо» Джанкана, крестный отец этого города. Они засекли один разговор, который убедительно показал важность встречи в Апалачине и унижение, вызванное полицейской облавой. Агенты слышали, как Джанкана по телефону отчитывал Стефано Магаддино, босса из Буффало, за помощь в организации встречи. Незаконное подслушивание никогда не могло быть использовано в качестве доказательства в суде, но его части были переданы агентами ФБР в прессу семь лет спустя.

«Надеюсь, вы довольны, — жаловался Магаддино язвительный Джанкана. — Шестьдесят три наших лучших парня сделаны копами».

«Должен признать, что ты был прав, Сэм, — ответил Магаддино. — На твоем месте этого никогда бы не случилось».

«Ты чертовски прав, не случилось бы, — взорвался Джанкана. — Это самая безопасная территория в мире для большой встречи. Мы могли бы разбросать вас по моим мотелям. Мы могли бы дать вам разные машины из моих автоагентств, а потом устроить встречу в одном из моих больших ресторанов. Копы нас здесь не беспокоят».

У Гувера был еще один секретный туз в рукаве. Под руководством своего помощника Уильяма К. Салливана он подготовил монографию или специальный доклад о том, существует ли мафия на самом деле. Завершенный в июле 1958 года, он гласил: «Истина заключается в том, что имеющиеся доказательства не позволяют логически отрицать существование преступной организации, известной как мафия, которая на протяжении многих поколений досаждала законопослушным гражданам Сицилии, Италии и Соединенных Штатов».