По словам Антонио Алькала Галиано (впоследствии близкого соратника и друга Вальдеса), Вальдес был без сознания, когда «Нептуно» выбросило на скалы. Он был обязан своим выживанием молодому гардемарину, который с несколькими матросами храбро вернулся на лодке, чтобы забрать его, когда они поняли, что их раненого капитана не сняли с корабля. Они отвезли его в дом подруги, которая ухаживала за ним, пока он не выздоровел.

К утру «Аргонавт» и «Эндомтабль» оказались в трудном положении в устье бухты. «Сан-Хусто», лишенный бизань- и грот-мачт, «Монтаньес» - бизань-мачты, лишенная всех мачт «Санта-Анна» стояли на ненадежных якорях в устье порта. Таким образом, любой наступательной мощи, которой мог обладать Объединенный флот, пришел конец. Все их корабли теперь были либо разбиты, либо настолько серьезно повреждены, что рисковать ими снова было нельзя.

Вылазка Космао стала настоящим триумфом Объединенного флота. Они отбили два важных испанских корабля, но за ночь потеряли больше кораблей, чем приобрели за день. Трудно сказать, были бы дела у этих испанских кораблей лучше, если бы они не вышли в море, за исключением случая с «Райо», которым явно рисковали во второй раз скорее из соображений чести, чем прагматизма. Остальные были выброшены на мель в бухте, и это могло произойти в любом случае. С другой стороны, корабли, возможно, пережили бы шторм лучше, если бы все они, как «Принц Астурийский» и «Сан-Леандро», отошли вглубь залива. Но успех вылазки нельзя было измерить кораблями. Его истинное достижение заключалось в том, как оно подействовало на адмирала Коллингвуда, который понятия не имел, насколько малочисленны, насколько потрепаны и насколько непригодны к плаванию были оставшиеся вражеские корабли. Он был совершенно выбит из колеи смелостью врага и опасался, что в любой момент они могут снова выйти в море с большими силами, чтобы захватить обратно еще несколько своих кораблей.

В ночь с 23 на 24 октября показания барометра Менье в Королевской обсерватории к югу от Кадиса были одними из самых низких за всю историю наблюдений. Обсерватория дважды в день регистрировала давление, силу и направление ветра, а также облачность. Историк метеорологии Деннис Уилер проанализировал ее записи — наряду с судовыми журналами — и реконструировал погоду октября 1805 года.

Низкое давление, возникающее в Кадисском заливе, обычно быстро перемещается на север, но в конце октября 1805 года там образовался глубокий минимум, ставший тем, что синоптики называют «изолированной областью низкого давления». Эти условия приводят к сильным южным ветрам и обильным осадкам на юге Испании. Кратковременные дожди обычно длятся недолго. но некоторые из них сохраняются с полной интенсивностью в течение целой недели, как, например, Трафальгарский шторм.

Во время шторма на Кадис выпало вдвое больше осадков, чем в среднем за октябрь. С 22 по 25 октября шел непрерывный дождь, а сильные ливни продолжались еще четыре дня. Барометр обсерватории, измеряемый в парижских футах, упал на два дюйма ночью после сражения и еще на два дюйма в течение следующего утра. В среду и четверг он был более или менее стабильным, затем 25 октября упал еще на полтора дюйма, достигнув низшей точки своего падения в пятницу днем.

Ветер подстих 27 октября, но оставался сильным, а иногда и очень сильным до 30 октября. Уилер счел весьма вероятным, что в разгар шторма он достигал по современной шкале Бофорта 10 баллов («сильный шторм») и даже 11 баллов («жестокий шторм»). Термин «ураган», использованный Асмусом Классеном и британскими капитанами Генри Блэквудом и Эдвардом Кодрингтоном, в то время широко использовался для описания всех сильных ветров, а не только современных двенадцати баллов. Но это был ветер, который, несомненно, мог испугать и закаленных моряков. Чарльз Тайлер написал своей жене Маргарет о том, как "во вторник вечером налетел жестокий шторм и в течение четырех дней дул прямо на берег". Такая буря была бы страшна в любое время, но для кораблей в том состоянии, в котором большинство из них находилось к 23 октября, она была ужасна.

Эдвард Кодрингтон считал "этот ураган самым страшным из тех, которые я когда-либо видел". Он писал своему брату Уильяму, что "опасность потерпеть крушение на подветренном берегу", из-за которой корабли и фрегаты Космао прекратили преследовать его, "самым тревожным образом возросла из-за урагана, который налетел той ночью в самый критический момент и разнес все наши марселя на атомы". Ему с трудом верилось, что "возможно сорвать с рея фор-марсель после того, как он был плотно свернут и как следует закреплен; и около двух часов, пока мы дрейфовали к берегу в кромешной темноте, мы не могли отважиться поставить ни клочка парусины". На «Орионе» и на буксируемом им испанском корабле «Багама» с малочисленным экипажем люди вглядывались в темноту в попытках увидеть землю, которая, как они знали, должна была находиться в пределах нескольких миль, пытаясь различить рев прибоя за общим шумом шторма. В отчаянии команда «Ориона» приготовилась стать на якорь и срубить мачты.

Затем ветер стих настолько, что молодые марсовые смогли вскарабкаться по гудящим вантам и осторожно взобраться на раскачивающиеся реи для постановки зарифленных фока и грота. Когда они это сделали, Кодрингтон решил для спасения своего корабля принести в жертву людей на испанском призе, перерубив буксирный трос. Экипаж последнего неоднократно подавал сигналы бедствия, но Кодрингтон, ожесточив свое сердце, совершил поворот, воспользовавшись сменой направления ветра на западный, и стал отходить от берега. Объясняя два дня спустя Генри Бейнтану свои действия, он полагал, что «Багама» погибла, и ее судьба была на его совести.

Описывая события того дня своему брату Уильяму, Кодрингтон с иронией добавил, что, по его мнению,