После этих боёв из 32 000 человек, с которыми король выступил из этой столицы, у него оставалось в строю не больше 20 000. Корпуса, действовавшие вдоль Адриатического моря и на центральном участке, также понесли большие потери. Армия была совершенно деморализована. Между тем к французам ежедневно прибывали подкрепления. Приняв ов внимание все эти обстоятельства, король по совету генерала Макка решил отступать; Макдональд начал его преследовать.

Неаполитанцы оставили Рим; французский гарнизон вышел из замка св. Ангела и вступил в город, вновь овладев им. Авангард наступающих французов встретился с колоннами кавалера де Сакс, уходивших из города по Римскому мосту. Неаполитанцы были атакованы, разбиты и отброшены; их рассеяли, захватив пушки и 1200 пленных. Среди итальянцев началась паника. Граф Роже-де-Дама, генерал неаполитанской службы, собрал беглецов и двинулся на Витербо, где в войсках вспыхнул мятеж. Келлерман бросился за ним, догнал в Монтальто и разбил, а затем блокировал Витербо, который сдался несколько дней спустя.

Всего в боях у Терни, Фермо, Чивита-Кастеллана, Отриколи, Кальви, Канталупо, Сторта неаполитанцы потеряли 25 000 человек, из коих 10 000 — пленными, 15 000 убитыми, ранеными и дезертирами, а также 80 пушек и много знамен. Макк смог собрать свою армию только за р. Вольтурно. Ему удалось в последних числах декабря сосредоточить там 20 000 человек из 45 000, составлявших его центр и левый фланг. С прибытием подкреплений из Неаполя он занял позицию, опираясь левым флангом на крепость Капую и правым на Казерте.

Французская армия, хотя и захваченная врасплох и наполовину меньшая по численности, потеряла мало людей и отличалась прекрасным боевым духом. Освободив район города Рим от неаполитанской армии, Жубер продолжал развивать успех и двинулся на Неаполь. При его приближении ретраншементы, которые Макк возвел для обороны этой реки, были брошены неаполитанцами вместе с припасами и орудиями. Не встретив никакого сопротивления, Жубер прибыл в Сан-Джермано, прорвавшись, таким образом. на неаполитанскую территорию.

Со стоянки в Казерте, где он прикрывал столицу, Макк прислал своего адъютанта с просьбой о перемирии. В этом ему было отказано. Однако успешное наступление французов прервалось вспыхнувшим крестьянским восстанием. Поднялось все население гарильянской долины и Апеннин. Восставшие овладели Гарильянским мостом, уничтожили обоз одной из французских дивизий, перерезали большое число отставших солдат. Высланные на их усмирение два батальона, не добившись успеха, были оттеснены. Сама главная квартира французской армии, подвергшаяся нападению толпы этих крестьян, едва не была захвачена и чудом спаслась благодаря доблести двух батальонов 97-й полубригады. Все коммуникации французов были перехвачены восставшими. Бои разрастались с каждым днем благодаря удачным для повстанцев стычкам. Тем временем Макк снова предложил перемирие. Оно было принято и подписано 25 января 1799 г. Капуя передавалась французам, занявшим все королевство, кроме Неаполя и его окрестностей. Король обязался немедленно уплатить 10 миллионов на содержание армии и закрыть свои порты для англичан. Этого известия и наступления нескольких батальонов было достаточно, чтобы рассеять мятежников и вернуть их в свои общины.

При приближении французов король покинул Неаполь и удалился на Сицилию, оставив управление королевством в руках князя Пиньятелли. Население этого большого города было охвачено брожением; не доверяя солдатам, толпы лаццарони ворвались в арсенал и разобрали оружие, чтобы защищать столицу. 16 января они выбрали князя Молинтерно своим главным начальником и овладели фортом Сент-Эльм. Все действия сопровождались криками: «Да здравствует св. Януарий, да здравствует Иисус Христос, да здравствует король Фердинанд!» Живущих в городе французов избивали на улицах; несколько домов было разграблено. Между тем, дворянство и богатая буржуазия, которым открыто угрожали за приверженность к французам, посмотрев на разгул фанатиков и черни, начала втайне переписывавшимся с французским главнокомандующим. 22-го армия приблизилась к городу. 23-го патриоты, во главе которых находился князь Молинтерно, ставший уже подозрительным для лаццарони, овладели фортом Сент-Эльм. Французы вошли в Неаполь. Многочисленная партия республиканцев подняла голову, а настроения среди лаццарони изменились. 24 января главнокомандующим было составлено временное правительство из 21 «патриота». Немного спустя была провозглашена Партенопейская республика, подконтрольная французам, и поход на юг Италии закончился.

Директория не утвердила соглашения от 10 января. Это, а также административные соображения побудили ее отозвать Жубера и вверить командование Итальянской армией генералу Макдональду. Австриец Макк, которого неаполитанцы успели возненавидеть, был взят в плен и отправлен в Париж.

Жубер собрался вернуться в Париж. Однако дорогой ему оставалось решить ещё и проблему Венеции. Венецианцы всегда проводили двуличную политику, втайне помогая врагам Франции; пришло время дать за это ответ. И Жубер явился в Венецию 18 февраля в сопровождении двух полубригад и кавалерийского полка.

Французский посланник представил его сенату. Сенаторы униженно оправдывались, предлагая французам все возмещения, какие они пожелают. Эмиссары Сената пытались подкупать всех, от кого хоть что-то зависит. Но все оказалось бесполезным. Они не знали, что по плану Директории эта республика должна была быть передана австрийцам в виде «компенсации» за те приобретения, которые сама Франция сделала на Апеннинах.

Пытаясь спасти свою независимость, венецианский сенат отправлял курьера за курьером в Париж, предоставив крупные суммы в распоряжение своего посланника в надежде склонить на свою сторону вожаков Директории. И действительно, венецианскому посланнику, раздавшему переводных векселей на 10 миллионов франков, удалось добиться приказаний, которых он просил. Однако Жубер сумел расстроить эту интригу: у него в руках оказался список тех, кому были розданы деньги в Париже. Он аннулировал все своей властью.

Вслед за этим последовал ультиматум венецианским властям, безоговорочно принятый ими. Большой совет аристократии сложил с себя обязанности и передал верховную власть муниципалитету. Власть аристократии была навсегда уничтожена. Провозгласили вновь демократическую конституцию 1200 г. Во главе города встал некий Винченцо Дандоло, химик, врач и агроном, человек энергичный, горячий энтузиаст свободы, и при этом вполне честный (что было страшной редкостью в Венеции того времени).

Таким образом, гордые фамилии венецианской олигархии, пали, не оказав никакого сопротивления. Тщетно в охватившем их унынии просили они помощи у Венского двора: у него были свои виды. В Венеции начали хозяйничать французы. Венецианский военно-морской флот состоял из двенадцати 64-пушечных кораблей и стольких же фрегатов и корветов; их снарядили и отправили в Тулон.