В Лиме специальные эмиссары Сан-Мартина установили контакт с местными национально-освободительными организациями и начали подготовку народного восстания. Оценив соотношение сил, вице-король предпочел сохранить армию, и 21 июля 1821 г. колониальные войска без боя отступили к северу, сохранив контроль над значительной частью страны, включая Верхнее Перу. Войдя в Лиму, 28 июля 1821 г., Сан-Мартин провозгласил независимость страны, и стал протектором Перу. Были изданы первые декреты новой власти, открывшие для иностранных кораблей перуанские порты, провозгласившие гражданские свободы и отменившие принудительные трудовые повинности индейских крестьян.

Известие об испанской революции придало новых сил не только южанам, но и северной армии Боливара, которой еще надо было освобождать Венесуэлу. В то время как армия Сан-Мартина шла с юга на север, Боливар продвигался ей навстречу. Ему удалось временно нейтрализовать испанские войска, подписав в 1820 г. соглашение о перемирии с генералом Морильо, переставшим получать инструкции из Мадрида. Уже в 1821 г., когда повстанцы собрались с силами, война возобновилась и столица Венесуэлы, Каракас, пала. Потери колонизаторов были весьма значительны. Появилось много перебежчиков, не желавших воевать на стороне терявшего власть испанского монарха.

6 мая 1821 г. была принята Конституция Колумбии, объявленной по настоянию Боливара, централизованной унитарной президентской республикой. Столицей стала Богота. После освобождения осенью того же года Панамы, ее ввели в состав Колумбии. Такой же была судьба освобожденного в 1822 г. Кито (Эквадор), где королевские войска были разгромлены соратником Боливара генералом Сукре.

Образовавшееся сильное и крупное государство могло оказать поддержку южанам, армия которых катастрофически теряла боеспособность в условиях непривычного климата предгорий. Протектор Перу Сан-Мартин пригласил Боливара на личную встречу. Она состоялась 26–27 июля 1822 г. в Гуаякиле. Историки до сих пор спорят по поводу содержания переговоров, которые носили конфиденциальный характер и никак не были прокомментированы участниками. Найти общего языка лидерам не удалось. Ярый республиканец Боливар остро реагировал на доводы Сан-Мартина – известного приверженца конституционного монархизма. Он отверг как предложение прислать на помощь южанам свою армию (считал, что она должна прежде подавить оставшиеся очаги сопротивления в Колумбии), так и идею взять под свое командование армию Сан-Мартина (счел недостойным воспользоваться плодами чужих трудов). Однако протектор Перу решил, что во имя победы общего дела ему следует уступить пальму первенства амбициозному бескомпромиссному Боливару, популярность которого была в тот период необыкновенно высока как в Америке, так и за ее пределами. Вернувшись в Лиму осенью 1822 г., Сан-Мартин сложил с себя командные и административные полномочия и отбыл в Европу, завершив свою политическую карьеру.

В декабре 1822 г. была принята демократическая конституция, и Перу стало республикой. Новое правительство во главе с генералом Ла Маром не смогло справиться с военными задачами и было смещено. С просьбой возглавить вооруженные силы обратились к Сукре и Боливару. Они были торжественно встречены населением Лимы. Под угрозой роялистского мятежа в Перу Боливар был наделен диктаторскими полномочиями для решения задачи окончательного изгнания испанцев. Креольская аристократия с недоверием отнеслась к Освободителю, опасаясь возможности присоединения Перу к Колумбии и проведения либеральных экономических реформ, не соответствовавших ее интересам. Были предприняты попытки установить контакты с испанцами. Удержать Лиму в условиях саботажа креольской аристократии Боливару не удалось. Вскоре большая часть страны была возвращена под власть роялистов. Поражение было воспринято Боливаром как временная неудача. Испанский колониальный режим находился на грани крушения.

В Новой Испании после завершения первого этапа войны, несмотря на не прекращавшуюся партизанскую войну, властям удавалось держать ситуацию под контролем. В 1818–1819 гг. все попытки возродить освободительное движение были пресечены, но революция в метрополии, повергшая в замешательство колониальную администрацию, вдохновила сторонников независимости. Спецификой Мексики было то, что в освободительном движении приняла самое активное участие та часть компрадорской креольской верхушки, которая была связана с колониальной администрацией. Ее лидеры, опасаясь радикальных реформ в колониях, призывали изолировать Мексику от влияния либерального правительства Испании, пришедшего к власти в результате революции 1820 г. Для достижения этой цели они готовы были выступить за независимость Мексики и взять власть в стране в свои руки.

Политическая платформа этой части креольской знати была сформулирована полковником Агустином Итурбиде, которого вице-король опрометчиво назначил командиром карательных войск (на первом этапе войны Итурбиде выступил на стороне испанцев в качестве активного душителя освободительного движения, которому колониальные власти безоговорочно доверяли). В феврале 1821 г. Итурбиде выступил в городке Игуала с обращением к мексиканскому народу, получившим название «план Игуала». В нем было сформулировано будущее устройство Мексики как конституционной монархии, основанной на принципах «религии, единения и независимости». Собственные монархические амбиции Итурбиде поначалу не афишировал, но именно они превратили его в фанатичного сторонника независимости Мексики. Ради этой цели он готов был привлечь на свою сторону любые силы, даже начал переговоры с партизанскими руководителями, пообещав установление полного равенства всех граждан без различия цвета кожи, расы, социального происхождения и имущественного положения. В условиях, когда демократическое движение в Мексике было разгромлено, инициативу при решении исторической задачи создания независимого государства взяли в свои руки консервативные круги колониального общества.

Армия Итурбиде не встречала сопротивления испанцев, видевших в нем наименьшее для себя зло. 28 сентября 1821 г. в захваченном Мехико была провозглашена независимость Мексиканской империи. К концу 1821 г. вся Мексика оказалась под контролем Итурбиде. 19 мая 1822 г., опираясь на армию, он провозгласил себя императором Мексики под именем Агустина I, но смог продержаться у власти всего девять месяцев.

Не желая выполнять данные повстанцам обещания, проводить внутриполитические реформы, новый император сосредоточил усилия на разработке экспансионистской внешней политики. Это повышало роль армии – его главной социальной опоры. После завоевания в 1821 г. независимости Гватемалой, включая Сальвадор, Коста-Рикой, а также побед освободительного движения в Гондурасе и Никарагуа Агустин I предложил им войти в состав Мексиканской империи. Под давлением Итурбиде, рассчитывавшего, что заслуги по собиранию Центральноамериканских земель облегчат ему путь на трон, гватемальское правительство 5 января 1822 г. официально объявило о вхождении своей страны в Мексиканскую империю. Не согласившаяся с этим решением провинциальная хунта Сальвадора заявила об отделении своей провинции от Гватемалы. На подавление недовольных была направлена мексиканская армия. В ходе военной операции мятежные провинции были покорены, и к началу 1823 г. большая часть Центральной Америки была практически аннексирована Мексикой.

Имперская политика требовала дополнительных государственных расходов и отвлекала внимание императора от проблем внутренней политики, включая контроль над теми силами, которые были использованы Итурбиде только временно для придания массовости движению за отделение от Испании. Обнаружив, что новая власть не намерена ничего менять в положении рядовых подданных, партизанские вожди Висенте Герреро, Николас Браво и другие возобновили военные действия. Креолы также были разочарованы сохранением привилегий колониальных чиновников.