Мэри была в отъезде, и эдинбургские священники решили посетить католическую мессу в Королевском соборе вместо того, чтобы присутствовать на протестантском богослужении Нокса. Группа протестантов, услышавших об этом, ворвалась в собор, вооруженная пистолетами, и схватила священников.

Двадцать два католика были осуждены протестантами.89

Возвратившись и узнав новости, Мэри была ужасно возмущена и приказала судить протестантов, ворвавшихся в Королевский собор. Суд был назначен на октябрь.

Нокс тут же написал обращение ко всем шотландским протестантам, напомнив им, как ранее они вместе боролись за торжество дела Реформации. Он попросил их сделать то же самое - на этот раз в большом количестве собраться в октябре на судебный процесс, где будут судить их братьев.

В своих попытках поймать Нокса в ловушку епископ раздобыл одно из писем реформатора и передал его Мэри. В надежде, что она наконец-таки поймала Нокса, королева возрадовалась и разработала свой план. Вместо того чтобы преследовать протестантов, которые нападали на католиков, она решила принять меры в отношении Нокса на основании измены, выразившейся в призвании королевских подданных выступить против нее без законных на то оснований.

Представ перед судом, Нокс отверг предъявленные ему обвинения в государственной измене. Реформатор выступил с очень сильной речью в свою защиту, причем в жестокости он обвинил не королеву, а католиков. Являясь представителем церкви, Нокс не совершал государственной измены. Он выступал и оперировал фактами с таким красноречием, что даже сама королева пришла в замешательство, поскольку ее наиболее продуманные вопросы на фоне выступления Нокса казались глупыми и неуместными. Мэри совершенно утратила контроль над собой и начала плакать. Суд оправдал Нокса и заявил, что он может возвращаться домой. После чего с реформатора были сняты все обвинения. В довершение всего даже епископ, предоставивший Мэри письмо Нокса, проголосовал с большинством!90

Видя недостойное поведение Мэри, дворяне-протестанты, служившие при королевском дворе, начали отворачиваться от нее. С этого момента правление Мэри, королевы шотландцев, покатилось вниз по наклонной плоскости.

Несмотря на все возникавшие у него проблемы, Нокс, конечно же, находил время и на личную жизнь. 25 марта 1564 года он снова женился. Тем самым он предоставил Мэри еще один повод для возмущения. Она была задета не тем, что Нокс женился, а тем, на ком он женился — на ее дальней родственнице!

Кажется немного странным, что новой жене Нокса, Маргарет Стюарт, было всего лишь семнадцать лет, тогда как ему самому было уже за пятьдесят. Однако в то время подобные браки не были такими уж необычными, хотя Кальвин и запрещал их для протестантских лидеров. Однако Нокс никогда не позволял искусственным правилам этикета или этики мешать ему в исполнении того, что он считал Божьей волей. Его брак не стал исключением; Нокс не скрывал своих отношений с Маргарет. Однажды он подъехал к ее дому на красивом коне, одетый в жилет, украшенный лентами и золотом.91

Несмотря на то, что Маргарет была девушкой королевских кровей, она во многом отличалась от своей родственницы Мэри, королевы Шотландии. Она оказалась верной и любящей женой, помогавшая Ноксу в его служении и подарившая ему трех дочерей.

В 1565 году Мэри, королева Шотландии, изнуренная своей борьбой с протестантами, также вышла замуж. Ее мужем стал легкомысленный и злобный Генри Стюарт (лорд Дарнли), английский католик. Вскоре после этого Мэри потеряла власть.

Активность протестантов в то время была достаточно низкой, и Нокс призвал их к энергичным действиям. Во время поста аморальный образ жизни Мэри стал проявляться наиболее очевидно. Несмотря на то, что Мэри была беременна, она ненавидела своего мужа и находила утешение в объятиях своего итальянского секретаря, Давида Риццио. Дарнли испытывал огромную ревность и однажды вместе с группой протестантов ворвался к Риццио (когда тот был с Мэри) и убил его. Убийцы посадили Мэри под арест в ее же комнате.

Спустя два дня Мэри переманила мужа на свою сторону, и тот помог ей сбежать на лошади в Данбар.

Нокс продолжал молиться так, как он еще никогда не молился. Он знал, что королева вернется, чтобы отомстить протестантам, и просил Бога: "Господи, положи конец моим невзгодам".92

То, чего боялся Нокс, скоро стало реальностью. Мэри вернулась и привела с собой такую армию, какой у нее еще никогда не было; люди, разгневанные убийством, совершенным протестантами, становились на ее сторону. Нокс уединился в Кайле; ему не давало покоя ослабленное здоровье. Там, он продолжил писать свою "Историю Реформации в Шотландском государстве", первую и единственную книгу, написанную реформатором в разгар описываемых в ней событий. Нокс начал работу над книгой летом 1559 года и писал ее до самой смерти. Однако опубликована она была лишь в 1644 году.93

В 1566 году ситуация несколько успокоилась, у Нокса появилась возможность спокойно вернуться в Эдинбург, но он не сделал этого. Его здоровье было настолько ослаблено, что в помощь ему был назначен еще один служитель, взявший на себя часть пасторских обязанностей. В 1567 году Нокс получил разрешение вернуться в Англию и увидеть своих сыновей, получавших там образование. Визит Нокса был очень своевременным; в его отсутствие Шотландия, возмущенная аморальностью Мэри, взорвалась.