После перенесенного инсульта Нокс был настолько немощным, что при ходьбе ему приходилось, с одной стороны, опираться на руку своего помощника, Ричарда Бэннетайна, а с другой — на трость. Иногда, поддерживаемый Бэннетайном, Нокс спускался во внутренний двор замка, где общался со студентами, увещевая тех придерживаться дела Реформации и продолжать его. По воскресеньям Ноксу помогали подняться за кафедру. Не обращая внимания на свою телесную немощь, за кафедрой Нокс преображался. Один студент писал, что Нокс был настолько решительным и энергичным, что, как иногда казалось, под его напором кафедра разлетится, а сам он просто вылетит из-за нее!98

В то время Нокс впервые начал упоминать о своем возрасте в письмах. В них он смешивал наставления с жалобами на телесную немощь. Свои письма Нокс подписывал так: "Лежащий полумертвым в Сент-Эндрюсе".99

Несмотря на свое "полумертвое" состояние, Нокс начал борьбу, которая после его смерти оказала значительное влияние на будущее шотландской церкви. Эта борьба касалась вопроса о назначении епископов. Нокс распорядился, чтобы после смерти старых католических священников на их места назначались молодые протестантские епископы. Правила, в установлении которых Нокс принимал участие еще в 1571 году, существуют в Шотландии и по сей день!

В 1572 году Нокс был очень болен. Тем не менее он продолжал писать, а его последний опубликованный памфлет "Ответ на письмо иезуита по имени Тайри" пользовался большим успехом. Этот памфлет Нокс написал в постели, будучи способным подняться с нее лишь один раз за всю неделю.

Даже находясь в таком немощном состоянии, Нокс умудрился совершить путешествие из Сент-Эндрюса в Эдинбург. В августе он выступил с проповедью в своем приходе впервые за последние шестнадцать месяцев, однако голос реформатора был настолько слаб, что его никто не мог услышать. Чтобы решить эту проблему, Нокс решил выступать в меньшем помещении. На протяжении двух последующих месяцев Нокс выступал с проповедью каждое воскресенье. Один человек отметил, что, несмотря на то, что голос Нокса с трудом можно было услышать даже в небольшом помещении, он продолжал проповедовать так же горячо и страстно, как и раньше.100

Примерно в это же время берегов Шотландии достигло известие о резне, учиненной против французских протестантов в Варфоломеевскую ночь. В тот самый момент французский посол находился на богослужении в церкви Нокса. Для реформатора это был слишком удобный момент, чтобы им не воспользоваться. Еле слышным голосом Нокс попросил посла передать французскому королю, что он является убийцей, а Божья кара постигнет не только его самого, но также и его потомков.101

В сентябре Нокс ушел с должности пастора Эдинбурга, которую впоследствии занял Джеймс Лоусон, помощник ректора Абердинского университета. В ноябре его рукоположил в эту должность сам Нокс. После окончания богослужения он вышел из своей церкви в последний раз. Прихожане сопровождали Нокса от церкви до самых дверей его дома.

Два дня спустя на Нокса напал приступ сильнейшего кашля, он окончательно подорвал его и без того ослабленное здоровье. Разум Нокса помутился - в пятницу он встал с кровати и начал одеваться, думая, что наступило воскресенье. В воскресенье же Нокс остался в кровати и отказался от еды, думая, что наступил объявленный им пост. К удивлению близких Ноксу людей, на следующий день его разум прояснился настолько, что реформатор позвал к своей кровати пресвитеров и дьяконов своей церкви и выступил перед ними с длинной проповедью. Прочитав девятый псалом, Нокс вверил их в руки Божьи. Служители покинули комнату Нокса в слезах.

Каждый день жена Нокса, Маргарет, или его помощник, Бэннетайн, читали ему 17-ю главу из Евангелия от Иоанна. Иногда он просил, чтобы ему прочитали проповеди Кальвина; в другое время Нокс был более расположен слушать псалмы. Время от времени реформатор казался настолько невосприимчивым к окружающему, что его спрашивали, слышит ли он. На это Нокс отвечал: "Я слышу и понимаю гораздо лучше".

Несмотря на немощь, в которой пребывали тело и разум Нокса, его воля была по-прежнему несломлена. Пока Нокс мог говорить, он продолжал осуждать королевскую власть. Также он попросил пригласить гробовщика и заказал для себя гроб.

Иногда во время сна Нокс бормотал себе под нос: "Живи во Христе! Церковь! Господь, положи конец этим беспокойствам!"102

Утром 24 ноября 1572 года Нокс попытался подняться с кровати, но не смог. Он попросил жену прочитать ему несколько отрывков из Библии. Ближе к обеду Нокс попросил ее прочитать 17-ю главу из Евангелия от Иоанна, где, как он сам сказал, он "впервые бросил якорь". Именно эта глава в молодости укрепила Нокса в его стремлении следовать за Господом.

Поздно вечером люди, собравшиеся у постели Нокса, преклонили колени для молитвы. Сам же реформатор лежал неподвижно. Кто-то спросил: "Сэр, вы слышите молитву?" Нокс ответил: "Я слышу Бога так же, как вы слышите молитвы этих людей, и я благодарю Его за этот чистейший небесный звук". После этого Нокс неожиданно воскликнул: "Все, свершилось!" - и глубоко вздохнул.

Бэннетайн присел у кровати Нокса и попросил его вспомнить обещания, данные в Новом Завете. Не зная, слышит ли он его, Бэннетайн попросил подать ему знак. Нокс собрал оставшиеся силы и приподнял одну руку - после этого он скончался.103

Перед самой смертью Нокса Шотландию продолжали сотрясать волнения на религиозной почве, однако реформатор испытывал внутренние мир и спокойствие, поскольку, несмотря ни на что, остался верен себе и Богу. Со своей частью шотландской Реформации он прекрасно справился.