Мэри родила сына, ставшего позже Джеймсом I, королем Англии. Во время торжеств по поводу рождения ребенка муж королевы, лорд Дарнли, отсутствовал.

Непостоянная любовь Мэри продолжала искать новый объект своего вожделения, пока не остановилась на графе Бо- туэлле. Они оба достаточно явно нарушили супружескую верность, в то время как жена Ботуэлла находилась дома.

Предполагалось, что Дарнли был болен; когда же он вернулся в Эдинбург, эти предположения стали реальностью. Лицо Дарнли было покрыто гнойными язвами, красноречиво свидетельствовавшими о том, что он был болен сифилисом. Мэри сидела у его кровати и утешала до самого утра. Стоило ей только покинуть его дом, как тот был полностью уничтожен взрывом порохового заряда, а Дарнли после был обнаружен мертвым в саду. Ни у кого из шотландцев не возникало сомнений в совершенном убийстве; их вопросительные взгляды были устремлены в сторону Ботуэлла.

Три месяца спустя Ботуэлл остановил (по предварительной договоренности с Мэри) королевский кортеж. На глазах у всех он похитил королеву, отвез ее в Данбар и инсценировал изнасилование. Конечно же, все это было заранее спланировано. Несмотря на многочисленных свидетелей произошедшего, Ботуэлл и Мэри "вынуждены" были пожениться. Жена Ботуэлла обратилась с протестом к католическому духовенству, надеясь, что таким образом она сможет остановить заключение брака. Граф щедро заплатил священникам за то, чтобы они "обнаружили", что его жена на самом деле приходится ему кузиной, и таким образом их брак нелегитимен. Несмотря на все препятствия, возникавшие у них на пути, Мэри и Ботуэлл поженились в мае 1567 года. Это была их фатальная ошибка.

Вся шотландская знать была потрясена аморальностью своей королевы и объединилась против нее и Ботуэлла, стремясь арестовать обоих. В июне Мэри сдалась в их руки. Ботуэллу же удалось сбежать на корабле в Норвегию.

Мэри была привезена назад, в Эдинбург, сопровождаемая негодующей толпой, требовавшей ее смерти. На следующий день Мэри, королева Шотландии, была заключена в замке Лохлевен. Шотландское правительство объявило о созыве Совета лордов.94

Арест Мэри совпал с окончанием визита Нокса в Англию; услышав новости, он ринулся в Шотландию, как лев к добыче. Нокс немедленно созвал собрание Генеральной ассамблеи протестантов, которая, однако, собрала лишь небольшое количество участников, поскольку дворянство пребывало в полном замешательстве из-за отвратительных действий Мэри и Ботуэлла. Ассамблея приняла решение о том, что присутствовавшие на ней протестантские служители пройдут по всей Шотландии и соберут всех дворян-протестантов на новое собрание, которое состоится в июле.

Каждый день Нокс сотрясал Шотландию своими проповедями, в которых заявлял, что Мэри должна быть предана смерти за убийство и прелюбодеяние, иначе гнев Божий обрушится на всю страну. Когда шотландские дворяне встретились в июле, их число снова оказалось в меньшинстве. К голосу столь небольшой группы служителей никто не хотел прислушиваться, и правительство постановило не казнить Мэри, но заставить ее отказаться от трона и своего маленького сына.

Нокс считал, что протестанты допустили ошибку, не казнив Мэри. Он знал, что, несмотря на ее заточение, королеву могут освободить.

Действительно, в мае 1568 года Мэри сбежала из Лохлевена и собрала небольшую армию из дворян, желавших сражаться за нее. Услышав об этом, протестанты испугались и объявили пост. Недовольный тем, что его не слушают, Нокс написал обращение к протестантам, в котором заявил, что побег Мэри произошел только потому, что они с милосердием отнеслись к убийце, идолопоклоннице и прелюбодейке. Нокс был убежден, что все возможные бедствия стали бы справедливым наказанием за эту ошибку.

Бедствия, однако, не наступили. Армия Мэри была с легкостью разбита, а сама она бежала в Англию, надеясь укрыться при дворе Елизаветы I. Но та считала Мэри своей соперницей, претендующей на английский трон, и бросила ее в тюрьму, где та вынуждена была провести последующие девятнадцать лет. Позже, все еще находясь в тюрьме, Мэри была обвинена в заговоре с целью убийства Елизаветы. Так и не признав своей вины, Мэри, королева Шотландии, была обезглавлена 8 февраля 1587 года.95

К концу 1568 года, когда Мэри покинула Шотландию, Нокс сконцентрировал свое внимание на вопросах, связанных с созданием и продвижением в Шотландии протестантской церкви. Нокс почувствовал, что его борьба подошла к концу, написав своему другу, что теперь его "дух спокоен, и есть время поразмышлять о смерти".96

Осенью того же года у Нокса случился инсульт, временно парализовавший его язык. На протяжении нескольких дней реформатор не мог говорить, что принесло значительное облегчение его врагам. Вокруг распространялись слухи о том, что Нокс больше никогда не сможет проповедовать, а другие говорили, что он и вовсе уже мертв.97 Однако спустя всего лишь несколько дней Нокс снова был за кафедрой, проповедуя с прежним рвением.

Хотя Мэри и сбежала в Англию, Нокс продолжал выступать против нее в своих проповедях. Это вызывало недовольство у многих людей, и на некоторое время Нокс утратил часть своего авторитета. Однажды ночью рядом с домом Нокса прозвучал выстрел, и пуля наверняка бы поразила реформатора, если бы он сидел на своем привычном месте. Друзья, охраняющие дом Нокса, умоляли его покинуть Эдинбург. Он некоторое время сопротивлялся, но в конце концов с явной неохотой перебрался в Сент-Эндрюс.

Однако и там стареющий Нокс не смог обрести такого желаемого спокойствия. Казалось, что весь город был наполнен его врагами и сторонниками сбежавшей королевы Мэри. На протяжении следующих пятнадцати месяцев Нокс беспрестанно спорил с ними, осуждая их идолопоклонство и защищая свои убеждения.