Протокол допроса Ходжанова, проведенного помощником начальника 7-го отделения 4-го отдела ГУГБ старшим лейтенантом ГБ Гнединым и оперуполномоченным 7-го отделения ГУГБ младшим лейтенантом ГБ Нейманом, был представлен Сталину 31 июля 1937 года. На допросе Ходжанов признался, что еще в декабре 1919 года, на съезде Советов в Актюбинске, он встретился с руководителем «Алаш-орды» Байтурсуновым, который «сообщил, что для дальнейшей борьбы с советской властью» лидеры движения «считают необходимым войти в блок с пантюркистами». В 1920 году в Москве «состоялось подпольное совещание между Байтурсуновым, руководителем башкирских националистов Заки Валидовым и туркестанским пантюркистом Рыскуловым». На совещании было принято решение о совместной борьбе против советской власти на платформе пантюркизма всех буржуазно-националистических организаций Средней Азии, Казахстана и Башкирии.

Создание пантюркистской организации «Иттихад-Ва-Таракки» («Единение и прогресс») на территории Туркестанского края произошло еще в 1918 году, при участии турецких офицеров. В нее вошли видные националисты Туркестанского края и Бухары: Рыскулов, Файзулла Ходжаев, Рахимбаев, Ходжибаев, Каримов, Низаметин и другие. И когда позже эти люди вступили в ВКП(б) и заняли высокие посты в республиках, это не означало изменения их убеждений. Наоборот, избрав свой центральный комитет и имея филиалы во всех областях, руководители «Иттихад-Ва-Таракки» стремилась к объединению тюрко-татарских народов и установлению буржуазной республики, независимой от России. На допросе 31 июля 1937 года Ходжаев показал, что «после 1923 года алаш-ордынская организация наметила следующую программу действий:

1) проникать в советский аппарат, взяв его под влияние байско-националистических элементов. В особенности «наркоматы финансов, юстиции, земледелия, народного просвещения, милиции; 2) проникнуть в культурные учреждения и вербовать националистические кадры среди молодежи; 3) бороться за сохранение авторитета родоначальника в казахском ауле, дав возможность баям и полуфеодалам влиять на перевыборные кампании; 4) поднимать авторитет мусульманского духовенства и способствовать его религиозной деятельности; 5) способствовать проникновению в ВКП(б) и комсомол…». Осуществляя эту программу, руководители алаш-ордынской организации комплектовали своими людьми центральные учреждения. Политику, направленную на засорение советского аппарата баями и муллами, осуществляли в аулах и волостных учреждениях».

В декабре 1924 года, когда южные области Туркестанской республики отошли к Казахстану и выделилась Киргизская автономная область, Ходжаев переехал в Оренбург, заняв пост секретаря Казахского краевого комитета ВКП(б). На допросе он пояснял: «В крайкоме партии, в Казахском ЦИКе и Совнаркоме было мною посажено на работу значительное число членов организации, они, в свою очередь, проводили работу по расстановке националистических кадров на периферии». Связь со своими единомышленниками он не терял и в 1925–1928 годах, когда учился в Москве «на курсах марксизма при ЦК ВКП(б)». Учеба принесла ему не только новые идеи, но и повысила его авторитет как национального лидера. И в конце 1929 года был создан объединенный центр антисоветской пантюркистской организации, в который вошли: Ходжиев, Ходжанов, Рыскунов, Нурмаков, Файзулла Ходжаев, Абдрахманов, Халилов, Кормасов и Габидулин.

Алаш-ордынская организация имела связь с националистической эмиграцией в Западном Китае и с националистами Узбекистана, Таджикистана, Туркменистана, Киргизии, Татарии, Башкирии, Крыма и Кавказа, которые через иранские, афганские, турецкие и польские границы тесным образом были связаны с японской агентурой, английскими и немецкими кругами. В 1927 году члены организации Савдакасов, Султанбеков и Мустамбеков установили контакты и с Троцким, а при посредстве Тойво и Рознера — с Зиновьевым. Связь с центром правых (Рыковым, Бухариным, Томским) осуществлялась через Рыскулова и Нурмакова.

Ходжаев показал, что в начале 1930 года националисты развернули повстанческую деятельность почти во всех областях Казахстана. Восстания были подняты в Средней Азии, в Каракалпакии и Киргизии. Каждый из членов организации «имел большие связи в районах, аулах, кишлаках», среди которых «была значительная часть родовых авторитетов»; и восстания организовывались «через этих людей и мусульманское духовенство». «Мы полагали, — говорил Ходжаев, — что восстания будут поддержаны антисоветскими элементами внутри страны, а троцкисты и правые используют повстанчество для свержения советской власти». Однако, признавал он, «масса не шла за повстанцами, а байско-бандитские группы были разгромлены. Видя бесцельность дальнейшей вооруженной борьбы внутренними силами, мы решили, что повстанчество может иметь успех только в том случае, когда оно будет сочетаться с помощью извне.

Такую помощь мы должны были получить от агрессивных стран, готовящих войну против Советского Союза. В 1933 году в связи с усилением агрессивных намерений Японии и приходом к власти фашистов в Германии мы держали ставку на интервенцию со стороны этих держав… С этой целью мы… на местах проводили вербовку лиц», способных «стать во главе повстанческого движения в момент интервенции. Руководители повстанческих групп в районах имели… контингенты из враждебно настроенных слоев населения, баев и мулл. Последние должны были явиться ядром повстанческих групп.

Подобная работа велась через Кулумбетова, Дивеева, Сарымулаева и других членов организации в Казахстане, установивших связь с националистической эмиграцией в Западном Китае, Афганистане и Иране… Лично я также связан с эмигрантскими кругами». По признанию подследственного, эти связи сохранились еще с Гражданской войны: «Связь существовала между Букейхановым и японским агентом бароном Унгерном, у Букейханова, Байтурсунова, Тынышпаева — с белогвардейцами в Китае. Такая связь была у среднеазиатских пантюркистов, имевших сношения с агентами Англии, Японии и Турции».