В середине 50-х годов начался этап перехода флота на новый этап развития. Было положено начало ракетно-ядерному океанскому флоту. Вокруг вопроса, каков должен быть этот флот, существовали разногласия. Жертвой этих разногласий стал Н.Г. Кузнецов, сторонник развития сбалансированного флота. Стоявший во главе государства Н.С. Хрущев считал, что авиация, подводные лодки и береговая оборона способны решить все проблемы. В этой ситуации Горшкову и пришлось принять командование.

В качестве главнокомандующего ВМФ Горшков стал наследником Кузнецова и других организаторов отечественного флота – сторонников создания морской силы, достойной великой державы. Однако в отличие от Кузнецова, который нередко вступал в дискуссии на самом высоком уровне, Горшков принял более гибкую тактику. Он должен был учитывать требования, которые выдвигало высшее партийное руководство страны. В выступлении на пленуме ЦК КПСС 28 октября 1957 года он почти в каждом абзаце упоминал о направляющей деятельности ЦК КПСС и его Президиума. Помня о судьбе предшественника, флагман подчинялся решениям свыше. В январе 1956 года он подчеркивал, что отсутствие авианосцев – крупная ошибка, в результате которой флот в светлое время суток не может действовать далее 100 миль от берега без прикрытия с воздуха, и просил Президиум ЦК КПСС «принять решение об ускорении строительства авианосцев». В мае 1960 года на IV сессии Верховного Совета СССР он высказал точку зрения Хрущева о том, что крупные корабли вроде крейсера или авианосца «устарели как средство ведения войны на море и являются лишь хорошей мишенью для современных ракет» [817] .

В промежутке между этими датами главкому ВМФ пришлось выполнять постановление Совета министров СССР от 25 марта 1958 года, в соответствии с которым было сдано на металлолом 240 кораблей и судов, в том числе недостроенные линейные корабли и крейсера; 375 кораблей поставили на консервацию. Резкое сокращение личного состава привело к тому, что с флота ушло немало хороших специалистов [818] . Со временем перекосы, в соответствии с которыми Н.С. Хрущев признавал реальной силой только подводные лодки и ракеты, потребовалось исправлять. Это можно было сделать проще, оснастив сданные на слом корабли ракетным оружием.

28 января 1956 года, обращаясь к командующим флотами, Горшков сказал: «ЦК КПСС занимался очень много и всесторонне вопросами ВМФ. В результате всестороннего и глубокого изучения дел, обстановки и состояния флота были вскрыты крупные недостатки и ошибки в целом ряде важнейших областей нашей деятельности». Он подчеркнул, что допущено игнорирование главной задачи флота – нарушение морских сообщений противника, где возможно нанести противнику ощутимые поражения, лишив подвоза сырья, людей, техники. Надводный флот этой задачи не решит. Основой боевой мощи советского ВМФ должны быть сильный подводный флот и морская авиация, способные с началом боевых действий потрясти морскую мощь противника и дать нам победу на море. Это положение и поддерживал главком ВМФ, пока у власти оставался противник надводного флота Н.С. Хрущев. В этот период со стапелей сходили атомные торпедные подводные лодки. С 1960 года лодки начали вооружать баллистическими ракетами. Параллельно строили много дизельных подводных лодок, ракеты устанавливали на модернизируемые корабли, а затем строили корабли специально для реактивного вооружения. На заседании пленума ЦК КПСС 29 августа 1957 года было принято решение в 1958 году поставить первый ракетный корабль флоту. Построенные на базе корпусов эсминцев ракетные корабли и ракетные катера с крылатыми ракетами к началу 60-х годов стали первыми кораблями с преимущественно реактивным вооружением. Одновременно развивали морскую авиацию, которую оснащали управляемыми ракетами «воздух – корабль» и атомным оружием [819] . Горшков добивался, чтобы предложения по развитию флота соответствовали уровню развития техники. Адмирал К.Г. Котов отмечал: «Сергей Георгиевич при подготовке и обсуждении предложений на всех уровнях заботился и настойчиво добивался создания кораблей с учетом опыта войны, современного уровня развития науки и техники, исходя из задач Военно-Морского Флота и противостоящих ему сил вероятного противника. Он многое делал для того, чтобы научные исследования в интересах развития кораблей, науки и техники проводились непрерывно. В эпоху научно-технической революции, когда наука и техника развиваются быстрыми темпами, Главком придавал особое значение вопросам прогнозирования развития флота, научному руководству строительством флота. В дальнейшем он требовал от нас учитывать первый опыт дальних плаваний кораблей, который оказывал существенное влияние на такие элементы, как надежность, мореходность, автономность, дальность плавания, обитаемость кораблей и т. д.» [820]

Горшков на предложения о создании флота, подобного западным флотам, отвечал, что это потребует больших средств и много времени. Когда один из заместителей на высказывание главкома в пользу подводных лодок отметил, что в ходе войны подводники несли большие потери, Горшков предложил проанализировать факты. После научных исследований было выяснено, что при правильном использовании и обеспечении подводные лодки высокоэффективны [821] .

Горшков не упирался в проблему единственного оружия. Кроме постройки атомных ракетных и многоцелевых подводных лодок, развивали океанскую авиацию, совершенствовали средства борьбы с подводными лодками, электронику, автоматику и вычислительную технику.

Постройка новых кораблей требовала новых подходов и знаний. Горшков писал: «Современный боевой корабль – это сложнейшее сочетание технических устройств, систем и комплексов, являющихся самыми последними достижениями науки, инженерной мысли и производства. Это ядерная энергетика, газовые и паровые турбины с большой удельной мощностью, стратегические и оперативно-тактические ракеты, самонаводящееся подводное оружие, автоматическая артиллерия, техника, обеспечивающая комплексную автоматизацию процесса управления, прецизионная штурманская аппаратура, сложнейшие гидроакустические и радиолокационные комплексы и др.» [822]

Для новых кораблей требовались новые кадры, и главком требовал приглашать кандидатов на командирские должности для личного собеседования с ним. Особенно внимательно он относился к выбору командира первой атомной подводной лодки, капитана 1-го ранга А.И. Сорокина. Требовалось убрать предубеждение в отношении нового вооружения. Когда распространилось мнение об опасности радиации на атомной подлодке, Горшков лично вышел на первые испытания лодки. После удачных испытаний первых атомных подлодок Горшков постепенно наращивал сложность задач. Сначала такая лодка под командованием А.П. Михайловского выходила в Атлантический океан [823] .

По инициативе главкома было предпринято плавание к Северному полюсу. Горшков гарантировал удачу плавания атомной подводной лодки подо льдами. Такое плавание осуществила лодка «Ленинский комсомол» под командованием Л.М. Жильцова, всплывшая в полынье вблизи полюса. 29 сентября 1963 года подводная лодка капитана 2-го ранга Ю.А. Сысоева всплыла точно на полюсе. В феврале 1966 года целый отряд атомных подводных лодок отправился в кругосветное плавание и благополучно вернулся [824] . Все эти плавания проходили по инициативе главкома.

Особую тревогу главкома вызвала операция «Анадырь», породившая Карибский кризис. Осенью 1962 года, чтобы создать противовес американским ракетам в Турции, которые могли за 10 минут достичь Москвы, было принято решение разместить на Кубе ракеты средней дальности и тем создать угрозу территории США. 18 октября большая часть запланированных к переброске сил уже была на Кубе. Флоту предстояло обеспечить операцию на море. В группировку входили ракетные корабли и катера, подводные лодки. В этот период Горшков перестал ночевать дома и требовал сообщать ему в любое время суток об изменениях в районе Карибского моря. Причины для беспокойства существовали, так как после 15 октября американцы обнаружили в море вблизи берегов США советские подводные лодки и выслали для их поиска более 200 кораблей и 200 самолетов. А советские подводники были вынуждены всплывать, так как температура на борту поднималась до 60 градусов и двигатели отказывали. Всплывшие подлодки шли в сопровождении американских кораблей и не всегда имели возможность оторваться от них. А подводники 24 октября получили приказ топить американские корабли, если те будут обыскивать советские суда. В ночь на 27 октября главком не спал, ожидая вторжения американцев на Кубу. Только 28 октября, после того как была достигнута договоренность между США и СССР и принято большинство советских условий, поступил приказ расформировать Группу советских войск на Кубе и вывести средства доставки ядерного оружия [825] .