За освобождение Таганрога, Мариуполя и Осипенко контр-адмирала С.Г. Горшкова наградили орденом Кутузова I степени [791] .

19 сентября Ставка Верховного главнокомандования подчинила Азовскую флотилию Северо-Кавказскому фронту. Отряд сил Мариупольской военно-морской базы оставили в Осипенко для прикрытия фланга Южного фронта. Основные силы были направлены для операций у Таманского полуострова. После высадки советского десанта в порту Новороссийск 10 сентября гитлеровские войска отошли к протянувшейся от Азовского до Черного моря Голубой линии. Под ее прикрытием германские войска эвакуировались с Таманского полуострова в Крым. Азовской флотилии предстояло вместе с Черноморским флотом действовать против неприятельских перевозок в Керченском проливе и высаживать десанты на Таманском полуострове. Контр-адмирал Горшков решил высадить одновременно 545-й стрелковый полк в Голубицкой и 200 бойцов 369-го отдельного батальона морской пехоты у Чайкино, чтобы охватить Темрюк, перехватить пути отхода неприятеля по единственной дороге на Пересыпь и способствовать наступлению войск Северо-Кавказского фронта. План операции предусматривал тесное взаимодействие авиации, надводных кораблей и десантников. Были организованы тренировки десантников в погрузке на суда и действиях на берегу [792] .

В ночь на 25 сентября десанты были высажены и при поддержке огня судов перешли в наступление. Экипажи погибших кораблей Азовской флотилии присоединялись к десантникам, которые перерезали дорогу Темрюк – Пересыпь и вышли в тыл немцам у Темрюка. Подкрепления высадить не удалось, противник оттеснил десантников от берега. Но при поддержке штурмовой авиации флота десантники удержали позицию. 9-я армия прорвала фронт, 27 сентября освободила Темрюк и на следующий день соединилась с частями десанта. К 9 октября войска Северо-Кавказского фронта при поддержке сил флотилии очистили от противника весь Таманский полуостров. За успешные действия при освобождении Таманского полуострова Азовская флотилия получила благодарность Верховного главнокомандования [793] .

12 октября Ставка Верховного главнокомандования предписала Северо-Кавказскому фронту провести высадку на Керченском полуострове и создать плацдарм в Крыму. Было решено, что 56-я армия на судах Азовской флотилии займет северо-восточную часть полуострова и город Керчь, а 18-я армия на судах Черноморского флота форсирует пролив в районе Камыш-Бурун – Эльтиген и также наступает на Керчь. Горшков договорился с командующим 56-й армией о высадке после артиллерийской и авиационной подготовки двух десантов за ночь на одних и тех же плавсредствах. В каждом десанте была дивизия с подразделениями морской пехоты в первом броске. После занятия плацдарма следовало перебрасывать остальные силы армии. Штабы армии и флотилии совместно спланировали операцию и провели подготовку. Были проверены границы минных заграждений противника и протралены проходы, оборудованы пристани для погрузки войск, обеспечены разведка, связь, навигационная обстановка и т. д. Войска ознакомили с порядком десанта и морально к нему подготовили. Для более четкого управления офицеры штаба участвовали в осуществлении разработанного ими плана [794] .

В ночь на 1 ноября корабли Черноморского флота, несмотря на шторм, высадили часть десанта у Эльтигена. Действия германских кораблей блокировали десант, и он не получил развития.

Моряки флотилии 1 ноября отказались от высадки из-за плохой погоды и укрылись в ближайших портах. Благодаря этому решению командующего удалось сохранить силы. Высадку произвели в ночь на 3 ноября. Корабли выходили из Темрюка, где был оборудован флагманский командный пункт и вспомогательный пункт управления вместе с командным пунктом 56-й армии, командующего артиллерией и командующего 4-й воздушной армией. Несмотря на плохую погоду и подрыв части судов на минах, высадочные средства вошли в Керченский пролив. Когда большинство сил было готово (22.00 2 ноября), по сигналу командира высадки началась авиационная и артиллерийская подготовка в районе Глейка – Жуковка. При поддержке огневых средств кораблей флотилии десант высадился и после полуночи перешел в наступление. Тем временем освободившиеся суда начали, а к 5.00 завершили переброску на плацдарм 2-й гвардейской Таманской стрелковой дивизии. В 3.25 началась подготовка высадки 55-й гвардейской стрелковой дивизии в районе Опасного; к 4.35 первый эшелон высадился в районе Опасное – Рыбный промысел и также перешел в наступление. Тем временем суда возвращались к косе Чушка с ранеными и принимали подкрепления. К 13.00 3 ноября все войска десанта были на берегу. Часть флотилии в соответствии с приказом высадила подкрепления у Эльтигена.

За успешную высадку С.Г. Горшков от имени Президиума Верховного Совета СССР наградил 47 человек; четверым было присвоено звание Героя Советского Союза.

После десанта флотилия приступила к снабжению высаженных войск. Приводя в порядок приданные суда, моряки под ударами противника ходили днем и ночью через Керченский пролив.

К 11 ноября десантники приблизились к окраинам Керчи. Из высаженных дивизий была сформирована Отдельная Приморская армия. Однако высаженные у Эльтигена части оказались блокированы и с боем прорвались к горе Митридат. Азовской флотилии было поручено оказать им помощь. В это время Горшков был на лечении, и сменивший его начальник штаба A.B. Свердлов организовал 8–9 декабря переброску подкреплений на удерживаемый десантниками плацдарм, а когда защитникам плацдарма не удалось соединиться с главными силами, 10–11 декабря организовал их вывоз. На этом завершилась Керченско-Эльтигенская десантная операция. Отдельная Приморская армия прочно закрепилась на Керченском полуострове [795] .

Зимой суда и корабли Азовской флотилии продолжали снабжение армии, всего 165 суток, во время которых авиация, морские и наземные силы флотилии вели борьбу с неприятелем, пытавшимся прервать перевозки, и поддерживали действия войск на плацдарме.

В декабре Отдельной Приморской армии не удалось прорвать фронт и взять Керчь. Для облегчения прорыва Азовской флотилии поручили высадить в январе 1944 года десант против левого фланга неприятельской позиции восточнее мыса Тархан. Чтобы перебросить стрелковый полк, батальон и две роты, с которыми должен был взаимодействовать воздушный десант, пришлось использовать все десантные суда флотилии. Высадку намечали после тщательной авиационной и артиллерийской подготовки. Противника предполагали отвлечь демонстративными действиями на широком фронте разными силами, включая приданную с 3 января флотилии Керченскую военно-морскую базу. Общее руководство десантными действиями осуществлял командующий Черноморским флотом вице-адмирал Л.А. Владимирский. В первых числах 1944 года был создан Военный совет Азовской флотилии. Во временное командование из-за болезни Горшкова вступил контр-адмирал Г.Н. Холостяков [796] .

Высадка задержалась из-за плохой погоды и началась только в ночь на 10 января. Утром при поддержке артиллерии кораблей десантники высадились в районе мыса Тархан и к исходу дня соединились с войсками армии. Высаженный в ночь на 23 января в Керчь десант соединился с частями армии, однако к широкому наступлению это не привело.

В начале февраля 1944 года в командование флотилией вновь вступил С.Г. Горшков. В этот период над Керченским проливом шли бои с германской авиацией, пытавшейся прервать поставки для Отдельной Приморской армии. В апреле, когда армия перешла в наступление, флотилия напряженно работала, доставляя на плацдарм все необходимое в большинстве на маломореходных судах. Кроме того, моряки обеспечивали траление на Азовском море. 11 апреля 1944 года войска Отдельной Приморской армии освободили Керчь, через три дня прорвали Ак-Монайские позиции и полностью очистили от неприятеля берега Азовского моря. Среди отличившихся при взятии Керчи были упомянуты моряки Азовской флотилии под командованием С.Г. Горшкова [797] .

За руководство флотилией при освобождении Крымского полуострова Горшкова наградили орденом Ушакова II степени [798] .

Бои на Азовском море завершились. Однако Горшкову и его обстрелянному, спаянному коллективу нашлось новое дело. Решением народного комиссара ВМФ 13 апреля 1944 года была расформирована Азовская флотилия и на ее базе создана Дунайская флотилия во главе с С.Г. Горшковым; флотилия непосредственно подчинялась командованию Черноморского флота [799] .