В боях за Радуевац и Прахово (28–30 сентября) силы флотилии для поддержки наступления использовали артиллерию кораблей и высадили 29 сентября десант под Радуевацем, а 30 сентября – в Прахово. Действия флотилии способствовали окружению и ликвидации неготинской группировки противника. К середине октября советские войска вышли к Белграду. Командование Дунайской флотилии организовало проход отряда бронекатеров через Железные Ворота на Дунае. В боях за Смедерово 12–15 сентября береговая артиллерия поддержала наступление войск. Действовавшие с реки бронекатера обстреливали неприятельские войска и дважды совершали набеги на порт Смедерово 14 сентября. В ночь на 16 сентября моряки высадили по заявке армии десант западнее Смедерово. 17 сентября порт был взят, что открывало путь на Белград. 17 октября бронекатера флотилии прорвались по реке к Белграду и установили связь с армейскими частями. Получив приказ высадить десант на остров Ратно, два дня моряки вели разведку загроможденного прохода. 18 и 19 октября бронекатера и береговые орудия вели обстрел противника. Днем 19 октября бронекатера прорывались между фермами взорванного моста и под огнем противника. Так как противник оставил остров, десант не потребовался. Бронекатера поддерживали действия наступающих войск до 20 октября, когда Белград был освобожден. Одновременно силы флотилии осуществляли траление, перевозки и переправы на Дунае в целях обеспечения наступления на Белград и перегруппировки войск для наступления на Будапешт.

В соответствии с приказом народного комиссара ВМФ СССР от 30 октября Дунайская флотилия получила новую организацию, ей подчинили флотилии Румынии и Болгарии. Оперативное развертывание флотилии на Будапештском и Вуковарском направлениях осуществляли уже в ходе Будапештской операции, которая проходила 29 октября 1944 – 13 февраля 1945 года.

9 ноября Маршал Советского Союза Ф.И. Толбухин отдал приказ флотилии поторопиться завершить подготовку. Горшков решил развернуть по бригаде речных кораблей с усилением на Вуковарском и Будапештском направлениях [809] .

Осенью 1944 года Дунайская флотилия приблизилась к границам Венгрии. Однако дальнейший путь ей преграждали сильные неприятельские укрепления у Вуковара. Начальник штаба флотилии A.B. Свердлов обнаружил на карте старые каналы и предложил провести разведку, которая показала возможность воспользоваться этим путем. Командующий, прибывший из Наркомата ВМФ, согласился с предложением обойти Вуковарскую позицию. Расчищая завалы и разрушенные мосты, флотилия за 10 дней прошла к Байя. Тем временем Маршал Советского Союза Ф.И. Толбухин приказал высадить бригаду морской пехоты на правый берег Дуная, а затем обеспечить переправу войск на занятый плацдарм для окружения Будапешта с юго-запада. 1 декабря плацдарм был занят в районе Герьена, 7 декабря – в Дунапентеле. Переправа войск способствовала окружению неприятельской будапештской группировки войск. Советские бронекатера поддерживали наступление сухопутных войск [810] .

В последние месяцы 1944 года флотилия высадила 20 тактических десантов, очистила от мин 2500 километров рек, участвовала в освобождении Белграда и Будапешта, была награждена орденами Красного Знамени, Нахимова I степени и Кутузова II степени.

С.Г. Горшков командовал Дунайской флотилией до 12 декабря. Сдал он ее контр-адмиралу Г.Н. Холостякову. Дунайцы продолжили наступление далее в Европу.

Имя Горшкова 7 раз упоминали приказы Верховного главнокомандования. А самого флагмана в декабре 1944 года назначили командующим эскадрой Черноморского флота [811] . В представлении на эту должность было написано: «Назначение тов. С.Г. Горшкова на должность командующего эскадрой преследует цель дать боевое ядро флота в руки опытного, решительного и боевого адмирала» [812] .

В первые послевоенные годы вице-адмиралу, остававшемуся в прежней должности, пришлось заниматься ремонтом поврежденных кораблей, восстановлением баз. Он сам так писал об этом периоде: «Четыре года командования эскадрой кораблей флота дали мне хорошую практику в руководстве крупными корабельными соединениями, в проведении больших восстановительных работ на кораблях и в местах базирования, организации боевой и политической подготовки личного состава, в проведении испытаний новых, послевоенных кораблей и их оружия и техники» [813] .

Адмирал B.C. Сысоев вспоминал о подходе флагмана к обучению эскадры: «Период командования С.Г. Горшковым эскадрой Черноморского флота – это был расцвет его деятельности. В эти годы на эскадре были выработаны многие принципы морской службы на плавающих соединениях. Достаточно сказать о вошедших в то время в практику боевой подготовки эскадры Черноморского флота, а позднее и других флотов системе сбор-походов, практике сдачи экзаменов на самостоятельное управление кораблем, боевой частью, заведованием от матроса до командира корабля и соединения. Нам, служившим в то время на эскадре, было видно, с какой настойчивостью вводил Сергей Георгиевич эти и другие новшества, ставшие потом основой руководящих документов для плавающих соединений. Можно смело утверждать, что эскадра Черноморского флота в то время была образцовым соединением и именно здесь была заложена основа школы морской службы С.Г. Горшкова. Не случайно из состава эскадры Черноморского флота вышли многие видные военачальники, ставшие потом командующими флотами и заместителями Главнокомандующего. Среди них можно назвать таких, как адмирал флота С.М. Лобов, адмирал В.В. Михайлин, адмирал-инженер В.Г. Новиков и другие» [814] .

В ноябре 1948 – августе 1951 года Горшков состоял начальником штаба флота. Со 2 августа 1951 года по 12 июля 1955 года флагман был командующим Черноморским флотом. 3 августа 1953 года его произвели в адмиралы [815] . На всех постах моряк развивал и совершенствовал свой опыт командования.

Итак, за 40 лет жизни и четверть века службы на флоте С.Г. Горшков послужил на нескольких флотах и флотилиях, получил немалый опыт управления различными кораблями и соединениями. Это позволило ему подняться на новый уровень.

В июле 1955 года возглавлявший тогда Военно-морской флот Н.Г. Кузнецов назначил своим первым заместителем С.Г. Горшкова. Когда Кузнецов 5 января 1956 года оставлял высший пост на флоте, он рекомендовал в качестве замены именно Горшкова, ставшего главнокомандующим ВМФ – заместителем министра обороны СССР. В 1967 году он получил звание Адмирала Флота Советского Союза – высшее на флоте. А занимал пост главкома Горшков до декабря 1985 года, то есть почти 30 лет [816] .