Бурбулис получил право самостоятельно назначать заместителей министра и управлять действиями вице-премьеров. Причем Бурбулис руководил не только правительством, но и администрацией президента. Такой власти не было ни у кого.

Ельцин вспоминает:

«Авторитет Бурбулиса для гайдаровской команды был в то время абсолютно непререкаемым. Все вопросы с президентом министры решали через Геннадия Эдуардовича, то есть заходили в его кабинет, и, если было нужно, он нажимал кнопку и напрямую говорил со мной...

Установка гайдаровских министров и самого Егора Тимуровича: ваше дело — политическое руководство, а наше дело — экономика. Не вмешивайтесь, дайте нам работать...

Бурбулис, назначенный первым вице-премьером, был в тот момент реальным главой кабинета министров».

Бурбулис привел к Ельцину интеллигенцию, которая покинула Горбачева. Новому президенту помогали люди, которые еще недавно весьма резко отзывались о Ельцине.

Вечером 20 августа 1991 года молодой экономист Егор Гайдар оказался в кабинете Геннадия Бурбулиса. В дни путча и состоялось историческое знакомство.

Осенью 1991-го Бурбулис предложил Гайдару организовать рабочую группу для разработки стратегии и тактики экономических реформ. В эту группу вошли люди, которые потом составили правительство Гайдара.

По вторникам вечером Бурбулис собирал у себя министров за чаем и бутербродами, тут обсуждались и решались все проблемы. И многие гайдаровские министры потом ностальгически вспоминали эту дружескую атмосферу единой работоспособной команды. Бурбулис с юности любит футбол, поэтому сколотил из членов правительства команду, и по воскресеньям они выходили на поле.

Вся страна запомнила телевизионную трансляцию с шестого съезда народных депутатов, когда Бурбулис решительно махнул рукой и все правительство вышло, чтобы не слушать оскорбительную речь председателя Верховного Совета Руслана Хасбулатова. Сам Бурбулис говорил потом, что это был «нескромный жест». Но он произвел впечатление своей решительностью.

Став первым вице-премьером, он оказался в центре общественного внимания. Реакция в целом была отрицательной. Он не нравился широкой публике. В рациональных терминах это трудно описать. Есть телегеничные люди, сразу располагающие к себе. Бурбулис же на телеэкране казался несимпатичным. И очень туманно говорил. Вот уж кто и словечка в простоте не скажет.

Олег Попцов свидетельствует: «Геннадий Бурбулис — человек с отрицательным магнитным полем. И здесь дело не во внешности, напряженном, неподвижном взгляде совершенно круглых глаз, смуглом, непроницаемом лице аскета. Это даже удивительно, как порой внешность может скрыть и. доброту, и чувственность, умение сострадать — все то, что в объемной полноте присуще этому человеку».

Для Геннадия Бурбулиса это было ударом. Какое-то время он пытался привлечь на свою сторону телевидение и прессу. Он первым из российских политиков прибег к услугам профессиональных имиджмейкеров, чтобы они помогли ему стать симпатичным в глазах публики. Но увидел, что у него ничего не получается.

Бурбулис первым из новой правящей элиты пересел в «ЗИЛ», положенный прежде только членам политбюро, ездил с машиной сопровождения, обзавелся многочисленной охраной. И откровенно наслаждался этими атрибутами власти, что не добавило ему симпатий.

Егор Гайдар считает, что Бурбулис «прекрасно подходит на роль серого кардинала при руководстве. К сожалению, именно эта роль, для которой он явно создан, ему категорически не нравится. Он хочет сам быть первым лицом и принимать самые ответственные решения. Но как раз это ему не дано. Помню совещания под его председательством, всегда интеллектуально насыщенные. Но как правило, ни к каким конкретным результатам не приводящие».

В какой-то момент Бурбулис превратился в главную мишень для критики. На него возложили вину за все — за высокие цены, за инфляцию, за потерянные в результате реформ сбережения. Его обвиняли в предательстве национальных интересов, в каких-то мошеннических сделках.

Сейчас эту историю никто не вспоминает, но в 1992-м много писали, говорили и даже снимали фильмы о так называемой «красной ртути» — некоем стратегическом сырье, которое Бурбулис разрешил экспортировать во вред родине. Потом выяснилось, что «красной ртути» не существует в природе. Но Геннадий Эдуардович был надежно скомпрометирован.

Он руководил правительством всего несколько месяцев. В первые дни апреля 1992 года, накануне шестого съезда народных депутатов, он ушел в отставку. Ельцин, разумеется, уступил давлению депутатов. Но он и сам внутренне был готов избавиться от Бурбулиса. Зачем ему сотрудник, который приносит столько неприятностей? И он понемногу разочаровывался в стратегических талантах Бурбулиса. Многое получалось не так, как предсказывал Геннадий Эдуардович. Требования депутатов были желанным поводом отодвинуть Бурбулиса.