Новый 1939 г. встретил Короткова не слишком благосклонно. К этому времени он возвратился в Москву и обнаружил во главе Наркомата внутренних дел Л. Берию, который всех советских разведчиков за рубежом поголовно считал агентами иностранных спецслужб. Александр, огорошенный известием о своем увольнении, обратился в письме к Берии, перечислил свои заслуги и честно признался, что не видит ничего, что могло бы послужить основанием для его отставки. Тогда Берия переговорил с разведчиком и неожиданно восстановил его в должности заместителя главы Первого отделения внешней разведки.

Александр на короткое время отправился в Норвегию и Данию, где наладил связь с законсервированным ранее источником. В июле 1940 г. он посетил Германию и примерно через 6 месяцев стал заместителем резидента НКВД А. Кобулова в Берлине, а также занимался восстановлением контактов с участниками «Красной капеллы» X. Шульце-Бойзеном и А. Харнаком.

Разведчик рано осознал, что надвигается война, но его непосредственный начальник не обращал внимания на догадки подчиненного. Поэтому Коротков в марте 1941 г. письмом сообщил об этом лично Берии со ссылкой на сведения Харнака о подготовке нацистами нападения на Советский Союз весной текущего года. Все утверждения были подробно обоснованы информацией о военных приготовлениях Германии. Коротков просил проверить полученные данные.

Однако в Москве на это никак не отреагировали. Через месяц берлинская резидентура с подачи Александра направила письмо, в котором предлагалось без промедления приступить к подготовке агентов, чтобы они сами могли выходить на связь, если вдруг начнется война. С одобрения Центра группе немецких антифашистов была передана радиоаппаратура.

17 июня разведчик на основании информации от участников «Красной капеллы» передал советскому руководству известную телеграмму, где среди прочего утверждалось: «Все военные приготовления Германии по подготовке вооруженного выступления против СССР полностью закончены и удара можно ожидать в любое время». Тогда же П. Фитин и В. Меркулов побывали у И. Сталина, заявившего, что доверять можно только коммунистам (антифашисты, как правило, не были коммунистами) и поручил перепроверить донесение.

Информация точно подтвердилась незадолго до трагедии — советскому разведчику в Берлине Б. Журавлеву сотрудник гестапо В. Леман (Брайтенбах) сообщил, что война начнется через 3 дня. В Москву немедленно полетела шифрограмма, но реакции опять не последовало.

Когда немцы перешли советскую границу, Александр находился в Берлине. Именно он под предлогом прощания с девушкой покинул родное посольство и в последний раз 24 июня встретился с антифашистами, передав им всю необходимую информацию, деньги и советы по организации сопротивления нацистскому режиму.

Работников советского посольства вскоре выслали из страны, и в июле 1941 г. они через Болгарию и Турцию приехали в СССР. В Москве Александр занял должность начальника германского отдела внешней разведки, отвечавшего за организацию и осуществление операций в Германии и оккупированных ею странах. Коротков участвовал в создании особой разведшколы по подготовке нелегальных разведчиков для заброски в глубокий тыл противника. Возглавляя школу, он одновременно был и преподавателем, щедро делясь с учениками разведывательным мастерством.

Много раз Александр бывал на фронте, где, переодеваясь немецким военнопленным, выведывал у офицеров вермахта информацию. В прифронтовой зоне или за линией фронта он помогал советским разведгруппам разобраться в обстановке и оказывал практическую помощь.

В конце 1943 г. в звании полковника Александр Коротков вместе с советской делегацией находился в Тегеране на встрече глав стран антигитлеровской коалиции и обеспечивал безопасность ее участников.

В 1943 г. Александр несколько раз посещал Афганистан, где немцы намеревались устроить переворот и склонить страну к войне против СССР. Благодаря слаженной работе советских и британских спецслужб нацистскую агентурную сеть удалось нейтрализовать. Кроме того, во время войны Коротков неоднократно бывал в Югославии с заданиями по передаче маршалу И. Б. Тито посланий от советского руководства.

Когда Великая Отечественная война явно близилась к завершению, заместитель наркома госбезопасности И. Серов дал Александру следующее указание: «Отправляйся в Берлин, где тебе предстоит возглавить группу по обеспечению безопасности немецкой делегации, которая прибудет в Карлсхорст для подписания акта о безоговорочной капитуляции Германии. Если ее глава фельдмаршал Кейтель выкинет какой-либо номер или откажется поставить свою подпись, ответишь головой. Во время контактов с ним постарайся прощупать его настроения и не пропустить мимо ушей важные сведения, которые, возможно, он обронит».

Мероприятие прошло без эксцессов. На знаменитой фотографии момента подписания немецким военачальником Акта о безоговорочной капитуляции Германии можно увидеть Короткова, находящегося за спиной Кейтеля.

В послевоенный год «король нелегалов» возглавлял советскую агентурную сеть в Германии, поделенной на 4 оккупационные зоны. Штаб-квартира резидентуры располагалась в Карлсхорсте. Официально Коротков был заместителем советника Советской военной администрации, ему поручалось узнать о судьбе советских довоенных агентов и по возможности восстановить с ними отношения.