На северном плесе действовал отдельный отряд Корсака: «Воронеж» (1 пулемет), баржа (две 76-мм полевые пушки обр. 1900 г., 4 пулемета), паровой катер (2 пулемета). Корабли снялись с якоря и 28 мая пошли вниз для обстрела станицы Казанской. Между сёлами Монастырица и Пасека Корсак получил предупреждение от командира 105-го полка о том, что дальше оба берега Дона за Белой Горкой заняты казаками и батареей. Это моряков не остановило. У селения Белая Горка Корсак послал паровой катер на разведку. Вечером стоявшие у берега корабли обстреляли с правого берега у хутора Демидово. Выпустив в ответ 2 снаряда, комфлота переменил место стоянки. В это же время батарея красных в Сухом Донце, открыв огонь, подавила казачью батарею.

29 мая корабли пошли вниз, обстреляли засевших в ущельях правого берега донцов и, очистив левый берег от пулеметов, обрушили химические снаряды на хутора Демидово, Матюшинский и Рубежный. Здесь их обстреляла шрапнелью батарея, моряки отошли вверх. Казаки стреляли кучно. Ночью флотилия пришла в Белую Горку, где стала на якорь.

Комфлота послал паровой катер в Дедово. Вернувшись к вечеру, моряки доложили, что курсанты и десантники ушли из Дедово к Березнякам. Вечером 31 мая командир 106-го полка по телефону просил очистить хутор Рубежный, где казаки поставили пулеметы. Корабли спустились вниз и, выпустив 32 снаряда, заставили убрать пулеметы. Получив распоряжение начальника карателей о передаче полевых пушек в 106-й полк, ночью моряки сделали это. Утром 2 июня корабли вышли в Богучар, где установили 75-мм пушки.

14 июня начальник карателей Хвесин заявил Корсаку, что ему флот не нужен, и 29 июня флотилию расформировали.

Флотилия Среднего Дона вела незначительные стычки с казаками. Вскоре перешла в наступление Донская армия и за месяц овладела судоходным течением Дона, прекратив существование флотилии красных.

В марте 1919 г. Азовский отряд Дона состоял из флагманского судна «Пернач» (яхта «Колхида»), канлодок К-10 («Ваня») и К-12 («Амалия»), вооруженного буксира «Атаман Каледин» («Горгиния»), «Ледокола донских гирл» и трех болиндеров.

В апреле 1919 г. правительство Дона создало морское управление вице-адмирала И. А. Кононова, Азовский отряд капитана 1 ранга В. И. Собецкого, речной отрад и железнодорожные батареи контр-адмирала С. С. Фабрицкого.

В июне корабли, с десантом на борту, совместно с конницей, очистили от красных левый берег Дона от станицы Каргальской до Нижне-Чирской. Потом вели бои у хуторов Скиты и Демкины и у Рычковского железнодорожного моста. Затем, атаковав город Ейск, оперировали на Азовском побережье.

Корабли заставили 13-ю, 8-ю, 9-ю и 10-ю армии РККА отойти на линию Мариуполь — Иловайская — Родаково — Каменская — река Донец — река Маныч.

На берегах Азовского моря генерал Май-Маевский продвигался вперед, а советская дивизия Махно, при появлении танков, бежала с фронта. Казаки стремительно наступали. РККА откатила к Орлу.

Речные и морские силы Всевеликого Войска Донского с мая 1919 г. подчинили начальнику морского управления вооруженных сил Юга России (ВСЮР). Деникин приказал расформировать Донскую флотилию, отряд обороны Азовского моря и на их основе укомплектовать отряды: Волжский, Средне-Днепровский, Черноморский.

Из Донского отряда отправили на Волгу: II, IV дивизион речных канлодок, VI и VII дивизионы катеров, I и VIII дивизионы морской тяжелой артиллерии.

На Днепр ушла часть I дивизиона речных канлодок, V и VII дивизионы морской тяжелой артиллерии. В отряд особого назначения — часть III и V дивизиона речных катеров.

Установку морских пушек на железнодорожные платформы, закатываемые на баржи, провело в Таганроге «Русско-Балтийское судостроительное и механическое акционерное общество». Атаман Богаевский 5 марта 1919 г. просил у Деникина срочно выслать для этого четыре 203-мм пушки.

Всего имелось 9 дивизионов, из которых: III и V (четыре 152-мм пушки Канэ) отправили к Царицыну; IX — учебный, готовил: комендоров, телефонистов, и телеграфистов; VII (две 152-мм пушки Армстронга) находился на Днепре.

II, IV и VI дивизионы состояли каждый из двух батарей (по две 152-мм пушки Канэ); VII тракторный — из 2 батарей (11-я уже работала на Царицынском фронте под Черным Яром). Батарея состояла из четырех тракторов (2 с английскими 127-мм пушками, 2 — с пулеметами).

После расформирования Донской флотилии III дивизион (две 203-мм, одна 152-мм, одна 127-мм пушка на платформах; две 127-мм пушки на колесных лафетах, 3 вагона с 900 выстрелами для 203-мм пушек) 22 декабря прибыл в Джанкой. После мелкого ремонта в Севастополе дивизион прибыл в Киев.

В январе 1920 г. I дивизион (две 203-мм, одна 152-мм, четыре 127-мм пушки, 10 пулеметов, 112 винтовок) находился в Симферополе.

Гидроавиационный дивизион создан в марте 1919 г. (2 отряда по 4 аппарата). Формирование задержалось из-за ремонта, который требовали все 9 гидросамолетов, вывезенные зимой 1918 г. из Севастополя. В августе 2 аппарата, отремонтированных на заводе Моске в Таганроге, вошли в состав 1-го отряда, предназначенного к отправке на Каспий.