В день празднования основания Москвы, в сентябре 1990 года, после многих десятилетий запрета шествий вне стен храмов, Алексий II возглавил крестный ход по центральным улицам города: от Успенского собора Кремля, где впервые за семьдесят два года русский Патриарх совершил Божественную литургию, через центральные улицы столицы до Вознесенского храма. «72 года прошли с момента последней Божественной литургии, – сказал Святейший Патриарх Алексий II, – совершенной Святителем Патриархом Тихоном в Успенском соборе Московского Кремля. С тех пор Церкви пришлось пережить тягчайшие испытания, трудности и гонения. Только через 70 лет, в начале 1988 года, началась перестройка отношений государства и Церкви. Эта перестройка не могла не произойти. Даже утратив Бога, русский народ не перестал быть богоискателем. Не мог и Бог оставить страну, столь искренне возлюбившую Его в прошлом. И тысяча лет христианского воспитания народа не могла исчезнуть бесследно. Даже светская культура прошлого, основанная на христианских ценностях, была залогом будущего духовного возрождения. Сегодня, после семидесятилетнего перерыва, мы вновь смогли созерцать народную святыню – Кремль – и молиться в его главном храме. День Москвы начался в молитве о Москве в самом сердце Москвы. Надежда на возрождение Москвы и страны нашей – это, если можно отнести к этому слова апостола Павла, «сверх надежды надежда». Воплотиться эта надежда может лишь через духовное обновление нашей жизни. Но начаться это обновление должно с каждого человека. Каждый сам в своем сердце должен принять решение и со своего же сердца начать путь воссоздания и обновления. Возрождает храмы не внешняя реставрация их, а молитва, в них совершаемая. Без нее ухоженные кремлевские соборы как «гробы покрашенные». Однако сегодняшнее богослужение в Успенском соборе, надеюсь, что вы согласитесь со мной, для его духовного возрождения значило больше, чем десятилетия внешней реставрации. Сегодня два храма – Успенский собор Кремля и церковь Большого Вознесения – отметили первое биение сердца возвращающейся духовной жизни. Поддержать эту жизнь зависит от нас, от нашей верности Христу. К Нему, Спасителю нашему, укрепленные молитвой всех святых земли Русской, мучеников и исповедников веры Христовой и нашей с вами общей молитвой, мы обращаемся: да осенит Господь Своим благословением наши благие дела, наши духовные искания и возрождение!»

Через год после того дня, 28 августа 1991 года, в день Успения Божией Матери в Успенском соборе Московского Кремля было торжественно совершено богослужение в престольный праздник Покровительницы Москвы и всей России. Это происходило в дни, последовавшие за неудавшимся путчем. В тот момент в Москве проходил I Конгресс соотечественников, в котором принимали участие представители русской эмиграции, прибывшие со всего мира. Святейший Патриарх Алексий II, выражая после богослужения радость по поводу этого события, обратился к присутствующим со словами мира: «Снова стоим мы на земле, по которой ступали многие святые нашей Церкви. Здесь великие государи Отечества нашего трудились над укреплением основ государства Российского. Я выражаю надежду, что теперь здесь, в доме Пресвятой Богородицы, в Московском Кремле, который славные предки наши называли сердцем России, не будет уже прекращаться молитва за Святую Церковь нашу, за земное Отечество наше. Ибо говорит пророк Божий: «Если Господь не созиждет дома, напрасно трудятся строящие его» (Пс. 126, 1). И весь мир видит, как история нашей страны свидетельствует об истинности этих слов. Мы стоим сегодня перед храмом Всечестного Успения Пречистой Богоматери вместе с нашими соотечественниками, которые прибыли по призыву Верховного Совета России на Конгресс соотечественников в первопрестольный град Москву. 74 года назад земля наша обагрилась кровью, началась междоусобная война и великое разделение. Сотни тысяч россиян оставили Отечество, вкусив на чужбине горький хлеб изгнания. Миллионы остались, переживая неслыханные беды и скорби, между теми и другими «пропасть велия утвердися». Но вот пришло время, которое Господь дал предвидеть лишь своим избранникам: пропасть, разделявшая нас, упразднилась, средостений больше нет, гражданская война, начавшаяся в грохоте орудий и продолжавшаяся долгие десятилетия в греховном противостоянии единокровных братьев и сестер, закончилась. Открывается новая историческая страница нашего бытия, и Церковь призывает всех, считающих эту страну своим земным Отечеством, к национальному примирению и единству. Как пастырь, свидетельствую вам: есть сила, способная испепелить зло и преодолеть любое человеческое средостение, эта сила – в вере, в надежде, в любви. В вере, которая по слову евангельскому может горы передвигать, в надежде, которая не постыжает (Рим. 5, 5), в любви, которая «долго терпит, милосердствует, не превозносится, не ищет своего, не раздражается, не мыслит зла, не радуется о неправде, а сорадуется истине, все покрывает, все переносит» (1 Кор. 13, 4–8). Да сбудутся пророческие слова блаженной памяти святителя Вениамина, митрополита Петроградского, безвинно принявшего мученическую кончину в 1922 году: «Самая главная тяжесть – рознь и вражда, но придет время – объединятся вновь русские люди». И мы видим сегодня, что они объединяются. И особенно должно проявиться сегодня единство святого Православия. Мы всегда в годы, когда были разлучены с нашими соотечественниками, молились перед святынями за тех, которые жили в рассеянии, но жили любовью к России. Помолимся сегодня здесь, перед святыми кремлевскими храмами, где молились предшествующие поколения наших соотечественников… Благословляю всех вас на труды, на всякое дело благое во славу Святой Руси, во славу Святой Русской Православной Церкви, которая объединяет нас, которая духовно питает нас, которая дает нам силы для земного подвига, совершенствования и трудов во славу Божию на благо наших ближних».

Успенский собор Кремля с 1992 года стал главным храмом Русской Православной Церкви. Святейший Патриарх регулярно совершал там Божественную литургию по случаю великих праздников и прочих важных торжеств. В этом соборе он сослужил Божественную литургию с Патриархом Константинопольским Варфоломеем, Патриархом Александрийским Парфением III, Патриархом Сербским Павлом и др., которые приезжали в Москву с официальным визитом к Предстоятелю Русской Церкви.

После кровавых событий в Литве между 12 и 13 января 1991 года Патриарх выступил с призывом к русскому народу: «С глубокой скорбью узнал о случившемся в Литве. Тем более прискорбно было мне получить известия о крови на улицах Вильнюса, что в эти самые дни православные верующие получали великое духовное утешение – вновь были обретены мощи молитвенника и печальника земли Русской преподобного Серафима Саровского. И вот наша радость была омрачена известием о страданиях, переживаемых нашими братьями в Литве. Да, литовцы в своем большинстве католики. И именно потому, что я не католик, а православный, я и чувствую себя обязанным высказать отношение моей Православной Церкви к тому, что произошло в Литве.

Прежде всего я молюсь о том, чтобы Господь принял к Себе с миром души погибших, и чтобы их близкие и родные получили от Всемилостивого Спаса скорейшее исцеление своих душевных ран и то утешение, которое дает христианам понять, что у Господа нет деления на живых и усопших: для Него и в Нем все живы. О живых же я молюсь, чтобы Господь дал нам быстрее понять, что выше Закона может быть только Любовь, выше Права – лишь Милость и выше Справедливости – лишь Прощение… Со всей определенностью должен сказать: использование военной силы в Литве является политической ошибкой. На церковном языке – грехом… Я от всего сердца прошу литовцев не держать в душах зла и по-христиански простить боль, причиненную им.

Я прошу русских, живущих в Литве, не считать эти печальные дни «днями победы». Я прошу их помнить… что в Литве им и дальше нужно будет жить с литовцами, и потому, в конечном счете, лишь взаимоуважением и терпимостью, нормальными переговорами и признанием обоюдных прав и обязательств можно восстановить общественный мир.

Солдатам, которые сейчас находятся в городах Литвы, я хочу напомнить слова, которые Иоанн Креститель сказал воинам, пришедшим к нему за советом: никого не обижайте (Лк. 3, 14). Прошу вас помнить, что, согласно вашим собственным убеждениям, вы находитесь не в чужой завоеванной стране, а в пределах вашего же Отечества, что все люди, здесь живущие: и литовцы, и поляки, и русские, и украинцы, и белорусы – ваши соотечественники и сограждане…

И всем моим согражданам хочу напомнить мысль преподобного Серафима Саровского о том, что путь ко спасению тысяч окружающих людей лежит через стяжание мирного духа каждым из нас».

5 ноября 1990 года, впервые после послания святителя Тихона, отлучающего в 1918 году большевизм от Церкви, Святейший Патриарх Алексий II, по случаю годовщины революции, обратился к народу, осуждая это историческое событие следующими словами: «70 лет назад произошло событие, определившее путь России в двадцатом столетии. Этот путь оказался скорбен и тяжек… И пусть все минувшие годы один за другим встанут в нашей памяти и будут нас умолять не платить человеческими судьбами за эксперименты и принципы политиков». Тогда же по просьбе Патриарха власти решили признать в качестве выходного дня день 7 января – Рождество Христово. Впервые после революции на Рождество 1991 года российские граждане не были обязаны выходить на работу.

Святейших Патриарх Алексий II занял довольно жесткую позицию по отношению к государственному перевороту, произошедшему 19–22 августа и угрожавшему возвратом в прошлое. Часть советских руководителей, не согласных с реформаторской политикой М.С. Горбачева, попыталась сместить его. Они организовали Государственный комитет по чрезвычайному положению (ГКЧП). Попытка провалилась, а ее результатом стали роспуск Коммунистической партии и падение советского режима. Патриарх во время этих трагических событий обратился с призывами к верующим соотечественникам и всему русскому народу. Особенно проникновенно было его слово 21 августа, произнесенное в половине второго ночи, когда рядом с домом правительства погибли три человека: «Взорван хрупкий гражданский мир в нашем обществе. По поступающим сообщениям, начинаются открытые вооруженные столкновения и кровопролитие. В этих условиях мой долг Патриарха предупредить всех, кому слово Церкви дорого и небезразлично: всякий, кто поднимет оружие на своего ближнего, против безоружных людей, приемлет на душу тягчайший грех, отлучающий его от Церкви, от Бога… Потому я предупреждаю всех соотечественников: Церковь не благословляет, не может благословить беззаконные, насильственные, кровопролитные действия. Я прошу всех вас, дорогие, сделать все, чтобы не вспыхнул пламень междоусобной войны. Остановитесь!

Я прошу солдат и их командиров вспомнить, что цену за человеческую жизнь не может назначить и уплатить никто».

Два дня спустя, 23 августа, Алексий II писал в своем послании епископату, монашествующим и всем российским верующим: «В дни, которые только что довелось пережить нам, кончился, Промыслом Божиим, период нашей истории, начатый в 1917 году. Ныне же Россия может сказать им слова, которые некогда Иосиф обратил к своим братьям: вот, вы умышляли против меня зло, но Бог обратил это в добро, чтобы сделать то, что теперь есть (Быт. 50, 20). Отныне уже не может вернуться время, когда одна идеология владела государством и пыталась навязать себя обществу, всем людям. Коммунистическая идеология, как мы убеждены, никогда более уже не будет государственной в России… Россия начинает труд и подвиг исцеления!»