После неудавшегося государственного переворота состоялись первые свободные выборы в России, которые привели к избранию президентом Бориса Ельцина. Святейший Патриарх Алексий II, поздравляя нового главу государства, выразил надежду о наступлении новых, более благоприятных времен для России. Он обратился к новоизбранному президенту со словами: «Мой долг Патриарха в этот день сказать Вам слова о том, какую ношу Вы принимаете на себя. Вы приняли ответственность за страну, которая тяжко больна. Семь десятилетий разрушения ее духовного строя и внутреннего единства сопровождались укреплением внешних тяжких обручей принудительной государственности. Сегодня нет смысла искать неких воплощенных носителей зла в нашей стране, полагая, что с их устранением с политической арены все наладится само собой. Как пастырь, я слишком хорошо знаю, что злые помыслы гнездятся в сердцах людей и что нет ничего более сложного и более важного, чем исцеление человеческого сердца. Некогда коммунистические правители России полагали, что лишь строй императорской России является источником всех проблем и что, получив власть, они сфабрикуют новый, как они выражались, «человеческий материал» и создадут прекрасное общество. Мы видим, к каким трагедиям привело это. Больное общество и столь много пережившие люди нуждаются в понимании, любви и терпимости. Поэтому надлежит нам чаще вспоминать слова апостола: «друг друга тяготы носите, и тако исполните закон Христов» (Гал. 6, 2). На Вас выбором народа возложен тяжкий крест. Ответственность же Вы несете не только перед народом, но и перед Богом. Вы приняли не честь, не привилегию, но ответственность. Да укрепит Вас Всемилостивый Господь!»

Благоприятные отношения с властью, которые начали складываться у Святейшего Патриарха, его глубокая вера, его духовность, укорененная в монашеском опыте, его неустанная пастырская деятельность – все это способствовало возрождению Православной Церкви и веры в России. Безусловно, были и трудности: результат семидесяти лет гонений на Православие, религиозная необразованность, истребление всякого религиозного чувства из душ людей, кропотливое атеистическое воспитание нескольких поколений россиян. Казалось, что в России разрушены все корни, все связи с прошлым и роль православия была минимальной, если не нулевой. Требовалось вновь научить народ вере, заниматься его духовным воспитанием, преодолевать конфликты во имя единства Русской Православной Церкви, отстраивать храмы, монастыри и приходы, разрушенные Советской властью, возрождать вместе с камнями, из которых состоят их внешние стены, духовную жизнь внутри их – вот самые трудные задачи, с которыми столкнулся Святейший Патриарх Алексий II. И он сумел с ними справиться.

Эпоху его предстоятельства можно смело назвать эпохой возрождения Русской Православной Церкви. Впервые Русская Церковь сделалась свободной и независимой от государства. Изменилось отношение к Церкви большинства российского общества. Зародились и получили развитие процессы социальной, образовательной и пастырской деятельности Русской Церкви, о которых неустанно заботился Патриарх. Святейший Патриарх Алексий II согласно евангельскому принципу независимости временной и духовной власти (Мф. 22, 16–22) сразу после своей интронизации начал действовать в пользу полного отделения Русской Церкви от государства. Благодаря его попечению 30 мая 1991 года Русская Православная Церковь впервые в своей истории получила признание ее юридическим лицом.

Однако Святейший Патриарх неустанно повторял, что Церковь должна быть независима от государственной власти, а не от общества, «как этого хотели коммунистические бюрократы. Отделенная только от государства, Церковь приобретает подлинную свободу свидетельствовать правду Господню, а не поддерживать оное во всех обстоятельствах. Время, когда наша Церковь находилась под тотальным контролем государства и терпела от него гонения, в конце концов прошло. Сегодня отношения нашей Церкви с государством нормализовались и следуют в направлении конструктивного сотрудничества, не в смысле возвращения к Православию как государственной религии, но в смысле взаимодействия Церкви и государства в области милосердия, благотворительности, мира, образования, защиты и сохранения нравственных ценностей общества, семьи, хранения исторического и культурного наследия России. Русская Православная Церковь помнит наставление Спасителя: «Итак, отдавайте кесарево Кесарю, а Божие Богу» (Лк. 20, 25)».

Русская Православная Церковь, кроме спорадических исключений, не получает никакого финансирования от государства и поэтому должна жить за счет собственных сил, с помощью паствы. «Финансовые возможности нашей Церкви неразрывно связаны с ее детьми, – говорил Патриарх, – а финансовое положение русского народа, несомненно, очень трудное». Не раз Святейший Патриарх Алексий II заявлял, что материальным символом возрождения Церкви в России стало восстановление храма Христа Спасителя, чудесного собора, разрушенного по приказу И.В. Сталина в 1930-е годы с целью, к счастью неудавшейся, возвести на его месте монументальный Дворец Советов, увенчанный гигантской статуей Ленина. В ночь Пасхи 1995 года Патриарх отслужил первую пасхальную вечерню на месте восстановления храма. В 1996 году, в день Преображения Господня 19 августа, Патриарх Алексий II совершил чин освящения нижнего Спасо-Преображенского храма и первую литургию в нем. Уже к 1999 году новый храм Христа Спасителя был сооружен, и 31 декабря 1999 года верхний храм был открыт для посещения. «Храм Христа Спасителя, – сказал Патриарх по его воссоздании, – стал видимым знаком воскресения Святой Руси. Он созидается всем народом. Эти стены, эти купола, это рождающееся благолепие вобрали в себя лепты российских и московских властей, отечественных и иностранных благотворителей, миллионов простых россиян. Мы приближаемся к великому событию в жизни всего христианского мира – двухтысячелетию пришествия в мир Господа и Спасителя нашего Иисуса Христа, и мы надеемся с помощью Божией встретить великий юбилей христианства, прославляя родившегося на земле Спасителя мира в этом величественном храме». В ночь с 6 на 7 января 2000 года была отслужена первая торжественная Рождественская литургия. 19 августа 2000 года состоялось великое освящение храма собором архиереев, присутствовавших на Архиерейском Соборе Русской Церкви. И по этому случаю Патриарх отметил, что «освящение этого храма произошло в день праздника Преображения Господня. И действительно, жизнь нашей Родины преображается, и преображаются также души, которые находят дорогу к Господу и дорогу к храму». На следующий день в храме состоялась канонизация царской семьи и Собора новомучеников и исповедников Российских. Ныне храм Христа Спасителя возвышается над Москвой во всей своей грандиозности, ослепляя восхищенные взгляды прохожих блистанием своих золотых куполов.

Говоря о возрождении Русской Церкви и в особенности монастырей и приходов, Святейший Патриарх Алексий II вспоминал глубокую связь, которая существует между этим возрождением и уровнем жизни страны. В мае 1993 года, во время посещения Костромской епархии, Патриарху задали вопрос, когда будут восстановлены сотни сельских церквей, разрушенных Советской властью, он ответил: «Только когда возродится само село, потому что церкви, приходы являются частью существования местного населения».

То же самое, по мнению Патриарха, относится к монастырям. Монашеское сословие представляло в России отображение крестьянской Руси: в монастыри шли с древних времен, и в большинстве своем это были крестьяне. Они образцово занимались сельским хозяйством. И возрождение монашества сейчас зависит от возрождения крестьянского сословия. По этой причине Патриарх продолжал повторять, что в России нужно возрождать не крестьянские хозяйства колхозного типа, а крестьян как класс, которые действуют индивидуально, как в прошлые времена.

Законы «О свободе вероисповедания» от 1 октября 1990 года и «О свободе совести и религиозных объединениях» от 26 сентября 1997 года дали Русской Православной Церкви не только возможность просвещать светом Христовой Истины гражданское общество, но и развивать социальную и благотворительную деятельность, а также совершать богослужения в общественных местах, ранее бывших недоступными, – тюрьмах, больницах и приютах. «Многие обращают сегодня свои взоры к Церкви, – отмечал Патриарх, – которая, несмотря на выпавшие на ее долю испытания, пронесла через них духовно-нравственные ценности и сегодня готова поделиться ими с обществом». Особенно важны были поправки к закону, регулирующие жизнь религиозных организаций на российской территории. Святейший Патриарх Алексий II много раз обращался в высшие органы государства, чтобы принятые законы, гарантирующие религиозную свободу, учитывали и историческую роль Православия в стране, чтобы, признавая права других религиозных конфессий, эти законы защищали бы русский народ от псевдорелигиозных посягательств.

Святейший Патриарх считал, что самым ужасным результатом десятилетий государственного атеизма является общий низкий уровень знания о Церкви со стороны народа. Поэтому первоочередная задача, которая встала перед Церковью и ее Патриархом после конца Советской власти, – преподать российскому обществу, в подавляющем большинстве атеистическому, чуждому религиозной и церковной тематики, хотя бы первоначальные знания о христианской вере и Церкви. Особенно остро, по мнению Патриарха, в этом нуждалось молодое поколение. «Очень важно изучение катехизиса не только в духовных семинариях и училищах, но и в государственных школах, десятилетиями базировавшихся на ценностях якобы научного атеизма. Залог будущего прихода – церковно-приходская школа. Это самый важный вопрос: нынешнее молодое поколение мы не должны потерять для Церкви».