В российской истории Свято-Тихоновский православный богословский институт является первым высшим учебным заведением университетского уровня, которое предусматривает богословское образование для мирян, проходящих гуманитарное обучение. Только в 1992/1993 учебном году было принято 120 студентов на дневное отделение и 530 – на вечернее. «Думаю, Богословский институт и Московский государственный университет через контакты между студентами станут объектами взаимного обогащения, – сказал Святейший Патриарх Алексий II, обращаясь тогда к гостям и студентам богословского института. – Ваше присутствие здесь внесет духовные устои в среду московского студенчества. Многим трудно сделать первый шаг к вере, потому что три поколения нашего народа привыкли слышать о Церкви только отрицательное. «Религия – опиум для народа» – этот лозунг был на вооружении в течение 70 лет. Для многих трудно даже переступить порог храма, но надо это сделать. Думаю, что слушатели богословского института понесут весть о Христе, веру Христову в жизнь нашего народа. Одним священнослужителям, которым приходится основное время уделять службе Божией и таинствам, не справиться с теми задачами, которые стоят перед нашей Церковью. Поэтому открытие богословского Свято-Тихоновского института является событием значительным, отрадным и обнадеживающим. У учащихся богословского института и университета должна быть возможность не только приобретать теоретические знания, но и активно участвовать в церковной жизни. В связи с этим стоит вопрос о храме в стенах вашего учебного заведения. Молитва – великое дело, она укрепляет и помогает, дает силы каждому, кто искренне обращается за помощью к Богу. Мы знаем, что не нашими слабыми силами совершается то, чему свидетелями мы являемся, но благодатью и силой Божией, а мы – лишь Его смиренные служители, ответственные за то время, в которое живем. Господь и история спросят с нас строго: насколько воспользовались мы теми возможностями, которые представились нам для просвещения и нравственного возрождения нашего народа, для вселения в души и сердца россиян мира, спокойствия, веры и надежды?»

Через два месяца, 24 февраля 1993 года, Святейший Патриарх Алексий II возглавлял праздник открытия Российского православного университета имени апостола и евангелиста Иоанна Богослова.

16 марта 1993 года за большой вклад, внесенный в возрождение духовного образования в России, Патриарху Алексию II было присвоено звание академика Российской академии образования.

После революции 1917 года вся собственность Русской Православной Церкви была реквизирована и конфискована, и большая часть ее даже сегодня еще не возвращена.

Время патриаршего правления Святейшего Алексия II – это особая страница не только в истории Русской Православной Церкви и России, но и в истории других государств, составлявших когда-то единое пространство Советского Союза. С одной стороны, это благоприятное время окончания диктаторской власти, духовного пробуждения, но с другой – время политических и экономических трудностей стран бывшего Союза, когда составлявшие его государства оказались в буквальном смысле слова в растерянности. И Патриарх, в первую очередь как пастырь, в это сложное время призывал не забывать, что «Господь дает нашим народам обильные знаки и свидетельства Своего милосердия. Именно в моменты, когда нас ожидают новые испытания, нам как будто ниспосылаются особые ободрения… Господь ниспосылает нам испытания, но Он же подает нам силы, терпение и мудрость преодолевать их. Промысел Божий о нас мы видим в том, что многие величайшие святыни, через которые Господь являет нам знамения Своей милости, вернулись в нашу жизнь».

Поместный собор 1990 года, избравший митрополита Алексия (Ридигера) Патриархом, канонизировал святого праведного Иоанна Кронштадтского. Этот святой стал одним из небесных покровителей Санкт-Петербурга. Его очень почитал митрополит Алексий и всячески содействовал канонизации. На последнем епархиальном собрании Ленинградский митрополит, уже избранный Патриархом, сказал: «Велика ответственность Первосвятительского служения. Принимая его, я нахожу подкрепление в предстоящем мне служении в том, что вступление мое на престол московских святителей соединилось во времени с великим церковным торжеством – прославлением святого праведного Иоанна Кронштадтского, чудотворца, чтимого всем православным миром, всей Святой Русью. Его место погребения находится в городе на Неве, который до сего времени был моим кафедральным градом. Хочу выразить соборную надежду на то, что канонизация святого праведного Иоанна Кронштадтского послужит единению всероссийской православной паствы».

Первая поездка нового Святейшего Патриарха Алексия II была посвящена святому Иоанну Кронштадтскому. Через три дня после интронизации Святейший Патриарх отправился в Санкт-Петербург на церемонию прославления святого. В Успенском соборе Александро-Невской Лавры Патриарх Алексий II вместе с членами Синода отслужил последнюю панихиду и первый молебен святому праведному Иоанну Кронштадтскому.

В свое время святым Иоанном Кронштадтским был основан в Санкт-Петербурге монастырь в честь своего небесного покровителя святого Иоанна Рыльского. В безбожные годы Советской власти монастырь закрыли. Он был восстановлен по воле Патриарха. 13 июля 1991 года, на следующий день после праздника святых апостолов Петра и Павла, Святейший Патриарх освятил в честь Собора двенадцати апостолов верхний храм Свято-Иоанновского монастыря. Возрождение этого монастыря, который разрушался в течение семидесяти лет советского режима, имело большое значение не только для всех жителей города на Неве, но и для тех, кому дорога память о Кронштадтском пастыре. Святейший Патриарх считал это событие «одним из тех проявлений Божественной благости, которые помогают верующему сердцу устоять под натиском волн бурного житейского моря».

На первую литургию после возрождения обители собрались тысячи молящихся. Они заняли не только храм, но и все открытое пространство, прилегающее ко входу в монастырь святого Иоанна Рыльского на Карповке, – располагаясь вдоль обоих берегов реки, заполнив балконы и крыши окружающих зданий. После литургии Алексий II вспомнил годы, когда верующие не могли даже представить, что смогут молиться в этом святом месте, прикладываться к гробнице этого чудного батюшки. Они лишь украдкой подходили к стенам монастыря, за которыми находилась могила святого, и молясь, зажигали с большой осторожностью тонкие свечки.

5 ноября 1991 года Патриарх снова отправился в Санкт-Петербург, который тогда назывался еще Ленинградом и который Алексий II всегда избегал называть так, предпочитая обозначать его другими эпитетами, как, например, «город на Неве», «град Петров», «город моей епископской кафедры». Его приезд был обусловлен возвращением городу Ленинграду прежнего имени, данного ему основателем города императором Петром Великим в честь святого первоверховного апостола Петра. В день второго рождения города Патриарх отслужил Божественную литургию, освятив первый престол восстановленного Санкт-Петербурга в приделе верхнего храма Свято-Иоанновского монастыря.

23 августа 1992 года Алексий II во время поездки в Архангельскую епархию имел возможность отправиться в село

Сура, на родину святого Иоанна Кронштадтского. В этой маленькой деревушке, в женском монастыре, также основанном святым, находились теперь дома местных жителей, монастырский Успенский храм был превращен в клуб – зал для кино и танцев, но и он был заброшен – туда было трудно войти из-за его запущенного состояния.

Приход села Сура теперь был снова зарегистрирован. Патриарх смог там помолиться и посетить комнаты, в которых святой Иоанн Кронштадтский останавливался в дни своего пребывания в Суре, совершив богослужение на могиле родителей святого.