Я.Смушкевич был не только смелым лётчиком. В период репрессий он постоянно заступался за своих подчинённых и многих спас от гибели. Он не скрывал своего отрицательного отношения к советско-германскому пакту 1939г. Этого ему не забыли. И вскоре члены Военного совета ВВС, сам Я.Смушкевич, как начальник ГУ ВВС, начальник Главного штаба ВВС Арженухин и комиссар ГУ ВВС Агальцов были отстранены от занимаемых должностей и направлены на менее значимые.

Неприблядную роль в этих событиях сыграл командир 57-й истребительной авиабригады полковник Сбытов. Как вспоминает генерал-майор авиации А.А. Щербаков, ГСС, сын секретаря ЦК КПСС, зам наркома обороны, начальника Главного политического управления Красной Армии генерал-полковника А.Щербакова, Василий Сталин передал отцу письмо "своего командира дивизии Сбытова, в котором последний обвинял Смушкевича и Рычагова в принятии на вооружение ненадёжного мотора М-6334".

Находясь впоследствии под следствием (так получилось), в своём заявлении Президиуму ЦК КПСС генерал-лейтенант авиации В.Сталин указал: "Смушкевича я никогда не видел и не знал. От отца слышал о нём много хорошего: "Прям, храбр, дело знает".

Очевидно, на судьбу Смушкевича повлияла передача письма отцу от Сбытова о М-63, которое я передал в апреле 1940 года, и, вернее, не письмо, а вызов Сбытова в правительство и доклад его... Если Сбытов использовал вызов правительства в целях свести какие-то счёты с Смушкевичем и позже с Рычаговым, то я действительно виноват в том, что помог Сбытову добиться приёма правительством..."

Вспоминает Главный маршал авиации А.Е.Голованов: "...В ту новогоднюю ночь (на 1941 год) хватив пол различные тосты изрядную дозу шампанского, я увидел мир в радужном свете и в конечном итоге решил, что называется, с ходу изложить замыслы нашего экипажа Я.В.Смушкевичу...

Лёгкий хмель сразу улетучился, всё стало на свои места, и я уже собрался было извиниться за проявленную нескромность, встать и уйти, как Яков Владимирович поднял голову, посмотрел мне в глаза и сказал: "А вы не думали когда-нибуль о нашей авиации, о её боеспособности во время боёв на Халкин-Голе и в финскую кампанию?...Неужели вы, товарищ Голованов, зная все тонкости лётного дела, никогда над этим не задумывались?..Вы мечтаете о дальних полётах, о том, чтобы облететь вокруг земного шара. Не сомневаюсь, вы можете это сделать. Но, мне кажется, в интересах дела вы должны заняться другим, более важным вопросом. Я сам думал поговорить с вами об этом...

Яков Владимирович стал говорить об Испании, о том, какие у нас отличные боевые лётчики, как они храбро вели в воздушных боях, как бомбёры почти всякого прикрытия летали на бомбёжку....

Однако, - продолжал Смушкевич, - всё шло отлично, пока стояла хорошая погода. Портилась погода - и всё выглядело по-иному. Слепые полёты, полёты вне видимости земли - это камень преткновения, и хотя мы ещё оттуда, из Испании поднимали эти вопросы, война с белофиннами снова подтвердила слабую подготовленность массы лётного состава к полётам в плохую погоду, их неумение пользоваться средствами радионавигации...

Вы обязаны написать, что в течение двух лет соприкасаетесь с лётной работой ВВС и поняли, что вопросам слепых полётов и использования средств радионавигации надлежащего значения не придают, что товарищи, стоящие во главе этого дела, сами слабы в этих вопросах...

Попросту говоря, я был ошарашен...

Немного помолчав, Яков Владимирович ответил, что он не имеет сейчас такой возможности, и вряд ли на его докладную обратят внимание в настоящее время...

Перед отъездом ко мне подошёл Яков Владимирович: Ну, так вот, пишите записку и передайте её мне. Я обеспечу её доклад товарищу Сталину..

Результат подачи такой записки оказался совсем неожиданным. Как Смушкевич, так и Арженухин были сняты со своих постов, хотя они являлись очень сведущими, с большим личным опытом товарищами...

Весной 1941г. дела Смушкевича пошли совсем худо. В мае были арестованы командующий ВВС Московского военного округа ГСС генерал-лейтенант авиации П.И.Пумпур и начальник ГУ ПВО РККА ГСС генерал-полковник Г.М.Штерн, воевавшие вместе со Смушкевичем в Испании..."

Смушкевич был арестован 6 июня 1941 года. прямо в госпитале, где проходил курс лечения. В "ворнок" его несли на носилках. Начались вопросы, очные ставки, избиения. В конце концов, всё "признали" то, чего от них добивались...Расстрелян без суда 28 октября 1941г. по распоряжению Л.Берии в посёлке Барбыш близ Куйбышева. На расстрел, как и при аресте , его несли на носилках...

Вместе с ним были казнены его предшественник на посту начальника ГУ ВВС РККА генерал-полковник А.И.Локтионов и, сменивший Смушкевича в этой должности генерал-лейтенант авиации П.В.Рычагов, а также генерал-полковник Г.Штерн, генерал-лейтенант авиации Ф.К.Арженухин и другие. Генерал-лейтенанта авиации П.И.Пумпура расстреляли 23.03.42г.

Гораздо раньше (28.07.38г.) был расстрелян заместитель наркома обороны СССР по авиации Яков Иванович Алкснис, командарм 2-го ранга, который был обвинён в участии заговора против Советского Союза. Амен.

Для "полноты трагической статистики" были расстреляны лётчики Герои Советского Союза: генерал лейтенанты И.И.ПРОСКУРОВ и Е.С.ПТУХИН, генерал-майоры: Э.Г.ШАХТ, С.А.ЧЕРНЫХ, майор М.М.КОССА, а также генерал армии Д.Г.ПАВЛОВ, генерал-полковник В.Н.ГОРДОВ, генерал-майор (бывший маршал) Г.И.КУЛИК. Подполковник П.В.ПОЛОЗОВ расстрелян за убийство в бытовой ссоре 2-х человек.

В последствии несколько Героев Советского Союза - евреев, выехавших из СССР были лишены этого звания.

Последним, получившим звание ГСС 24.12.1991г. был капитан 3-го ранга командир батальона водолазов Л.М.СОЛОДКОВ.