Более того, прошел слух, что королевич Владислав пошел на Москву. Поляки собрали войско в 11 тысяч человек. Особенно старался литовский канцлер Лев Сапега. Главнокомандующим польским войском назначили литовского гетмана Яна Ходкевича. Почувствовав войну и смуту, казаки присягнули Владиславу. В апреле 1617 г. 22-летний Владислав выступил из Варшавы. Местом сбора войск был объявлен Луцк. В поход на Россию он взял с собой и плененного русского воеводу Михаила Борисовича Шеина. В конце сентября 1617 г. Владислав оставил Смоленск и соединился с Ходкевичем, который уже осаждал Дорогобуж. На московских воевод напал страх. Город Дорогобуж вскоре пал, поляки захватили и Вязьму. Владислав направил в Москву грамоту, в которой излагал свои претензии на московский престол, но она никакого воздействия на жителей города не возымела. Польское войско, не получая жалованья, возмутилось Владиславу, пришлось остановиться в Вязьме.

Тем временем польский военачальник Лисовский захватил Козельск, но Калугу взять не смог. Там, по просьбе жителей, воеводой назначили Дмитрия Михайловича Пожарского. У него было свыше 5 тысяч воинов. Другой Пожарский, Дмитрий Петрович, был послан оборонять Тверь. Попытка Владислава внезапно овладеть Можайском окончилась безрезультатно. В конце 1617 г. поляки предложили русским начать мирные переговоры, но эти переговоры не состоялись.

Первые три месяца 1618 г. прошли в приготовлениях к войне. Владислав не хотел уходить из Вязьмы в Литву. Теперь уже русские предложили мир, но польский сейм решил продолжать войну и начал сбор средств. В начале июля 1618 г. польские войска вышли из Вязьмы и стали в Юркаеве, на дороге между Можайском и Калугой.

Владислав решил взять Можайск, где находился русский воевода Борис Михайлович Лыков, однако город устоял. Несмотря на это, воеводам Дмитрию Черкасскому и Борису Лыкову было приказано отступить к Москве. Подучив весть из Можайска, что Владислав идет на Москву, Михаил 9 сентября 1618 г. созвал Земский собор, на котором было решено оборонять столицу.

Но не один Владислав шел на Москву. С другой стороны с 20-тысячным войском казаков к столице России приближался гетман Войска Запорожского Петр Сагайдачный. На пути к Москве он разорил Путивль, Ливны, Елец, Лебедянь. Против Сагайдачного послали Дмитрия Пожарского, но в Серпухове тот сильно заболел. Воевода возвратился в Москву. Тогда в войско направили князя Григория Волконского, но тот не смог удержать казаков и отступил к Коломне.

17 сентября 1618 г. королевич Владислав стоял в Звенигороде, Сагайдачный — в селе Бронницы. 20 сентября польские войска и отряды казаков объединились. В Москве началась паника. 1 октября поляки начали осаду Москвы. Наступающие прорвались до самых Арбатских ворот, но были отбиты. Приступ к Никитским воротам был для них еще менее удачным. Начались переговоры. Уполномоченные стороны спорили не сходя с лошадей. Между тем наступили холода. Владислав снял осаду столицы и, выйдя на Переяславскую дорогу, пошел на запад. Сагайдачный отступил к Калуге. Но вскоре польские войска рассыпались по русской земле. Кто оказался в Галиче, Костроме, Ярославле, кто в Белгороде.

Снова возобновились переговоры русских с поляками. 1 декабря 1618 г. в деревне Деулино близ Москвы состоялось обсуждение перемирия, которое было подписано сроком на 14,5 лет (Деулинское перемирие). Решили обменяться пленными.

Домой из длительного пленения в Польше отправились митрополит Филарет и боярин Михаил Шеин. В Можайске Филарета встретили архиепископ Рязанский Иосиф и князь Дмитрий Пожарский. 14 июня, не доезжая речки Пресни, с отцом встретился царь Михаил и поклонился ему в ноги. Филарет сделал то же самое перед своим сыном и царем России. Обнявшись, они долго оставались в таком положении. Оба не могли ни говорить, ни двинуться с места — слезы радости душили и сына, и отца.

Патриарший престол после Гермогена оставался незанятым. Это место было предложено Филарету; 24 июня 1618 г. состоялось его посвящение в патриархи.

С возвращением Филарета в Москву в стране началось по существу двоевластие. Было два великих правителя — царь Михаил Федорович и его отец, святейший патриарх Филарет. И это была не формальность. Все дела докладывались обоим и ими же решались, иностранные послы представлялись обоим вместе, подавались двойные грамоты, подносились двойные дары. И хотя имя Михаила стояло впереди имени отца, понятно, что опытный и твердый Филарет имел очень большое влияние на молодого, малоопытного и мягкого Романова-младшего. О Филарете высказывались разные мнения. Одни его хвалили, другие хулили. Все зависело от того, кто говорил о нем друг — или враг.

Молодой царь укреплял государственную власть. Создавались новые органы центрального управления. Лишь в 1613 — 1619 гг. было организовано 11 новых приказов, в том числе Казанский, Иноземский, Рейтарский, Городового дела (все военные). Помимо Приказа Большого прихода (финансовый приказ) начали действовать Приказ Новой четверти и Приказ Большой казны. Значительно расширены были полномочия территориальных четвертей. Создавались также временные приказы, которые по истечении своих полномочий упразднялись.

Одной из забот Филарета была женитьба Михаила. Поиски невесты велись в течение ряда лет как в России, так и за рубежом. В конечном счете в жены царю выбрали княжну Марию Владимировну Долгорукую (брак состоялся 19 сентября 1624 г.). Но молодая царица 7 января 1625 г. умерла. Летопись утверждает, что она была «испорчена». 29 января 1626 г. Михаил женился на 18-летней дочери малоизвестного дворянина Стрешнева — Евдокии Лукьяновне.

Что касается внешних сношений, которыми занимался по возвращении из плена Филарет, то прежде всего надо было «задарить» крымского хана, что сделать было трудно, так как не было денег. Нужно было также «уладить» отношения с ногаями, которые в «смутное время» выступили против Москвы. Они перенесли свои кочевья ближе к Крыму и грабили южные окраинные города России.