Царские войска победили мятежников под Каширой, выбили их из Алексина и пошли к Туле, где засели 20 тысяч человек. Началась осада города — медленная и кровопролитная. Болотников с той же смелостью бился в вылазках, презирая смерть.

Весной 1607 г. в пределах Белоруссии появился новый самозванный царевич Дмитрий. Настоящее его имя неизвестно. Говорили только, что это якобы дворянин Андрей Нагой. В августе этот Лжедмитрий II появился в Стародубе (в нынешней Брянской области). Вместе с самозванцем был московский подъячий Александр Рукин, который объявил народу, что царь уже приближается к их городу. Он спросил, готовы ли они с честью встретить его? Народ единодушно воскликнул: «Где он? Где отец наш? Идем к нему все головами». Рукин ответил, что царь с ними, и указал на мнимого Андрея Нагого. Никто не усомнился, все кинулись лобызать ноги пришельца. Ударили в колокола, пели молебны, восхваляли самозванца.

«Не спрашивали, — говорит польский историк, — истинный ли Дмитрий или обманщик зовет воителей? Довольно было, что Шуйский сидел на престоле, обагренный кровью ляхов. Война Ливонская кончилась: юношество, скучая праздностью, кипело любовью к ратной деятельности, не ждало королевского указа и решения государственных чинов, хотело и могло действовать самовольно». Безусловно, все это делалось с тайного одобрения Сигизмунда и его приближенных. Богатые давали на это предприятие деньги бедным, целью которого было расхищение целой державы. Поляки выставили знамена, образовали военные отряды и стали посылать вести в Северскую землю о том, что якобы к ним скоро прибудет Дмитрий.

Путивль, Чернигов, Новгород-Северский, едва услышав о прибытии нового царевича Дмитрия и еще не видя польских знамен, спешили изъявить ему свое усердие и дать воинов. Атаман Заруцкий, быв наперсником Отрепьева, упал к ногам стародубского обманщика. Некоторых жителей, не признавших нового «царя», сожгли.

Василий, узнав о явлении нового самозванца, отрядил на борьбу с ним воевод. Царские воеводы, однако не смогли противостоять полякам и вынуждены были отступить, при этом сожгли город Брянск, так как жители города поддерживали нового Лжедмитрия. Поляки имели более 5 тысяч воинов.

Самозванец, оставив за собой Болхов, Белев, Козельск и разбив князя Литвин-Мосальского близ Мещовска, пошел к Туле. А тем временем этот город окружили царские войска и попытались силой одолеть мятежников. По предложению боярского сына из Мурома Кровкова на реке Упа построили плотину и затопили все улицы Тулы. Битва, вылазки прекратились. Ужас потопа и голода смирили мятежников. Наконец их главари известили царя о том, что они готовы передать ему Тулу и выдать самозванца Петра, если царским словом будут помилованы. Василий принял их предложения, так как новый Лжедмитрий был уже недалеко от города.

Болотников явился вооруженным с головы до ног. Перед царским шатром он слез с коня, обнажил саблю и в знак примирения приложил ее к своей шее, а затем склонился у ног Василия.

Болотникова, Шаховского и других руководителей мятежа вслед за Илейкой отправили в Москву. Князя Телятевского помиловали. Взятие Тулы праздновали так же, как завоевание Казанского царства. Царь дал воинам отдохнуть, а сам 21 октября 1607 г. вернулся в столицу. Его встречали как победителя.

Самозванца Илейку повесили на Серпуховской дороге. Болотникова и других атаманов-мятежников отправили в Каргополь, где тайно утопили.

Калуга и Козельск еще сопротивлялись царским войскам. Вся Южная Россия, от Десны до устья Волги, за исключением немногих городов, признавала царем мнимого Дмитрия. А Москва отдыхала, наслаждаясь тишиной после ужасной грозы.

Узнав, что Василий распустил войско, Лжедмитрий II, отступивший было на юг после взятия Шуйским Тулы, вновь выступил уже из Трубчевска с 7 тысячами поляков, 8 тысячами казаков и большим числом ополченцев. Царский воевода Михаил Кашин укрепился в Брянске. Самозванец осадил город, но взять его не смог. Рать Лжедмитрия II усилилась с приходом новых донских казаков, которые представили ему какого-то неизвестного бродягу, мнимого царевича Федора (будто бы второго сына Ирины), но самозванец не хотел признавать нового родственника и приказал его умертвить.

15 декабря 1607 г. царские войска разбили войска Лжедмитрия II. Но вскоре он снова собрал силы, мирно вошел в Орел и начал ждать подкреплений. К нему прибыли знатные польские князья Рожинский и Адам Вишневецкий. К новому самозванцу непрерывно шли конные и пешие воины из Литвы.

17 января 1608 г. царь Василий Иоаннович женился на Марии, дочери князя Петра Буйносова-Ростовского. Если верить одному из летописцев, то этот брак имел печальные последствия. Василий, стремящийся к наслаждениям любви, столь долго ему неизвестным, предался неге, роскоши, лености. Любовь отвлекала царя от государственной и ратной деятельности, он пал духом. В это смутное время он был вынужден заниматься делами государства. В этот период был переведен на русский язык ряд воинских уставов с итальянского, французского и других языков. Василий, угождая народу своей любовью к старым русским обычаям, не хотел, однако, изгонять иноземцев.

Василий не хотел расставаться с юной супругой, поэтому вверил свое войско любимому брату Дмитрию Шуйскому. Шведы предложили помощь, но Василий, как и Годунов, от нее отказался. Главный воевода русских войск Дмитрий Шуйский отличался только спесью и чванливостью. Он не был любим и уважаем войском, не имел ни ратного духа, ни прозорливости в советах, не умел подбирать и верных людей.

Московская рать, направленная против Лжедмитрия II, остановилась в Волхове (ныне в Орловской области). Была зима, выпали большие снега, что дало возможность самозванцу, не опасаясь нападения, укрепиться. Московские войска численностью 70 тысяч человек отдыхали, а в это время отряды Лжедмитрия II активно действовали, приближаясь к Москве. Около Зарайска царские войска были разбиты паном Лисовским. Царю следовало защитить Москву новым войском. Наконец-то вышли из Болхова и воины под командованием Дмитрия Шуйского, которые встретились с отрядами самозванца и поляками гетмана Рожинского.