Надо было избрать главного воеводу. К великому разочарованию народа, им оказался Дмитрий Шуйский. Царь силой взял у Троице-Сергиевой лавры драгоценности для содержания своего и шведского войск, тем самым возмутив церковь и народ.

Снова возобновились военные действия. Делагарди вслед за князем Дмитрием выступил к Можайску, чтобы освободить Смоленск. Ждали новых союзников — крымских татар, чтобы прогнать самозванца.

Первая неприятная весть для царя пришла из Рязани. Захарий Ляпунов, явный противник Василия Шуйского, объявил всенародно, что Скопина-Шуйского отравил Дмитрий, а царь этому содействовал. Рязанское княжество объявило свою самостоятельность и отошло от Москвы. Только Зарайск остался верен царю (там воеводствовал князь Дмитрий Михайлович Пожарский). Чего хотел Ляпунов? Он ненавидел поляков, самозванца и царя.

Русские войска шли к Смоленску с востока, поляки - с запада. Сигизмунд, узнав о гибели Скопина-Шуйского, осмелел. Внезапно 10-тысячное войско поляков ночью у села Клушино напало на 35-тысячную армию русских. Удар был сильным. Отступая в суматохе, конница русских подавила свою же пехоту, шведы отступили в лес, а наемники (французы, немцы, англичане и шотландцы) перешли на сторону противника. Произошло неописуемое смятение. Все бежали в разные стороны, сто человек гнало тысячу.

Делагарди вступил в переговоры с поляками, захватил казну Дмитрия Шуйского и пошел к Новгороду, жалуясь на малодушие россиян, так же, как и на мятежный дух наемников — англичан и французов. Русскому царю Василию Иоанновичу шведский полководец Делагарди письменно обещал новое возможное возвращение войска, а шведскому королю — легкое завоевание для Швеции Северо-Западной России!

Трофеи поляков были богаты. Горе-воевода Дмитрий Шуйский загнал коня и до Можайска добрался пешком. Так, 24 июня 1610 г. окончилась печальная для России Клушинская битва. Вскоре поляки заняли Царево-Займище, Можайск и другие города.

Василий Шуйский снова спешно начал собирать войска. Но ни один город не прислал царю ни одного воина. Москва оказалась в отчаянном положении. Возобновил свои действия самозванец. Видя неустойчивое положение России, крымские татары прервали союзнические связи с ней и ушли в степи. Для Василия все окончилось! Снова торжествовал самозванец. Едва уцелел Зарайск, спасенный Пожарским.

Лжедмитрий II поспешил к Москве и расположился станом у Коломенского. Столица кипела негодованием. Требовали изгнания царя Василия. Бояре и князья, дворяне и торговые люди — противники, изменники и сторонники царя — съехались у Данилова монастыря и рассуждали мирно о чрезвычайных обстоятельствах и о средствах спасения России. Решили, что москвитяне оставят Василия, а мятежники покинут Лжедмитрия, совместными усилиями прогонят поляков и затем все изберут нового царя. Эти решения объявили москвитянам Захарий Ляпунов и дворянин Федор Хомутов. Лишь один голос раздался за царя. Патриарх Гермоген с жаром и твердостью отстаивал права Василия. Шуйскому предложили отказаться от царствования и выехать в Нижний Новгород. Ляпунов, увидев царя, сказал: «Василий Иоаннович, ты не умел царствовать, отдай же венец и скипетр!». Шуйский ответил: «Как можешь?». И, вынув нож из-за пояса, Василий бросился на Ляпунова. Тот, будучи гигантского роста и необычайной силы, пригрозил царю, что сомнет его своей тяжелой рукой. Некоторые убеждали Василия оставить престол, но царь хотел умереть на троне.

С требованием отказаться от царствования во дворец к Шуйскому снова явился Захарий Ляпунов. Шуйский вынужден был уступить силе. Его вместе с юной супругой 17 июля 1610 г. вывезли из Кремля и поселили в старом собственном доме, где он стал ждать участи Бориса Годунова и его семьи, зная, что шаг с престола — это шаг к могиле.

В столице началось смятение. Захарий Ляпунов просил русских бояр-изменников связать Лжедмитрия и привезти его в Москву (так условились ранее). Но тушинские мятежники обманули московских бояр: они не хотели выдавать своего Дмитрия.

Патриарх Гермоген снова признал освободить царя Василия и посадить на трон, но его никто не слушал. 18 июля Василия и его жену Марию насильно постригли в монашество. Супруга Василия кричала, стенала, но их разлучили. Шуйского отправили в Чудов монастырь, Марию — в монастырь в селе Иваново. Двух братьев царя посадили под домашний арест. Никто, кроме Гермогена, не противился насилию.

Так Москва поступила с царем, который хотел снискать любовь россиян умеренностью в наказаниях, терпимостью общественной свободы, ревностью к гражданскому образованию, который не терялся в самых чрезвычайных бедствиях, оказывал готовность умереть, сохраняя достоинство государя. Но удивительная судьба царя Василия Иоанновича ни в унижении, ни в славе еще не завершилась.

Итак, временно власть в стране перешла к тем боярам и вождям дворянства (Мстиславским, Ляпуновым, Голицыным и др.), которые были решительными противниками и Шуйского, и самозванца, и поляков. Они потребовали от гетмана Жолкевского, чтобы тот покинул пределы России. «Не требуем твоей защиты, — писали бояре, — не приближайся, или встретим тебя, как неприятеля!». Но Боярская дума, утвердив за собой верховную власть, не могла удержать ее в своих слабых руках. Самозванец грозил Москве нападением, польский гетман приближался к столице, народ вольничал.

Тогда Федор Иоаннович Мстиславский, старший из думных бояр, очевидно, предварительно посоветовавшись, объявил, что нынешние россияне, как и древние новгородцы, должны искать царя вне пределов государства, и предложил место царя занять польскому царевичу Владиславу, который должен был взять обязательство принять православие. Но были и другие мнения. Предлагались в цари князь Василий Голицын и юный Михаил, сын Филарета. Голоса в Думе разошлись. Однако большинство приняло совет Мстиславского. Народ на Лобном месте решил то же, что и Дума.