В этом же 1924 году стала обрисовываться и деятельность батюшки, с наибольшей полнотой раскрывшаяся впоследствии. К слову пустынного, но опытного монаха, ученика старцев, стали привлекаться сердца людей различных состояний, многие задумывались над простым иногда, но всегда вдумчивым опытным советом; боль душевная утолялась, когда в духовнике находили себе не судью, а состраждущего, искусного целителя. Вначале очень незаметно, но потом все больше и больше вокруг клироса, где исповедовал отец Агафон, стали толпиться люди – и москвичи, и приезжие, образованные и простые, взрослые и юные, женщины и мужчины.

Но и это благословенное начало – созидание нового благодатного корабля – не обходилось без испытаний и общих, и частных. Летом того же года зимняя церковь Петровского монастыря была закрыта, и вновь собранное общество должно было искать себе приюта в чужих стенах. И тогда же, летом 1924 года, оступившись при поездке на трамвае, батюшка почувствовал усиление своей болезни – энцефалита. Ноги стали с трудом передвигаться, он стал замечать и замедление в движении рук. Путь, на который его поставил Господь, здесь же требовал как бы искупления, очистительного искушения в болезни; так начертывалось направление внутреннего креста батюшки – несение болезней душ к нему приходящих при собственной тяжелой телесной болезни.

Господь вскоре утешил рабов Своих, и новый духовный корабль опять обрел себе пристанище в стенах Боголюбского храма Петровского монастыря, который был открыт в конце августа того же 1924 года. С радостью и торжеством совершили иноки свою первую вечернюю благодарственную службу и водворились под покровом Боголюбивой Божией Матери.

Для исповеди приходящего народа батюшке был выделен просторный левый клирос. Сам Владыка не имел подходящего места для своих духовных занятий; трогательно было видеть, как архипастырь смирялся в этом отношении перед отцом наместником. Он точно тщался исполнить апостольское слово: честию друг друга больша творяще (Рим 12:10). И стал левый клирос прибежищем для многих страждущих сердец и душ. Часто подолгу, непонятно для новичков задерживались там люди, чтоб, открывши тайные свои недуги, выйти обновленными, точно вновь родившимися для новой жизни о Господе.

Батюшка по своей болезненности принимал народ сидя в маленьком креслице, слегка откинувшись назад (в первые годы своей болезни, потом он стал согбенным), иногда слушал излияния души, ненадолго закрывая глаза. Говорил он очень мало, только вставит вопрос, необходимый по ходу рассказа; иногда отпустит, только разрешивши грехи, иногда же скажет слово, которое насквозь пронзит душу. Принимая как послушание благословенное ему дело исповеди и руководства, батюшка как истинный послушник со всей искренностью относился к нему, а относясь так, со временем от всего сердца полюбил это дело. Так поставлен был Господом светильник на свещнице, чтоб светить всем к нему приходящим…

И Господь, умножая, умножал радость батюшки, ибо все то, что было получено им в течение его жизни, теперь оказалось полезным и было принесено на служение человеку. В своем новом положении, среди людей большого города, батюшка часто должен был обращаться к этому опыту своей жизни. В нем, в первую очередь в прежнем руководстве старцев, на все вопросы были уже готовы жизненные ответы; здесь был также и опыт полученного им светского образования; сюда же относились и те познания, которые получил батюшка, живя в монастыре и исполняя разнообразные послушания и службы. И то, и другое, и третье, а вернее – духовное зрение, проникающее опыты светских наук и практических познаний, очень широко позволяли батюшке дать любой совет при любом создавшемся положении. И здесь прежде всего была цель – раскрыть человеку богатство его внутренней жизни, показать, что Царство Божие внутрь нас есть (Лк 17:21). Но когда нужно было убеждение другого порядка, батюшка мог дать совет и чисто практический – медицинский, научный, технический, сельскохозяйственный. И человек, который не мог быть убежден словом сверхопытного совета, сражен бывал словом практического характера, уходил с удивлением и недоумением, и опять уж в следующий раз приходил со смиренной душой, складывая оружие своего мудрования у ног батюшки. А батюшка, и вида не показывая, что привлек овечку в ограду Христову, опять все так же тихо, незаметно окрылял душу, возжаждавшую Господа.

Так постепенно вокруг батюшки обнаружился круг лиц, которые возжелали все оставить по его слову, чтоб искать на земле только единого, – все больше юные души, еще не узнавшие полностью жизни с ее неизбежными скорбями. Здесь были и семейные, которые в батюшке имели своего отца и печальника, вникающего внимательно во все горести их положения: нужду, болезни детей, их воспитание. Были представители интеллигентных профессий, которые в батюшке находили себе советчика, своего благодатного покровителя, который, не отрывая их от основной работы, учил, что прочно только то, что делается о Господе. Приходили к батюшке и монашествующие со своими иноческими скорбями и томлениями, в нем они имели точно столп и защиту. Были здесь и пожилые люди, которые в батюшке, младшем их по возрасту, видели отца и благодетеля; со слезами, крестясь, уходили они от него, сознавая, что им еще много нужно учиться тому, о чем говорил батюшка, зная, что они хотя и стары, но не опытны в добродетели; многим хотелось очистить душу, жажда покаяния связывала их с батюшкой неразрывной любовью. Приходили и те, которых мучила совесть, и они, изнемогая под бременем ее мучения, приходили для того, чтоб облегчить ее, получить поддержку, попросить о помощи, приблизиться ко всеисцеляющей благодати в таинстве покаяния.

И вот все эти люди в конце вечерней службы вереницей тянулись на клирос к батюшке, терпеливо ожидая своей очереди; тихо и медленно поднималась рука батюшки, благословляя народ; некоторые уходили, удовлетворенные полученным благословением, другие шептали два-три словечка, некоторые в стороне дожидались, чтоб получить исчерпывающий ответ на свои вопросы. Тихо мерцали лампады перед иконами длинного храма-корабля в честь Боголюбивой Божией Матери, тихо было среди многочисленных гробниц, стоящих рядами по обе стороны у окон; служба кончалась, народ постепенно тихо расходился, прикладываясь к большому старинному распятию в конце храма.

Но деятельность батюшки не во всех находила себе сочувствие. Были голоса среди народа, которые говорили, что рано он начал старчествовать; были скорби и от братии. Но батюшка, который принимал делание свое как послушание, данное ему Богом и благословением архиерейским, терпел эти скорби разумно и с рассуждением, находя во всем и всегда повод для спасительного самоукорения. Таковым соблазняющимся можно было бы ответить словами преподобного Петра Дамаскина: «Не всякий, кто стар летами, уже способен к руководству, но тот, кто приял дар рассуждения».