Как и многие другие прогрессивные люди того времени, С.Е. Десницкий стремился применить свои преобразовательные теории непосредственно к российской действительности. В 1768 г., когда работала созванная по повелению Екатерины II Комиссия по сочинению проекта нового законодательства, ученый не остался в стороне и счел своим долгом гражданина подготовить собственный проект преобразований государственного строя России. Основная его идея была изложена просто и ясно: «Законы делать, судить по законам и производить суд во исполнение – сии три должности составляют три власти: закодательную, судительную и наказательную, от которых властей зависят все почти чиноположения и все главные правления в государствах». Таким образом, Десницкий впервые в России выдвинул принцип разделения властей, который видел в том, «чтобы одна власть не выходила из своего предела в другую». Но они должны были быть не изолированными, а разумно взаимодействовать, не выходя при этом за рамки своих полномочий.

Гарантию против произвола монарха Семен Ефимович видел в создании представительного органа – сената. Хотя он и не был сторонником широкого народного представительства (предлагал высокий имущественный ценз), однако выступал против преимуществ дворянства и духовенства в сенате. Таким образом, к управлению государством были бы привлечены представители разных сословий, имевшие равное право голоса. Сенат предполагалось наделить широкими полномочиями для решения важнейших государственных вопросов.

Проектируя организацию судительной (судебной) власти, Десницкий предлагал рассредоточить ее по России, что связано с обширностью территорий и должно было, по его мнению, способствовать более быстрому рассмотрению дел и укреплению законности в стране.

Ученый предлагал и гражданские, и уголовные дела рассматривать публично. Он первым указал на воспитательное значение гласного судопроизводства. Выступал не только за справедливый, независимый и гласный суд, но и за равноправие, соответствующее доле каждого в строительстве отечества.

С.Е. Десницкий предлагал ввести суд присяжных, равный для всех сословий; выдвинул принцип несменяемости судей, подготовке которых он уделял большое внимание.

Десницкий стремился поставить в определенные рамки и право монарха назначать судей. Во второй половине XVIII века, когда суд в России не был отделен от администрации и всюду процветал административный произвол, когда законы издавались единолично монархом, предложения ученого имели большое прогрессивное значение.

«Наказательная» власть (исполнительная), по его мнению, должна была осуществлять приговоры суда, не выходя за их пределы. Во главе наказательной власти должен был стоять монарх, который назначал воевод. К этой ветви власти относился сыск, борьба с преступностью – наблюдение «спокойствия и тишины», поддержание порядка в городах, сбор налогов и пошлины, обеспечение пожарной охраны и тюрем. А чтобы не допустить произвола губернских и городских воевод, за соблюдением законности призваны были следить губернские суды, при которых предлагалось создать особое отделение для разбора жалоб. Таким образом, в проекте С.Е Десницкого впервые в истории русского права было предложено подчинить администрацию судебному контролю.

Автор проекта считал, что популярная в то время в Европе теория разделения властей не охватывала всего многообразия государственных функций, и ввел понятие «четвертой» власти, названной им «гражданской», которая должна была включать существовавшие в то время органы местного самоуправления. Это была первая попытка теоретически обосновать российское городское самоуправление и дать общие контуры его организации. Предполагалось, что компетенция этих выборных органов будет ограничена и строго определена – «отправлять дела в городе вексельные» в соответствии с утвержденным сенатом законом; контролировать ценообразование на рынке, бороться со спекуляцией; ремонтировать дороги, содержать в порядке городские улицы; наблюдать за соответствием строительства архитектурному плану. В ведении этих органов должен был находиться также сбор пошлины. Кроме того, они могли разрешать незначительные спорные вопросы. Состоять городская власть должна была из дворян, купцов и ремесленников, избранных в соответствии с имущественным цензом. В своей деятельности гражданская власть обязана руководствоваться законами, принятыми сенатом.

Характер выдвинутых Десницким предложений был таков, что осуществить их в условиях того времени было невозможно, даже публикация по понятным причинам была отложена более чем на 130 лет (проект увидел свет лишь в 1905 г.).

В области судопроизводства Десницкий считал необходимым введение демократических принципов: равенства всех перед законом, равного наказания за одинаковые преступления и др. Он отвергал требования дворянства о привилегиях в области действия уголовного права. Изучив глубоко вопрос наказаний, пришел к выводу, что наказание выполняет свое назначение лишь тогда, когда его тяжесть соответствует характеру и составу преступления. Карательные меры не должны быть чрезмерно суровы, так как излишняя жестокость вызывает жалость к виновному и возмущение против власти. Этот призыв к смягчению наказаний в то время, когда раздавались требования их ужесточения, был смелым гражданским поступком Десницкого. Ученый не отрицал необходимости (возможности) применения смертной казни, но ограничивал ее лишь двумя случаями: умышленное убийство и измена родине, и категорически выступал против негуманных способов ее исполнения.

С.Е. Десницкий считал необходимым пересмотреть существовавшую классификацию преступлений по видам, поставив на первое место по серьезности преступления против личности и собственности, а не против религии и государства, как это было принято. Ученый отвергал возможность применения уголовного наказания за преступления против религии. Он выдвинул теорию, что основанием юридической ответственности может быть только нарушение исполнительной истины. Эта теория противоречила практике российского государства, которое активно вмешивалось в нравственную сферу. Десницкий считал, что необходимо определить границы влияния государства в этих вопросах.

В целом в практике государственной жизни он призывал к строгому соблюдению законности.

Просветительская деятельность такого разностороннего человека, каким был Семен Ефимович, не ограничивалась лишь научной и преподавательской работой. Он много сделал как издатель и переводчик. Ученый принимал участие в работе Вольного российского собрания, основанного при университете в 1771 г. Придавал большое значение изданию материалов судебных архивов. Академия привлекла Десницкого к работе над Российским словарем: ему было поручено сделать выборку и дать толкование юридических терминов из основных сводов российских законов, начиная с «Русской Правды» до современного ученому «Уложения». Эти толкования использовались многими последующими поколениями русских историков и юристов и оказали определенное влияние на развитие истории русского права.