В то время, когда жил святитель Иона, латинское духовенство очень старалось подчинить себе Православную Церковь. Римские папы с неудовольствием видели независимость Восточной Церкви от папского престола. В XV веке обстоятельства, как оказалось, особенно благоприятствовали властолюбивым замыслам римского духовенства: Константинополю угрожали турки, и император греческий Иоанн Палеолог готов был на уступки, лишь бы получить покровительство папы; Россию разоряли междоусобия князей и владычество татар; к тому же несколько областей: Киевская, Черниговская, Полоцкая, Галицкая и другие, над которыми властвовал Витовт, князь литовский, отделились от Московской митрополии и стремились соединиться с Западной Церковью. Все это подавало папе надежду на успех; но замыслы и усилия его остались тщетными.

В это время княжил в России великий князь Василий Васильевич, впоследствии прозванный Темным. Митрополит Фотий скончался, и около шести лет после его кончины не назначали ему преемника по причине смут. Наконец великий князь созвал в Москву епископов, и они единодушно избрали Иону, епископа Рязанского и Муромского, как самого достойного, по добродетелям своим, быть митрополитом.

Иона был родом из Галича Костромского и в двенадцать лет принял постриг в одном монастыре галичском, а потом поступил в Симонов монастырь. Митрополит Фотий, посетив однажды этот монастырь, увидел там Иону и, пораженный кротостью и величавым спокойствием лица молодого инока, предсказал, что он будет великим святителем в земле Русской. Вскоре после этого Иона был назначен епископом Рязанским и Муромским, а в 1437 году избран в митрополиты.

Избрание должно было быть подтверждено в Константинополе. Иона отправился в Царьград; но там объявили ему, что патриарх уже назначил митрополитом грека Исидора, и Иона возвратился в свою Рязанскую епархию, получив, впрочем, обещание, что, когда снова освободится престол святительский, назначат его.

Исидор, ставший митрополитом Российским, был человеком умным и хитрым. Незадолго до посвящения своего он был в Италии и там снискал себе расположение и доверие папы Евгения IV, который в это время созывал собор в Италии для рассмотрения тех догматов, с которыми не была согласна Восточная Церковь. Папа очень желал соединения Церквей и обещал помощь императору греческому против турок, если он склонит греческое духовенство на уступки. Император, патриарх, великое число духовных лиц и сановников отправились в Италию на папских судах, а Исидор с грамотами от царя и патриарха прибыл в Москву.

Великий князь встретил его с почетом, но очень удивился, когда новый митрополит объявил о своем намерении ехать на собор в Италию, чтобы хлопотать о соединении Церквей. Великий князь сказал ему: «Отцы и деды наши не хотели слышать о соединении законов греческого и римского. Я не удерживаю тебя, но помни чистоту веры нашей и принеси ее с собой, чужого учения нам не приноси: мы не примем».

Исидор клялся, что не изменит православной вере, и поехал в Италию через четыре месяца после прибытия своего в Москву.

Собор, созванный сперва в Ферраре и перенесенный потом во Флоренцию, продолжался более года. После долгих споров император греческий Иоанн Палеолог и часть духовенства, прельщенные обещаниями папы, согласились на соединение и признали догматы Латинской Церкви. Исидор выказал полную готовность на все уступки и укорял в упрямстве тех епископов, которые не хотели изменить православию и стояли твердо за веру свою, несмотря на убеждения и угрозы. Между последними был Марк, митрополит Ефесский, представлявший на соборе Антиохийского и Иерусалимского патриархов. Он не согласился подписать статьи, предложенные папой. Папа уже торжествовал великолепной обедней соединение Церквей, но когда он узнал, что Марк не поставил свою подпись, то воскликнул с гневом: «Так мы ничего не сделали!»

Действительно очень скоро оказалось, что собор не привел к желаемой цели. Греческое духовенство не захотело признать уступок, сделанных его представителями и императором, и одного Марка Ефесского называло достойным служителем Христовым, а прочих епископов – изменниками, подкупленными золотом римским. Уступки же Иоанна Палеолога не спасли Константинополь, который был взят турками в 1453 году. Когда же Исидор возвратился в Москву, получив от папы звание кардинала, и в Успенском соборе стали читать грамоту лживого Флорентийского Восьмого собора и поминать папу на ектении, поднялось общее негодование. Великий князь созвал собор в Москве в 1441 году. Духовенство и ученейшие бояре, рассмотрев Флорентийскую грамоту, отвергли ее, а Исидора, как отступника, заключили в Чудов монастырь. Он тайно ушел из монастыря и прибыл в Рим, где занял важное место и назывался Российским кардиналом.

Во второй раз избрали Иону на место низложенного Исидора, и великий князь послал к императору и патриарху Константинопольскому грамоту, в которой объяснил причины, побудившие его низложить Исидора; но эта грамота не дошла до Константинополя, ибо когда великий князь узнал, что сам император и епископы, бывшие на соборе, изменили православию, то воротил назад гонца своего. С тех пор Иона стал править делами Церкви, хотя продолжал еще называться епископом Рязанским, а не митрополитом. Трудно было в это время управлять делами по причине раздоров, смущавших и Церковь, и государство. Некоторые епископы Юго-западной России уклонились от православия, признали митрополитом Григория Болгарина, посвященного в Риме и бывшего учеником Исидора, и держались флорентийского соединения. Король Польский писал к великому князю, уговаривал его признать Григория митрополитом, но русские святители предали Григория анафеме, Киевская и юго-западные области признали власть папы; и так образовалась уния, или союз с Римской Церковью на основании Флорентийского собора, с сохранением некоторых обрядов Греческой Церкви и использования славянского языка в богослужении.

В то же время междоусобия волновали также государство: князья спорили между собой, литовцы и татары опустошали Россию. Великий князь долго воевал с двоюродными братьями своими, Василием Косым и Дмитрием Шемякой. Первый был ослеплен по приказанию великого князя. Через несколько лет Шемяка страшно отомстил за брата. Он притворно помирился с великим князем, а потом неожиданно напал на Москву, схватил мать и жену Василия и отправился к Троице, в Сергиеву обитель, где находился сам великий князь с сыновьями. Василий, не подозревая ничего, слушал обедню у гроба святого Сергия; Шемяка схватил его, велел выколоть ему глаза и послал в заточение в город Углич, а сам провозгласил себя великим князем. Верные служители успели спасти детей Василия и увезли их в Муром.