Стремясь обеспечить высокую степень самостоятельности некоторые национальные республики в составе России (например, Татарстан, Чечня и пр.) в своих конституционных актах провозглашались суверенными государствами, что противоречило идее о едином суверенитете Российской Федерации. В связи с этим, Конституционным Судом Российской Федерации были приняты Постановление По делу о проверке конституционности отдельных положений Конституции Республики Алтай и Федерального закона «Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации от 07.06.2000 № 10-П18 и Определение Конституционного Суда Российской Федерации от 27.06.2000 № 92-О По запросу группы депутатов Государственной Думы о проверке соответствия Конституции Российской Федерации отдельных положений Конституций Республики Адыгея, Республики Башкортостан, Республики Ингушетия, Республики Коми, Республики Северная Осетия – Алания и Республики Татарстан19. Указанные Постановления существенным образом повлияли на развитие федерализма, стали веским правовым аргументом для приведения конституционных актов республик в составе России в соответствие Конституции Российской Федерации.

Окончательно положения о суверенитете устранены из конституционных актов республик в составе России в последние годы и названные постановления сыграли в данном процессе далеко не последнюю роль.

Определенные споры вызывает институт полномочных представителей Президента Российской Федерации в Федеральных округах. Согласно абз. 2 п. 1 ст. 1 Указа Президента Российской Федерации от 13.05.2000 № 849 «О полномочном представителе Президента Российской Федерации в федеральном округе»20 Полномочный представитель обеспечивает реализацию конституционных полномочий главы государства в пределах соответствующего федерального округа. Конституция Российской Федерации прямо не предусматривает создание подобной структуры в системе органов государственной власти, однако, прямого запрета также нет.

Тем не менее, институт полномочных представителей Президента Российской Федерации в федеральных округах стал действенным механизмом регулирования федеративных отношений и контроля за исполнением федерального законодательства на территории субъектов Российской Федерации.

В августе 2000 г. был принят Федеральный закон «О порядке формирования Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации», который установил, что эта палата парламента состоит из представителей, избранных региональными парламентами и назначаемых главами регионов. Ранее существовавшая процедура формирования Совета Федерации противоречила действовавшей Конституции Российской Федерации, а именно принципу разделения властей. Кроме того, в результате реформы существенно улучшилось взаимодействие между Президентом России и высшей палатой Федерального Собрания.

Большое влияние на федеративные отношения оказали изменения порядка избрания глав субъектов федерации. Федеральным законом от 11 декабря 2004 года «О внесении изменений в Федеральный закон «Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации21» установлено, что гражданин Российской Федерации наделяется полномочиями высшего должностного лица субъекта Российской Федерации (руководителя высшего исполнительного органа государственной власти субъекта Российской Федерации) по представлению Президента Российской Федерации законодательным (представительным) органом государственной власти субъекта Российской Федерации.

Такой порядок наделения полномочиями глав регионов с одной стороны позволяет избежать появления «случайных» людей в руководстве субъектов федерации, однако не совсем стыкуется с демократическими принципами российского государства.

Определенное значение имеет также переход от смешанной избирательной системы к пропорциональной. Ранее, на основании Федерального закона от 24 июня 1999 г. «О выборах депутатов Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации», 225 депутатов избирались по одномандатным избирательным округам и 225 – по федеральному избирательному округу. Тем самым, было обеспечено представительство как от политических объединений, так и от территорий. Новый порядок, установленный Федеральным законом от 18.05.2005 N 51-ФЗ «О выборах депутатов Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации22» (ст. 4) установил, что федеральный избирательный округ, по которому избираются депутаты Государственной Думы, включает в себя всю территорию Российской Федерации. Таким образом, непосредственное представительство от населения определенного одномандатного избирательного округа устранено и депутаты Государственной думы Российской Федерации представляют общие интересы всего населения России.

На современном этапе проведенные реформы федеративных отношений, направленные на укрепление вертикали власти показали свое несовершенство. В Послании Президента России Федеральному Собранию России в декабре 2011 г. были озвучены идеи о либерализации как всей политической системы, так и федеративных отношений.

Дальнейшим шагом явилось утверждение федеральным законом от 02.05.2012 № 40-ФЗ «О внесении изменений в Федеральный закон «Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации» и Федеральный закон «Об основных гарантиях избирательных прав и права на участие в референдуме граждан Российской Федерации»23 выборной процедуры назначения высших должностных лиц субъектов Российской Федерации.

Проведенные на основании нового порядка выборы высших должностных лиц субъектов РФ также показали свое несовершенство, обусловленное прежде всего сложностью получения подписей депутатов муниципальных образований. Вместе с тем, население субъектов РФ получило возможность непосредственно участвовать в формировании власти, что является важным шагом к демократизации.

В 2014 году снова внесены изменения в «О выборах депутатов Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации, определяющие возврат к смешанной системе выборов, при которой половина депутатов Государственной Думы избирается по одномандатным округам.

На основании всего вышеизложенного, нужно отметить, что окончательная модель российского федерализма еще не сформирована. Еще остается ряд проблем и задач, которые необходимо решить для создания оптимальной схемы взаимодействия федеральных и региональных структур, чтобы, с одной стороны, обеспечить верховенство государственной власти Российской Федерации на всей ее территории, а с другой – соблюсти интересы населения и государственной власти субъектов Российской Федерации.