Выехав в Тверь, Московский Государь отдал Тверское Великое княжество своему старшему сыну Иоанну Иоанновичу, так как его мать, первая супруга Иоанна Васильевича, Мария Борисовна, была родной сестрой последнего Тверского Великого князя и, таким образом, Иоанн со стороны матери являлся потомком Тверских князей, Великий князь Иоанн старался и внутри Московского княжества сократить уделы. Два его брата умерли бездетными, и он большую часть их уделов присоединил к Великокняжеской области, дав остальным двум братьям лишь по несколько городов; братья должны были оказывать полную покорность, и когда один из них, Андрей, был заподозрен во властолюбивых стремлениях, то был с сыновьями своими посажен под стражу до смерти, и на все хлопоты об освобождении Иоанн, опасаясь смуты за наследство, отвечал: «Жаль мне брата, но освободить его не могу». Собрав в одно государство почти всю северо-восточную Русь, Иоанн простер свои взоры и на Русь, подпавшую польскому и литовскому владычеству, откуда стремились к нему бывшие удельные князья и народонаселение, предпочитая служить Православному Русскому Государю, чем чужеземному и иноверному. Литва принуждена была признать за Иоанном титул «Государя всея Руси».

По смерти первой своей супруги Иоанн Васильевич в 1472 году женился на племяннице последнего Византийского Императора Софии Фоминишне Палеолог и, как единственный православный Государь, возглавлявший громадное православное государство, сделался вместе с этим преемником Византийских Царей, защитником и покровителем всего православного мира. Как внешний знак этого, он принял Византийский герб, соединив его с Московским – св. Георгием Победоносцем, и в сношениях с иностранными государями стал именоваться Царем всея Руси и Императором, продолжая называться в актах внутреннего управления, по большей части, по-прежнему Великим князем. Наследником Иоанна Ш Васильевича считался его старший сын, Иоанн Молодой, рожденный от первого брака. Во избежание споров о престолонаследии, Иоанн III, по примеру своего отца, назвал и наследника Великим князем, и государственные дела решались от имени обоих Великих князей. В 1490 году Иоанн Молодой скончался. Возник вопрос, кто будет теперь наследником? После Иоанна Молодого остался сын Димитрий. Кроме того, у Иоанна Васильевича было 5 сыновей от брака с Софией, среди коих старшим был Василий. Со времени установления нового порядка престолонаследия подобного случая не было на Руси, и в данном случае нельзя было поступить «по старине». В то же время порядок престолонаследия не был установлен и регламентирован каким-нибудь законом, и Великому князю предстояло решить, внук ли Димитрий или сын Василий является его преемником по теперешнему порядку. Приближенные Иоанна разделились на сторонников того и другого, стремясь доставить престол наиболее желательному для себя кандидату. Верхи московского боярства не любили Софии, так как именно с ее приездом в Москву Русский Великий князь превратился в Самодержавного Государя, единолично решавшего все дела, и бояре потеряли свое прежнее влияние и приглашались на совет, лишь когда Великий князь того пожелает. Опасаясь влияния Софии и в случае воцарения сына ее Василия, они усердно поддерживали Димитрия. София Фоминишна убеждала своего мужа передать престол Василию. Великий князь Иоанн Васильевич, понимая, что, по принципу права первородства, после Иоанна Младшего наследником должен быть Димитрий, не поддавался на увещевания супруги и склонился на сторону прав внука.

Сторонники Софии стали убеждать Василия поднять восстание и погубить Димитрия, самому сделаться наследником. Заговор был открыт в декабре 1497 года. Главные заговорщики были казнены, а Василия Великий князь посадил под стражу; София тоже была в опале. В начале 1498 года Великий князь торжественно венчал внука на Царство. Это было первое венчание на Царство на Руси после Владимира Мономаха. Посредине Успенского собора было поставлено три седалища – для Митрополита, Великого князя и его внука. Сначала был отслужен молебен Богородице и святителю Петру, после чего Митрополит и Великий князь сели на свои места, а Димитрий стал перед ними. Великий князь сказал: «Отец Митрополит, Божиим изволением, от наших прародителей Великих князей старина наша оттоле и до сих мест; отцы наши Великие князья сыновьям своим старшим давали Великое княжение; и я было сына своего первого Ивана при себе благословил Великим княжением; но волею Божией сын мой Иоанн умер, у него остался сын первый Димитрий, и я его теперь благословляю при себе и после себя Великим княжением Владимирским, Московским и Новгородским; и ты бы его, отец, на Великое княжение благословил». Митрополит приказал Димитрию стать на свое место и, возложивши на него руку, прочитал молитву о даровании ему Царства; потом, взяв приготовленные на аналое бармы и шапку Мономаха, передавал их Великому князю, а Великий князь возлагал их на внука. После многолетий, приветствий и поучений Митрополита и Великого князя, была отслужена Литургия. При выходе Димитрия в шапке и бармах из церкви старший после Василия, его дядя Юрий, трижды осыпал его золотыми и серебряными деньгами.

Венчав внука на Царство, Великий князь Иоанн вскоре, однако, начал раскаиваться в своем поступке. Димитрий был безвольною и бесхарактерною личностью, находившейся под полным влиянием матери, которая, в случае воцарения его, и сделалась бы фактической правительницей государства. Мать его, дочь молдавского господаря Елена, была главной покровительницей распространяемой тогда на Руси жидовской ереси, а ближайшими советниками ее были именитые бояре Ряполовский и Патрикеевы, весьма недовольные установлением на Руси самодержавной власти и мечтавшие ограничить Великокняжескую власть боярами и по смерти Иоанна самим распоряжаться, пользуясь слабостью Царя.

В 1499 году Великий князь казнил Ряполовского, а Патрикеевы были пострижены в монашество. В то же время увещания

Митрополита и горячая деятельность ревнителей Православия, возглавляемых святыми Геннадием, архиепископом Новгородским, и преподобным Иосифом Волоцким, заставили Великого князя переменить свой взгляд на жидовствующую ересь. Еще в 1494 году православным удалось добиться ухода на покой жидовствующего митрополита Зосимы и поставления в митрополиты строгого православного Симона. Но под влиянием княгини Елены Великий князь не придавал особого значения этой ереси. Теперь же Иоанн III стал понимать, какую опасность представляет эта ересь для Церкви и государства и какое зло может произойти, если у власти окажутся ее приверженцы. С другой стороны, если Димитрий по праву первородства был ближайшим наследником Российского Великокняжеского Престола, то Василий, по матери происходивший от Византийских Царей, имел преимущественное право на наследование герба, титула и преемства власти их – того, что особенно возвысило Московского Великого князя в глазах всего православного мира. Приверженность же Православию София доказала: хотя римский папа всячески покровительствовал ей и даже устроил ей брак с Иоанном, она не склонилась к унии и не поколебалась в истинной вере. Иоанн III не сразу решился переменить прежде им принятое решение и захотел испытать характер старшего сына Софии.

Василий был вызван из-под стражи к Великому князю. Изложив тяжесть проступка сына и его виновность, Иоанн III спросил Василия, что сделал бы он сам с таким сыном. Простил бы?

«Нет, не простил,» – ответил Василий. Иоанн 111 освободил Василия и дал ему Великое княжение Новгородское и Псковское. Жители Новгорода и Пскова, среди которых было много выходцев из Москвы, были поражены выделением их земель в особый удел и отправили посольство к Великому князю Иоанну просить, «чтобы было по старине: кто Государь в Москве, тот – и в Новгороде, и Пскове». С гневом выслушал это Иоанн. «Разве не волен, – сказал он, – во внуке и детях. Кому захочу, тому и дам княжение». Некоторые историки ошибочно указывают на эти слова Иоанна III, как доказательство того, что у Великих князей не было руководящего принципа при передаче престола, и они назначали себе наследников по своему личному выбору.

Однако здесь речь шла не о наследстве Великокняжеского Престола, а о выделении части Московского Государства в особый удел. В вопросах же о разделении земли на уделы и о распределении их между сыновьями русские князья были «вольны в делах» во все времена существования в России уделов. Иначе рассуждал Иоанн III в вопросе престолонаследия. Хотя впоследствии, лишив Димитрия наследства и сделав наследником Василия, он говорил, что «какой сын отцу норовит, того он больше жалует, а если сын отца не слушает, того за что жаловать», но в действительности, имея внука и пять сыновей от второго брака, он выбирал лишь между сыном старшего сына и старшим из остальных своих сыновей, несмотря на то, что остальные четыре сына не выходили из его повиновения и были более покорны, чем старший. Правда, и в вопросе престолонаследия Иоанн Ш не потерпел бы противоречия со стороны подданных и не стал бы выслушивать их указания, приняв, быть может, то или иное мнение, в лучшем случае, лишь как совет; Самодержавные Государи не имеют ограничений извне. Но ограничением их является их собственная совесть, их сознание ответственности перед Богом и решимость идти по пути, завещанному их предшественниками, для достижения благосостояния их державы. Хотя Иоанн Ш везде подчеркивал неограниченность и независимость своей власти, он всегда руководствовался «стариной» и заветами своих предков, собирателей Руси.

Димитрий продолжал еще некоторое время носить титул Великого князя и считался наследником. В 1502 году Великий князь посадил Елену и Димитрия под стражу, запретил поминать их на ектениях и называть Димитрия Великим князем. Василий был посажен на Великое княжение Владимирское и Московское, и имя его стало писаться во всех грамотах рядом с отцовским. Вслед за этим были приняты меры и против жидовствуюшей ереси. Преподобный Иосиф Волоцкий был принят Великим князем, который раскаялся в своем прежнем попустительстве еретикам и обещал сделать все, от него зависящее, для их искоренения. В 1504 году Собор осудил ересь, а Великий князь казнил главных еретиков и сослал менее виновных. Елена скончалась в темнице почти одновременно с этими событиями. Димитрий оставался в заключении и умер в 1509 году. Иоанн III, объявив Василия Великим князем, позаботился, чтобы порядок наследования престола оставался впредь ненарушенным. Для этой цели он велел наследнику Василию заключить еще при жизни отца договор со следующим за ним по старшинству братом Юрием. По этому договору Юрий обещается держать Василия «господином и братом старшим, честно и грозно», а после смерти Василия состоять в таких же отношениях к сыну его, которого он благословит на Великое княжество, «быть под ним и не подыскиваться никаким способом». Умирая, Иоанн III разделил уделы своим сыновьям, но при этом Великий князь Василий получил 66 городов, а все остальные четыре сына вместе – 30 городов; только Великому князю принадлежало право чеканить монету, собирать таможенный сбор и судить уголовные дела, и этим удельные князья совершенно подчинялись государственной власти Московского Государя. Иоанн III скончался в 1505 году, а Василий продолжил царствование отца. Он закончил то, что не успел сделать его отец. Лишен был тени самостоятельности Псков, присоединено Рязанское княжество, и, наконец, в 1523 году последнее удельное княжество – Северское.