И когда в Думе при полном её синклите бояр и высшего духовенства, вели разбор дела, то так всё и случилось, как предполагал патриарх.

Изыск Шуйского читал в Думе дьяк Разрядного приказа Василий Щелкалов. В эти мгновения Иов больше всматривался в лица бояр, нежели вслушивался в суть читаемого документа. Но бояре умели прятать свои чувства, и он не увидел на их лицах ничего, кроме безразличия. Казалось бы, их не волновала ужасная судьба царевича Дмитрия, не нашла отклика в их душах смерть дьяка Битяговского, которого они все знали, тем более убийство всех прочих. Иову показалось, что бояр и дьяков не волнует и судьба всего рода князей Нагих. С болью в груди он думал, как низко пала нравственность первых мужей государства.

Лишь царь Фёдор часто прикладывал ладони к лицу и по-детски утирал слёзы. Да Борис теребил бороду. Он-то знал, может, и ведуны просветили, как ему и многим другим обернётся смерть Дмитрия.

«Токмо всё ли ты знаешь, правитель, что стелется впереди тебя? Одному Богу ноне известно, куда покатится колесница судьбы России, если вдруг Всевышний потребует к себе и царя Фёдора. Но пока он здравствует и, проявит такую милость Господь Бог, будет ещё долго восседать на троне Российском», — размышлял патриарх.

И где-то в глубине души Иова родилось и стало укрепляться убеждение, что всё случившееся ниспослано Богом и во благо России. И на многие годы, пока жив Фёдор Иоаннович и пока при нём Борис Годунов, России пребывать в тишине и благодати. Иов воспринял это озарение с лёгким вздохом облегчения. Увы, провидческие размышления Иова оправдались только в малой степени. За порогом грядущего столетия он ничего не видел.

Глубокую отречённость Иова от происходящего в Думе нарушил голос митрополита Крутицкого Геласия:

— Услышь меня, государь-батюшка, услышьте, Дума и весь синклит. В день, когда мне уехать из Углича, посетила меня вдовствующая царица Мария и слёзно умоляла передать её просьбу вам, чтобы смягчили гнев на тех, кто умертвил дьяка Битяговского, да сына его, да сотоварищей. И сама она видит преступление во всём, что содеяно. Молит она смиренно и надеется, что не погубит государь её бедных родственников. И вот для Думы последний документ угличского дела: покаянная грамота городового угличского приказчика Игнатия Карелова. А прописывает приказчик в ней о том, что царевич Дмитрий умер в чёрном недуге, а пьяный Михайло Нагой велел толпе убить невинных царёвых слуг с дьяком Битяговским.

Геласий умолк. И Дума молчала. Царь тихий и горестный сидел на тронном месте. И теперь наступил черёд сказать последнее слово высшему судье державы, главе церкви патриарху Иову.

В сей миг тишины, перед тем, как начать обвинительную речь, никакие личные мотивы не таились в душе патриарха. Только благо России, только честь и достоинство российского первосвятителя двигали приговор патриарха Иова.

— Да будет воля государева, — начал Иов своим сильно звучащим голосом. — Мы же удостоверились несомнительно, что пред государем Михайлы и Григория Нагих и угличских посадских людей измена явная; что жизнь царевича Дмитрия прекратилась судом Божим; что Михайла Нагой есть виновник кровопролития угличского, действовал по внушению личной злобы и советовался с злыми ведунами, с Андрюшкой Молчановым и другими; что граждане угличские вместе с ним достойны казни за свою измену и беззаконие, учинившие смерть государевых приказных людей, дьяка Михайлы Битяговского с сыном, Никиты Качалова и других дворян, жильцов и посадских людей, которые стояли за правду....

В душе Иов противился всяким казням, жестокостям, кровопролитиям. Но он был неистовым защитником христианской нравственности, боролся за её торжество. В Угличе он увидел попрание Заповедей и Законов Божих. Сие противоречило духовному миру верующих, шло от чёрных сил и должно быть наказано. И всё-таки Иов делил ответственность за наказание угличан между властью царской и церковной. Поэтому, заключая приговор, добавил:

— Но сие дело есть земское; ведает оное Бог и государь: в руке державного опала и милость! — Зная, что в судьбе опального Углича уже ничего нельзя изменить, он закончил: — А мы должны единственно молить Всевышнего о царе и царице, их многолетнем здравии и о тишине междоусобной брани.

И Дума порешила, а царь Фёдор повелел завершить дело и казнить виновных. Пал приговор и на весь род князей Нагих.

Через несколько дней их всех привезли в Москву, а с ними кормилицу Ирину с мужем, ведуна Андрюшку Молчанова. На Житном дворе их снова допрашивали. И дыба, и огонь с раскалёнными клещами были в ходу. Никто из Нагих, однако, и слуги их не признали смерть Дмитрия ненасильственной.

— Самостийна смертушка мне бы надобна, — кричала под пыткой кормилица Ирина.

И Марья твердила своё на дыбе:

— Злодеи отняли жизнь у царевича!

И тогда вдовствующую царицу постригли в монахини, нарекли Марфой и отвезли в Высинскую пустынь за Белоозеро.

Не миновало суровое наказание и братьев Нагих. Их отправили по тюрьмам в разные города на север России.

В Угличе тоже была учинена расправа. Сто восемьдесят горожан закончили жизнь на плахе под топором палача. Многим вырвали языки, отрезали уши.

По настоятельству Геласия и по повелению Иова был наказан колокол соборной церкви, который поднял горожан на расправу над Михаилом Битяговским, над другими невинными жертвами. Колокол сняли с колокольни, выпороли кнутом на площади и отправили на вечную ссылку в Тобольск.