Как-то, отстояв обедню в Успенском соборе, где Гермоген вёл службу, Филарет попросил патриарха принять его с покаянием. Служба в соборе уже закончилась, и Гермоген сказал Филарету:

— Я позову тебя, как уйдут верующие.

Филарет зашёл в придел и молился там перед образом Божьей Матери, просил её заступничества. Патриарх видел моление Филарета и думал о нём: «С какими побуждениями ты пришёл, готов ли к очищению от греховности?» Да понял Гермоген одно: нет у него причины на то, чтобы положить опалу на Филарета, отдалить от себя. И когда ушёл последний прихожанин из собора, Гермоген позвал Филарета:

— Идём, брат мой, побеседуем.

Гермоген привёл его за алтарь, и там, между ризницей и алтарём, в небольшом покое, где облачался, патриарх усадил Филарета на скамью, сам сел напротив и тихо сказал:

— Говори, брат Филарет, очисти мою душу от сомнений. Многое ведаю о твоём тернистом пути, да многое и сокрыто.

Филарет поднял голову, увидел строгий, почти суровый взгляд Гермогена, но не опустил и не отвёл в сторону глаза.

— Во многом грешен я, святейший, — начал Филарет, — да несмываемый грех несу с того часу, как дрогнул духом в Тушино и согласился надеть на себя первосвятительские одежды. Казнил себя многажды, но не нашёл в себе сил отказаться. Ложью опутанный, сам встал на ложный путь. И потому готов понести уготованную мне Божью кару. Сошли меня, святейший, в дикую пустынь, и там закончу я бренный путь в молении. Не сошлёшь, сам уйду от мира. Тебе же покаянно открываюсь: никогда не мыслил встать над тобою или даже вровень. Я носил сан лжепатриарха. А больше сказать мне нечего. Лишь об одном прошу, прими моё покаяние, святейший.

Гермоген задумался, но смотрел на Филарета. И поверил, что всё сказанное им шло от чистой жажды покаяния. Патриарх хорошо знал род Романовых и почитал родителя Филарета, боярина Никиту Романовича Юрьева, светлую державную голову, человека, который умел усмирять гнев даже самого Ивана Великого и был, как гласила народная молва, благодушным посредником между народом и грозным царём.

Патриарх знал, что все Романовы и их предки Юрьевы, Кошкины, Захарьевы, вплоть до боярина Андрея Кобылы, верой и правдой служившего великому князю Ивану Даниловичу Калите, — все они никогда не пошатнулись в преданности и любви к земле Русской.

А что до самого Филарета, так и он не пошатнулся, но явился жертвой происков Бориса Годунова и Василия Шуйского. Только им был супротивником Филарет, но не отечеству. Так ведь и он, Гермоген, стоял против Бориса Годунова с угличской беды, да и Шуйскому не мирволил. И потому пришёл к мысли Гермоген, что им с Филаретом сам Бог повелевает встать рядом в борении за благоденствие России.

И Гермоген сказал:

— Спасибо, брат мой, что открыл душу и очистился от тяготы душевной. Отныне нам вместе радеть за державу. Оставайся в Москве, а как утихомиримся, отдам тебе под надзор Патриарший приказ.

Филарет тоже не сразу нашёлся, что ответить патриарху. За долгие минуты молчания Гермогена Филарет многое прочитал на его лице. И возрадовался, что понят, что прощён, и прослезился.

И вырвалось у Филарета из глубины души:

— Да вознаградит тебя Всевышний венцом славы, святейший. А я твой слуга верный! — И Филарет опустился на колени, приник к руке Гермогена.

Патриарх положил другую руку на голову Филарета.

— Встань, брат мой, и распрямись. Во имя Отца и Сына и Святого Духа. Аминь.

И Филарет встал рядом с Гермогеном, встал крепко — и вместе они свершили немало дел во благо державы в те дни и месяцы, кои судьба отвела им в будущих тяжёлых испытаниях.

И вот Филарет стал очевидцем, как патриарх Гермоген явился в Грановитую палату и потребовал от бояр скорого решения об избрании на престол царя русской крови, достойного стать отцом народа. В душе Филарет порадовался, что патриарх назвал имя его сына Михаила. Отрок чист и непорочен. Филарет не испугался, что бояре назовут прежде всего князя Голицына и будут настаивать на его избрании, он верил что род Романовых россиянам ближе, чем род Голицыных. Но в словах Мстиславского Филарет уловил опасность и препону в избрании русского царя. Было похоже, что Фёдор гнул одну линию с Михаилом Салтыковым, ратовал за боярское правление в России. Сам он знал, что проку от того правления россияне не получат, потому как бояре-правители ринутся блага себе наживать, а там грызню устроят меж собой и позабудут, к чему призваны. И Филарет вошёл в круг бояр, заявил Мстиславскому:

— Ты, княже Фёдор, в заблуждении, считая, что бояре-правители сумеют вывести державу из смуты, наладить в ней достойную жизнь. И ещё больше ты заблуждаешься, ежели думаешь, что королевич Владислав принесёт России благо. И я за него радел, как бес попутал. Да отрезвел. И вы, думные бояре, не прельщайтесь Владиславом. Мне подлинно известно злое королевское умышление над Московским государством, о чём не могу умолчать. Думает Жигимонд с сыном королевичем завладеть всей нашей державой и нашу истинную христианскую веру греческого закона разорить. А свою, католическую, утвердить с помощью римских иезуитов.

— Зачем ты мне это говоришь, коль я сам ведаю многое? Мы ведь тоже не пустые головы. — И Мстиславский обвёл рукою бояр. — И тоже ищем блага для державы. Потому и за боярское правление, а там и за Владислава порадеем. Вот святейший Гермоген как благословит его принять без крещения, так он и будет на троне.

— Владиславу не быть нашим царём, а вы грех на душу берёте, что держите россиян в сиротстве, — осуждающе сказал Гермоген.

Бояре упёрлись. Ни Голицына, ни Романова на престол не звали. Но на Гермогена продолжали давить.