Богатство Лидии, без сомнения, привлекало Кира, но персидский царь был гораздо более заинтересован в подавлении любых отголосков мидийского сопротивления, которые могли возникнуть в царстве Креза. Его также влекла перспектива территориальной экспансии и выгоды, которые могли быть получены от свержения Креза. Со своей стороны, Крез, как сообщает Геродот, тоже «стремился расширить свои территории и подготовил экспедицию в Каппадокию, уверенный в успехе в свержении власти Кира и персов».

Сокровище, подаренное Крезом храму в Дельфах, дало ему возможность обратиться за ответом к знаменитой жрице – оракулу Аполлона, через которую бог давал свои пророчества. Крез спросил бога, следует ли ему идти войной на персов. Оракул ответил: «Если Крез отправится на войну, он сокрушит великое царство» (по крайней мере, так записал Геродот). Обрадованный этим ответом и не задумываясь над его двусмысленным толкованием, осенью 547 г. до н. э. Крез пересек реку Галис, вступив на территорию, которая теперь находилась под властью персов.

Кир быстро нанес ответный удар, и его войска столкнулись с Крезом в Птерии (вероятно, район древнего города Хаттусы на южной оконечности равнины Будакёзю). Там произошла жестокая, но еще не окончательная битва. Крез отступил и распустил свою армию, основу которой составляли хорошо оплачиваемые наемники. Он не ожидал, что Кир будет вести кампанию зимой в морозной глуши Анатолийского нагорья. Но именно так Кир и поступил. Его выносливые воины, закутанные в куртки и штаны из воловьей кожи и овчины, в погоне за лидийскими солдатами пробирались сквозь глубокие снега под пронизывающим ветром на своих миниатюрных, выносливых нисейских лошадках, их походное снаряжение и оружие везли на спинах верблюды. Крез был удивлен внезапным прибытием Кира на равнину Фимбрары близ Сард, где их войска снова встретились в битве. Пересадив свою кавалерию на вьючных верблюдов, запах которых так напугал лидийских лошадей, что те отказались атаковать, Кир разгромил кавалерию Креза на поле боя. Крез бежал и укрылся в укрепленном акрополе над Сардами, откуда посылал отчаянные мольбы своим союзникам на Ионийском побережье. Но через две недели, в конце декабря 547 г. до н. э., осада была прорвана, и лидийский царь попал в плен.

Судьба Креза стала предметом различных преданий. Много десятилетий спустя Геродот сообщал, что Кир сохранил Крезу жизнь, привез его ко двору в Персии и в дальнейшем ценил его как царского советника. Ктесий утверждал, что Кир отдал побежденному царю большой город Барнину близ Экбатан, которым ему было позволено править как полунезависимой вотчиной. Однако согласно другой версии, которая, вероятно, более близка к правде, Крез последовал практике многих царей, потерпевших поражение, выбрав самосожжение и сгорев вместе со своей женой, дочерями и слугами на огромном погребальном костре.

Греческий поэт Вакхилид, современник Креза, верил, что жизнь царя унес ритуал массового самоубийства, и в победной оде, которую он создал вскоре после этого, живо описал самосожжение Креза (хотя в кульминационный момент царь уносится на небеса по приказу богов):

Однако фрагментарный клинописный текст из Вавилона приводит убедительные доказательства того, что Крез действительно умер в Сардах в начале 546 г. до н. э.:

Вслед за Сардами пали и города на побережье Ионийского моря. Они быстро признали персидскую гегемонию, запросили мира и предложили дань Киру, который позволил им сохранить остатки самоуправления. С этого момента каждым ионийским городом управлял грек, местный уроженец, которого выбирал и контролировал персидский начальник. С любыми восстаниями, подобными тому, что возглавил лидиец по имени Пактий, которому Кир поручил собирать дань с прибрежных городов, расправлялись безжалостно – было не время для милосердия. Гарпаг, самый важный мидийский союзник Кира, был поставлен во главе всех персидских войск в Малой Азии и правил там от имени Кира, наделенный громким титулом «командующий моря».

Этот титул был принят им близко к сердцу, поскольку в течение следующих четырех лет он систематически покорял город за городом вдоль побережья Малой Азии, «подчиняя себе все народы без исключения», как писал Геродот.

Когда Гарпаг встал у власти над Западом, внимание Кира вернулось на Восток, и его взор упал на Вавилонию с ее вассальными территориями в Сирии, Иудее и Израиле, Финикии и некоторых частях Аравии. После добровольного изгнания Набонида в Аравию Неовавилонская империя оказалась в состоянии правительственного кризиса. В редкий миг просветления, на семнадцатом году своего правления, царь вернулся в Вавилон и обнаружил, что город пребывает в упадке, его храмы заброшены, а ритуалы не исполняются. Отношения между Вавилоном и его правителем не были благоприятными, но когда Набонид услышал о скором приходе Кира в Вавилонию, он превзошел все ожидания от себя как лидера. Набонид собрал свои войска и повел их на север под предводительством своего сына Валтасара, который расположил армию недалеко от города-крепости Опис, на берегах реки Тигр, всего в 80 км от Вавилона.

В сентябре 539 г. до н. э. Кир вступил в Вавилонию и устремился прямиком на Опис. В пути его перехватил почтенный вавилонский вельможа по имени Угбару, правивший обширной территорией на северных границах Вавилонии и выступавший против непредсказуемого правления Набонида. На месте он предложил услуги своих войск и свою полную лояльность Киру. Между двумя лидерами был заключен пакт, и солдаты Угбару повели персов к Опису. Битва перед стенами города была недолгой, но жестокой. Вавилонские войска были уничтожены, многие воины пытались бежать с поля боя, но были убиты. Бесчинства охватили и сам город, стоило персидским захватчикам прорваться через его стены, убивая мужчин, женщин и детей в безумной кровавой бойне, которая явно имела целью продемонстрировать, что ждет непокорных, на примере города, настроенного решительно сопротивляться персам. Из Описа была вывезена огромная добыча, а тела погибших, в том числе царевича Валтасара, сложены на улицах и оставлены гнить на жарком солнце.