В 1957 г. Ю.П. Сокольников был переведен в очную аспирантуру. Диссертацию он защитил 20 ноября 1958 г. в пединституте им. А.И. Герцена. С 1958 по 1971 гг. работал в Чувашском пединституте им. И.Я. Яковлева ассистентом, старшим преподавателем, доцентом, зав. кафедрой педагогики и психологии, одновременно работал учителем истории и классным руководителем в школе №4 в г. Чебоксары. Его пример вдохновил И.П. Прокопьева, директора Чурачикской школы-интерната, который впоследствии стал кандидатом, а затем доктором педагогических наук, академиком АПСН, МАНПО, МПА.

В 1965-1967 гг. Юрген Петрович в школах Чувашии организовал массовую опытную работу по проблемам организации целостного подхода к воспитанию школьников, апробацию своих методических пособий.

Большую работу Юрген Петрович проводил по привлечению студентов к научно-исследовательской работе, руководил студенческим отрядом «Макаренковец». С августа 1967 г. по август 1969 г. Ю.П. Сокольников являлся старшим научным сотрудником и работал над завершением докторской диссертации. Защита диссертации «Общественно полезная деятельность как фактор формирования личности подростка» на соискание ученой степени доктора педагогических наук состоялась 9 февраля 1970 г. в Ленинградском пединституте имени А.И. Герцена. Он стал вторым доктором педагогических наук в Чувашии (первым был Г.Н. Волков).

В августе 1971 г. Ю.П. Сокольников был приглашен в Москву, в Научно-исследовательский институт национальных школ Министерства просвещения РСФСР на работу в качестве старшего научного сотрудника.

С переходом на работу в МГПИ им. Ленина на должность профессора кафедры педагогики начального обучения, Ю.П. Сокольников начал создавать исследовательские группы студентов и аспирантов по проблемам комплексного подхода к воспитанию. Здесь была создана концепция системного понимания воспитания и – как практического вывода из нее – учения о логике педагогической деятельности. Ученым разрабатывается исследовательская программа, направленная на апробацию и дальнейшее развитие этой концепции, на создание на этой основе общей педагогической теории.

В своей монографии «Системный анализ воспитания школьников» (М.: Изд-во «Просвещение», 1986 г.) и в других публикациях Ю.П. Сокольников пропагандировал идею комплексного подхода к воспитанию школьников. В 1989 г. в январе месяце состоялось вхождение объединения «Педагог исследователь» в состав Ассоциации «Воспитание» педагогов-исследователей CCCР. На его базе создается Центр системного подхода к воспитанию. Ю.П. Сокольников избирается Президентом этой Ассоциации. На учредительном собрании присутствует 121 человек из 43 регионов СССР. Из них 60 преподавателей вузов (8 докторов, 39 кандидатов наук), 10 аспирантов, 29 студентов, 23 педагога из школ.

В апреле 1991 г. принял активное участие на общем собрании АПН СССР, посвященном проблемам воспитания. В своем выступлении он сформулировал ряд требований к концепции воспитания, которая должна быть создана. Однако предложенная им общая концепция воспитания на собрании АПН так и осталась не утвержденной. Этим же вопросам была посвящена Международная научно-практическая конференция «Диалектика общего, регионального и национально-особенного в воспитательных системах и пространствах», проходившая в Чебоксары в 1991 году.

Но вскоре распался СССР, а затем Академия педагогических наук. Стараниями «лжепедагогов» она была преобразована в Академию образования, откуда исчезло и само слово «педагогика». Был ликвидирован НИИ проблем воспитания.

В сложившихся условиях проводились научно-практические конференции, семинары, выездные заседания и т.д. в Москве, Чебоксарах, Белгороде, Козмодемьянске и т.д. В 1992 году Ю.П. Сокольников от имени коллективов научно-практических центров, лабораторий и творческих групп Ассоциации «Воспитание» обратился с письмом к вице-премьеру Правительства России Г.Э. Бурбулису (копии письма были адресованы в Комитет Верховного Совета РФ по науке и образованию и главному редактору «Учительской газеты» П. Положевцу) с предложением мер по улучшению разработки научных проблем воспитания.

1 февраля 1993 г. Ассоциация «Воспитание» вошла в состав Международной Академии педагогических наук и в позднее отпочковавшуюся от нее Академию педагогических и социальных наук. Здесь Ю.П. Сокольниковым было создано «Отделение методологии и теории воспитательных систем», объединив многих специалистов из стран Содружества.

Это отделение 20 апреля 1994 г. утвердило общую исследовательскую программу. Под его руководством были выполнены диссертационные исследования Т. Ахматовой, Р. Гильманова, Ж. Коидзе, З. Петровой, Б. Тажикова, З. Соловьевой, П. Клементьева и др., посвященные особенностям работы сельской школы.

Международная практическая конференция, состоявшаяся в г. Чебоксары 23-24 марта 1995 г., одобрила концепцию и программу «Диалектика общечеловеческого и национально-особенного в воспитательно-образовательных системах современного общества». Весьма ценными являются концепция и исследовательская программа «Единое воспитательное пространство как фактор формирования подрастающих поколений». Это направление исследовательского поиска обязано своим рождением Ю.П. Сокольникову и передовым педагогам небольшого города на реке Волге – Козьмодемьянска. Как показали итоги работы (они обсуждены на совместном заседании коллегии Министерства образования Чувашской и Марийской Республик), программа была взята на вооружение многими школами и педагогами. Базовыми экспериментальными площадками по указанной проблематике стали в Чувашии города Новочебоксарск, Канаш, Алатырь. Эту проблематику разрабатывали лаборатории воспитательных пространств, созданные в Чувашском республиканском институте образования (ректор В.Д. Данилов) и в г. Новочебоксарске (начальник управления образования В.И. Кочетов).