Семь лет моряк провел на Дальнем Востоке, получил отличную практику и представление о действиях флота. В июне 1939 года капитана 2-го ранга Горшкова назначили командиром бригады эскадренных миноносцев Черноморского флота [759] .

В октябре 1939 года лидер «Москва» с эсминцем «Беспощадный» под брейд-вымпелом капитана 2-го ранга С.Г. Горшкова доставил в Стамбул министра иностранных дел Турции, возвращавшегося из Советского Союза [760] .

Моряк продолжал повышать квалификацию. С февраля 1939 до апреля 1941 года он учился на курсах усовершенствования высшего начальствующего состава (КУВНАС) при Военно-морской академии имени К.Е. Ворошилова. С июня 1940 года С.Г. Горшков был командиром бригады крейсеров Черноморского флота. В этой должности он вступил в Великую Отечественную войну [761] .

К началу Великой Отечественной войны капитан 1-го ранга более года командовал бригадой крейсеров – основным боевым соединением Черноморского флота. Летом 1940 года бригада участвовала в маневрах, отрабатывая совместные действия с сухопутными войсками по отражению десантов с моря. Бригада в составе «синих» из Одессы должна была доставить и высадить в районе Евпатории десант. Высадку Горшков приказал производить с помощью корабельных средств. «Красный Кавказ» и «Красный Крым» справились с этим необычным делом успешно. Вместо разбора учений корабли спешно вернулись 19 июня в Севастополь. А вскоре после возвращения в базу началась война [762] .

Бригада крейсеров с первых военных дней вступила в действие. Корабли огнем артиллерии отражали первый воздушный налет на Севастополь, ставили мины. Крейсера, которые готовили к борьбе с воздушными и морскими целями, теперь учили стрельбе по целям береговым. Горшкову самому приходилось выходить на обстрелы неприятельских войск под Одессой. Он сделал вывод о необходимости корректировки огня и присутствия в войсках представителя флота со средствами связи.

14 сентября Военный совет Черноморского флота принял решение организовать высадку десанта под Григорьевкой, чтобы улучшить положение защитников Одессы. Командиром высадки назначили контр-адмирала Л.А. Владимирского, а капитана 1-го ранга С.Г. Горшкова – командиром десантного отряда кораблей. Так как эсминец «Фрунзе», на котором Владимирский следовал в Одессу для установления взаимодействия с отрядом высадочных средств, был потоплен немецкой авиацией, Горшкову было приказано принять командование высадкой [763] .

Горшков, готовясь к операции, приказал крейсерам принять несколько баркасов с других кораблей, провел занятие с командирами по изучению обстановки в районе высадки, предусмотрел светящийся буй в районе встречи. В состав первого броска включили корректировочные партии [764] .

Крейсера «Красный Кавказ», «Красный Крым», эсминцы «Бойкий» и «Безупречный» с десантом в ночь на 22 сентября уже были на исходных рубежах. Так как отряд высадочных средств не получил указаний от Владимирского и не прибыл, Горшков решил проводить высадку на корабельных средствах. Решительно действовавшие моряки доставили на берег первую волну десанта. Подошедший позднее отряд высадочных средств принял оставшуюся часть десанта, после чего крейсера ушли, а эсминцы, к которым присоединился «Беспощадный», продолжили огневую поддержку наступавших. В итоге высадки неприятельские войска были отброшены от Одессы с большими потерями [765] .

Адмирал флота И.С. Исаков писал позднее: «Высадка с боевых кораблей под прикрытием крейсеров и миноносцев была настолько внезапной и стремительной, а взаимодействие с поддерживавшими огнем кораблями и авиацией настолько четким, что фланг противника, упиравшийся в берег, был смят» [766] .

В ходе высадки пришло известие о присвоении С.Г. Горшкову звания контр-адмирала. Его произвели в новое звание 16 сентября 1941 года [767] .

С 13 октября 1941 года по 14 октября 1942 года Горшков командовал Азовской военной флотилией [768] .

Флотилия, сформированная решением Государственного Комитета Обороны СССР от 20 июля 1941 года, уже вскоре начала действовать. Корабли флотилии конвоировали транспортные суда, отражали атаки с воздуха. С осени 1941 года, когда германские войска приближались к Азовскому морю, флотилия приступила к поддержке действий сухопутных войск. Моряки обстреливали береговые цели, выводили из портов транспортные средства. Однако командовавший флотилией капитан 1-го ранга А.П. Александров не смог организовать управление и взаимодействие с 9-й и 51-й армиями, которые отходили под давлением неприятеля. Гитлеровцы были остановлены лишь на рубеже реки Миус. Решением наркома ВМФ СССР Александров был сменен более опытным Горшковым. Лишившись прежних баз, флотилия получила в качестве главной базы Ахтари и маневренных – Азов и Ейск. Потребовалось сформировать Ейскую военно-морскую базу. Флотилии была поставлена задача вывести суда из Ростова, уничтожить оставшиеся в Геническе плавсредства, не допустить высадки десантов на побережье от Таганрога до Темрюкского залива, обезопасить свои коммуникации, содействовать войскам Южного фронта и 51-й отдельной армии [769] .

16 ноября с разрешения Ставки были эвакуированы войска с Керченского полуострова, и единственным центром обороны Крыма стал Севастополь. В этот период возможности флотилии были невелики, да и те использовали не полностью. Так как в войсках не было представителей флота, первоначально командующему приходилось ставить задачу кораблям по радио, не зная точно обстановку. Горшков настоял, чтобы задачи флотилии ставил командующий войсками в Крыму из Керчи. Однако надежной связи с сухопутными войсками не было, не существовало планов совместных действий армии и флота при защите Керченского полуострова, и корабли привлекали к поддержке войск эпизодически [770] .

Горшков основными путями выполнения задач определил действия кораблей и авиации против неприятеля на северном побережье, создание единой с Южным фронтом противодесантной обороны восточного берега, действие против вражеских коммуникаций и конвоирование наиболее ценных транспортов. Штаб флотилии установил взаимодействие с сухопутными войсками и готовил планы боевой деятельности. Была развернута плановая и систематическая разведка, береговая и корабельная дозорная служба, налажена регулярная боевая подготовка кораблей и частей. На собраниях и совещаниях были обсуждены недостатки предшествующей деятельности. Все эти меры способствовали превращению только что созданного соединения в эффективно действующую боевую силу. После войны бывший начальник штаба флотилии A.B. Свердлов вспоминал: