Усиление религиозных гонений со стороны христиан привело к тому, что в 485 г. произошло мощное восстание самаритян, возглавленное неким Юстой. Восставшим удалось освободить от византийского владычества Самарию и ряд прилегающих районов. Юста был провозглашен царем возрожденного Израильского царства. Однако спустя несколько месяцев византийцам удалось нанести поражение самаритянам. Царь Юста был схвачен и казнен.

Непрекращающиеся притеснения со стороны византийских завоевателей привели к новому восстанию самаритян, вспыхнувшему в 529 г. и имевшему еще большие масштабы. Возглавивший его и провозглашенный царем Израиля Юлиан бен Цабар не ограничился освобождением Самарии, а двинулся дальше на юг. Самаритяне взяли Бейт-Лехем (Вифлеем) и разрушили главную святыню христиан – церковь Рождества. После этого к восстанию примкнули и иудеи. При их поддержке Юлиану бен Цабару удалось взять Хеврон. Сосредоточив в Эрец Исраэль огромные воинские силы, византийцам удалось нанести поражение еврейским повстанцам. Юлиан бен Цабар погиб, а остатки его бойцов бежали на восток, рассчитывая на помощь персов [17] .

Подавление восстаний 485 и 529 г. стало прелюдией к беспощадным религиозным гонениям против евреев, как самаритян, так и иудеев. Наряду с антиеврейским законодательством и репрессивными мерами власти проводили политику вытеснения евреев из многих районов Эрец Исраэль. Это привело к новому восстанию самаритян и иудеев, произошедшему в 566 г.

Вторжение персидских войск в Эрец Исраэль в 614 г. пробудило мессианские надежды еврейского народа. Население Галилеи восстало. Во главе восставших встал некий Нехемия бен Хушиэль [18] , которому удалось не только установить контроль над Центральной и Восточной Галилеей, где преобладало еврейское население, но и захватить город Акко, населенный в основном христианами. При активной поддержке еврейских повстанцев персы двинулись на Кесарию, продолжили наступление вдоль побережья Средиземного моря, а затем через Лод вышли к Иерусалиму. Еврейские воины участвовали в штурме Иерусалима в мае 614 г. Овладев Иерусалимом, персы передали его иудеям, которые снова поселились в нем и предприняли попытку вытеснить из города христианское население [19] . В награду за помощь персы обещали евреям самоуправление в Эрец Исраэль в рамках Персидского царства, восстановление Иерусалимского Храма и Иерусалима как еврейского города. В течение трех лет контроль над Иерусалимом оставался в руках иудеев. Нехемия бен Хушиэль стал наместником персидского царя в Эрец Исраэль. Можно предполагать, что в этот период была предпринята и попытка возобновления жертвоприношений на Храмовой горе. Однако союз персидских завоевателей с евреями оказался непродолжительным. В 617 г. персы пришли к соглашению с местными христианами, Нехемия бен Хушиэль был убит, управление Иерусалимом было передано епископу, а иудеи были снова изгнаны из него. Тогда же погиб и самаритянский первосвященник Шимон. В 629 г. персы были изгнаны византийцами, обрушившими на евреев жесточайшие преследования.

В 634 г. в Эрец Исраэль вторглись арабы [20] . Готовясь к завоеванию Эрец Исраэль, Мухаммад вступил в соглашение с евреями некоторых городов на юге страны, прежде всего Эйлата. В армии арабских завоевателей было много евреев, и жителей Эрец Исраэль, и бежавших в Аравию во время преследований со стороны византийцев, захвативших Эрец Исраэль в 629 г. Халиф Омар заключил с иудеями договор, предоставлявший им право селиться в Иерусалиме. Однако относительная веротерпимость первой династии мусульманских завоевателей, Омейядов, сменилась жестокими притеснениями немусульман в правление сменивших их Аббасидов.

Разочарование евреев, возлагавших надежды на арабских завоевателей, способствовало распространению сектантского движения среди евреев Эрец Исраэль и диаспоры. В VIII в. Иерусалим становится центром секты «Авлей Цион» («Скорбящих о Сионе»), а затем одним из центров караимизма – возникшей среди евреев Вавилонии и получившей значительное распространение секты, отвергавшей раввинистическую традицию, зафиксированную в Талмуде. Один из вождей караимов, раввин Сахл бен Мецлиах, переселился из Персии в Эрец Исраэль и призывал всех евреев диаспоры последовать его примеру. Имели место и вооруженные конфликты между евреями и арабскими завоевателями. В начале IX в. еврейское население южной части Эрец Исраэль восстало против Аббасидов под руководством Ихьи бен Иеремии.

С 969 г., когда Эрец Исраэль была завоевана Фатимидским халифатом, центр которого находился в Египте, гаонам Эрец Исраэль стал присваиваться и арабский титул «раис аль-яхуд», т. е. «глава евреев», дававший им широкие административные полномочия в отношении всех евреев Фатимидского халифата. На рубеже IX–X вв. Страной Израиля на протяжении нескольких десятков лет правили еврейские эмиры (Менаше и его сын Одайя), подчинявшиеся шиитским фатимидским халифам, не доверявшим мусульманам-суннитам и предпочитавшим опираться на евреев. Правление еврейских эмиров, резиденцией которых был город Рамла, в целом улучшило положение еврейского населения Эрец Исраэль. Однако пограничное положение страны, подвергавшейся постоянным набегам с севера и востока и служившей буферной зоной для Фатимидского халифата, вело к резкому сокращению численности населения Эрец Исраэль в целом и ее еврейского населения в частности.

Последней точкой в многовековой борьбе еврейского населения Эрец Исраэль против иноземных поработителей стал 1100 г. В этом году одному из вождей западноевропейских крестоносцев, Танкреду, удалось после продолжительной осады при поддержке венецианского флота взять резиденцию гаонов Эрец Исраэль, Хайфу. Гаон Эвьятар бен Элиягу бежал в ливанский город Триполи, где и умер в 1109 г. За год до падения Хайфы крестоносцы захватили Иерусалим, истребив все еврейское население города. Уцелели лишь немногие, сумевшие бежать в городскую цитадель «Башня Давида». Позднее им было позволено уйти в Ашкелон, остававшийся под властью фатимидских халифов.

От периода правления гаонов Эрец Исраэль сохранились многочисленные археологические памятники, среди них развалины синагог, построенных в V–XI вв., а также древнейшая из ныне действующих синагог Иерусалима – караимская синагога Анана бен Давида.

На протяжении продолжавшегося более 500 лет периода правления гаонов произошли резкие перемены в этноязыковой ситуации в Эрец Исраэль:

1. В результате массового истребления населения завоевателями, усиленной эмиграции за рубеж из-за религиозных гонений и непрерывных войн и насильственных обращений сначала в христианство, а после арабского завоевания – в ислам евреи стали меньшинством (хотя и значительным меньшинством) в своей стране. Лишь в отдельных районах Эрец Исраэль (прежде всего в Восточной Галилее и Центральной Самарии) евреи оставались большинством и к концу этого периода.

2. К концу этого периода по сравнению с его началом общая численность населения Эрец Исраэль (как еврейского, так и нееврейского) сократилась в десятки раз.

3. Уже в начале этого периода иврит был окончательно вытеснен арамейским языком из повседневного общения евреев Эрец Исраэль, сохранив лишь функции языка письменности. К концу этого периода арамейский язык, как и греческий, вытесняется арабским языком, который, как и иврит и арамейский, принадлежит к семитской группе языков.