Знявечыўшы і абрабаваўшы за два тыдні Магілёў, казакі пакінулі яго, бачачы пагрозу наступаўшага на іх войска. На Буйніцкім полі ім удалося пад прыкрыццём моцнага гарматнага агню адарвацца ад насядаўшага на іх войска палкоўніка Буйвіда і адступіць на поўдзень праз Быхаў, Рагачоў да Рэчыцы, адкуль пайшлі на Петрыкаў. Ім удалося захапіць значную частку поўдня Беларусі з Туравам, Давыд-Гарадком, Ляхвай, Пінскам, дзе «пачалі тварыць шкоду вялікую замкам і панам». I толькі вясной 1596 г. казакі Налівайкі пакінулі Беларусь і перайшлі на Валынь. Аднак там пад Лубнамі яны скора пацярпелі паражэнне. Налівайка і яго паплечнікі, выдадзеныя здраднікамі, былі адвезены ў Варшаву і там пасля жорсткіх катаванняў пакараны смерцю.

Як бачым, апроч шкоды тым месцам Беларусі, дзе дзейнічаў атрад Налівайкі, ён нічога не прынёс. Аднаўленне ўсяго разбуранага і абрабаванага ім лягло новым цяжарам на плечы працоўных мас. Такі характар і такія вынікі мелі і далейшыя казацкія ўварванні на Беларусь у XVII стагоддзі.

У вельмі цяжкіх, неспрыяльных абставінах пачалося XVII стагоддзе на Беларусі, што намнога абцяжарыла яго гісторыю гэтага часу. I першым вялікім няшчасцем быў страшэнны голад. У 1601 г. з прычыны ненармальных метэаралагічных умоў выпаў зусім ранні снег і праляжаў два тыдні, калі з палёў не была ўбрана вялікая частка ўраджаю. Выратаваць яго, як снег растаў, з прычыны холаду не ўдалося. Не было ўмоў і для якаснага пасеву азімага жыта. Усё гэта і прывяло ў 1602 г. да голаду. Вельмі выразную і жудасную карціну гэтага няшчасця падаў летапісец: «Людей множество почали мерти, по пятеру, по тридцати у яму хоронили. Хворых, голодных, пухлых многое множество страх видети гневу божого».

Многія жыхары Беларусі разам са сваімі сем’ямі, ратуючыся ад галоднай смерці, ішлі «на Ніз», г. зн. на поўдзень, на Украіну. Стоячы ў каго-небудзь пад вокнамі, яны жаласліва прасілі хлеба: «Матухно, зезулихно, утохно, панюшко, сподариня (як бачым, гэта слова не штучна ўтворанае, як часамі сцвярджаецца, яно спрадвеку ўжывалася нашым народам — М. Е.), слонце, месец, звездухно, дай крошку хлеба. Тут же подле ворот будет стояти з рання до обеда и до полудня, так просячи, так же другой под плотом и умрет».

Зразумела, што такая трагічная падзея намнога абцяжарвала жыццё народа, што выклікала ў ім незадаволенасць сваім становішчам і штурхала яго на рашучыя дзеянні. Яскравым сведчаннем гэтага з’яўляецца Магілёўскае паўстанне 1606–1610 гг. Насельніцтва горада, абуранае свавольствам рады, у якую ўваходзілі прадстаўнікі багацеяў і якія ўвесь цяжар падаткаў і павіннасцей перакладалі на нізы, падняло паўстанне. Ім кіравала група рамеснікаў на чале са Стахорам Мітковічам. У ратушу ўварваліся паўстанцы, запатрабаваўшы ад рады спыніць яе злоўжыванні. Замест таго каб выканаць гэта патрабаванне, была прынята спроба арыштаваць кіраўнікоў паўстання, што не ўдалося, дзякуючы рашучай падтрымцы народа. 25 чэрвеня 1606 г. ратуша была захоплена вялікай масай паўстанцаў, і старая рада разагнана, а замест яе ўтворана новая рада, у якую ўвайшлі Стахор Мітковіч, шабельнік Мікіта, ганчар Міхалка, шавец Фёдар і іншыя рамеснікі. Як бачым, у Магілёве ўтварылася сапраўды народная ўлада. Калі некаторыя члены старой рады аказалі супраціўленне, яны не былі знішчаны, а пасаджаны ў турму.

Магілёўскія падзеі сур’ёзна ўстрывожылі ўлады Рэчы Паспалітай. Але задушыць паўстанне ў гэты момант у іх не было патрэбных сіл, паколькі значная частка войска была занята паходам на Маскву. I таму кароль Жыгімонт III звярнуўся да новай рады з лістом, у якім патрабаваў спыніць бунт і падначаліцца старой радзе. Але гэта было рашуча адхілена. Не мела поспеху і спроба раскалоць новую раду шляхам навязаць ёй патрабаванне пасля заканчэння яе паўнамоцтваў перадаць уладу старой радзе.

Гэта ўлада існавала на працягу чатырох гадоў. Зразумела, без шырокай падтрымкі народа яна б не змагла так доўга пратрымацца. I яна была сапраўды народнай уладай. А менавіта гэта і з’явілася самым небяспечным для тагачасных уладароў дзяржавы, якія разумелі заражальны прыклад існавання такой улады для ўсяго народа. I яны ўсё зрабілі, каб задушыць яе, для чаго ў Магілёў у 1610 г. і было паслана войска. Калі паўстанцы за час сваёй улады не забілі ніводнага свайго праціўніка, то з імі расправа была выключна жорсткай: частка кіраўнікоў паўстання была павешана, частка на доўгія гады пасаджана ў турмы.

Магілёўскае паўстанне 1606–1610 гг. — яркае сведчанне непрымірымасці нашага народа да сваіх прыгнятальнікаў, яго здольнасці самастойна змагацца за сваё вызваленне і браць уладу ў свае рукі, не прыбягаючы да грубага гвалту і забойстваў. I ў гэтым карэннае адрозненне магілёўскіх падзей ад казацкіх уварванняў на Беларусь.

Менавіта ў самым пачатку XVII ст., пасля смерці першага уніяцкага мітрапаліта М. Рагозы, які не вызначаўся асаблівым імкненнем ва ўмацаванні царкоўнай уніі, на яго месца стаў Іпацій Пацей. I з яго пачалося ўзмоцненае ўкараненне яе. Ён адразу прад’явіў патрабаванне да ўсяго праваслаўнага духавенства неадкладна пераходзіць у унію, адначасова пагражаючы суровым судом тым, хто будзе ўхіляцца ад гэтага. А такія сапраўды былі, і супроць іх пачаліся ганенні. Так, не толькі быў выдалены з Віленскага Свята-Духаўскага манастыра за свае прамовы супроць уніі С. Зізаній, але і сам манастыр зачынены. Такі ж лёс напаткаў і Супрасльскі манастыр, а таксама шмат праваслаўных цэркваў.

Такімі ж гвалтоўнымі мерамі, як і Пацей у пашырэнні уніі, вызначаўся і Іасафат Кунцэвіч. Хоць нарадзіўся ён у сям’і шаўца ва Уладзіміры-Валынскім, аднак рана апынуўся ў Вільні, і ўсё яго далейшае жыццё і дзейнасць звязаны з Беларуссю. Працуючы ў краме аднаго купца, ён часта наведваў Свята-Троіцкі манастыр. I калі гэты апошні быў пераданы уніятам, Кунцэвіч таксама перайшоў у унію і, стаўшы манахам, змяніў сваё імя Іван на Іасафат. I з гэтага часу ён становіцца рашучым прапаведнікам уніі. Яго старанні былі заўважаны, і ён прызначаецца на розныя духоўныя пасады. У 1617 г. ён становіцца уніяцкім біскупам у Полацку, дзе асабліва разгарнулася яго дзейнасць па пашырэнні уніяцтва. Вядома ж, усе яго неадкладныя патрабаванні да праваслаўных святароў пераходзіць у унію і пераводзіць туды сваю паству не маглі не выклікаць гневу з боку праваслаўнага насельніцтва, што і прывяло ў 1623 г. да забойства Кунцэвіча ў Віцебску.

Але ўсё зробленае I. Пацеем i I. Кунцэвічам гвалтоўнымі жорсткімі мерамі не мела шчыльнай сувязі паміж сабой, было раз’яднаным і таму патрабавала ўнутранага з’яднання. Вось гэта справа і выпала на долю наступнага уніяцкага мітрапаліта Вільяміна Руцкога, які заняў гэту пасаду пасля смерці I. Пацея ў 1613 г. Руцкі быў сынам маскоўскага ваяводы, які ў 1568 г. пасля паражэння ў бітве на р. Уле перайшоў на жыццё ў BKЛ.

В. Руцкі спачатку папаў пад уплыў езуітаў, якія ўбачылі ў ім адоранага вялікім розумам чалавека. Па іх ініцыятыве ён быў пасланы ў Рым, дзе ў грэцкай калегіі і атрымаў высокую адукацыю. Пасля, вярнуўшыся ў 1605 г. у Вільню, прыняў манаскі чын. Скора ён узначаліў Свята-Духаўскі манастыр, які к гэтаму часу стаў уніяцкім, а таксама уніяцкую школу і уніяцкае брацтва.