Но судьба его детей, как он узнал позже, оказалась поистине достойной жалости. Его дочь умерла вскоре после того, как попала в гарем султана. Его сын, которому исполнилось всего восемнадцать лет, отверг заигрывания Мехмеда и был казнен.

Франдзиса и его жену ничто более не удерживало в стране, управляемой османами. Они уехали на Пелопоннес в поисках протекции у младшего брата императора Фомы Палеолога. Франдзис служил при дворе Фомы до 1460 года, когда Мехмед захватил и этот регион. Он вместе с Фомой был вынужден бежать на остров Корфу, принадлежавший Венеции.

Франдзис продолжал служить при дворе в изгнании в качестве посла Фомы, совершая поездки во все княжества Италии, но преимущественно в Рим и Венецию. В 1468 году, возможно, побужденный к этому смертью жены, он ушел в монастырь, посвятив оставшееся время до своей смерти в 1477 году написанию «Хроники». Этот документ, учитывая высокое положение Франдзиса, стал наиболее важным историческим свидетельством о последних днях Византийской империи.

Мегадука Нотарас, которого Франдзис втайне терпеть не мог за то, что тот доставил столько трудностей его возлюбленному императору, пережил иную драму.

Когда его схватили вместе с другими сановниками, его личность стала известна всем. Рассказывают, что Нотарас явился к султану, предлагая ему деньги и сокровища. Правда это или нет, но султан поначалу выказал снисходительность и к придворному, и к другим министрам. Мехмед даже навестил больную жену Нотараса. Поэтому высокопоставленные византийские дворяне начали питать некоторые надежды на светлое будущее. Но должно быть, кто-то шепнул повелителю на ухо, что у Нотараса есть юный сын поистине исключительной красоты. Спустя какое-то время султан послал к Нотарасу гонца, требуя привести ему мальчика.

В этот момент Нотарас, член императорской семьи, казалось, вдруг вспомнил, что в его жилах течет благородная византийская кровь. Он наотрез отказался выполнить приказ завоевателя.

Ответ султана был скор: все были обезглавлены. Нотарас обратился к солдатам, выполнявшим казнь, умоляя их убить первым его юного сына, чтобы мальчик не видел смерть своего отца. После того как его сын и его племянник тех же лет были убиты, Нотарас подставил свою шею.

Мехмед воспользовался этим предлогом как возможностью избавиться от всех оставшихся в живых византийских государственных деятелей. Так он и поступил. В действительности же султан с самого начала намеревался покончить с византийским правящим сословием, это было лишь вопросом времени.

Жена Нотараса, ставшая после смерти императрицы-матери самой высокопоставленной дамой в империи, была отправлена в Адрианополь. Там она заболела и умерла. Из всей семьи мегадуки выжила только его дочь, которую он еще до осады отправил в Венецию вместе с большей частью семейного состояния.

Кардинал Исидор, столь ненавистный противникам унии, что они с Нотарасом почти не разговаривали друг с другом на военных советах, тоже был захвачен османскими солдатами. Он был ранен в голову, повязка частично скрывала его лицо. Кроме того, Исидор сменил свой великолепный доспех на лохмотья нищего. Поэтому туркам, схватившим его, не пришло в голову, что это был второй из самых важных разыскиваемых людей в городе — посланник папы. По слухам, злополучный нищий, с которым Исидор обменялся одеждой, был тоже схвачен и немедленно обезглавлен.

Исидору же продолжало везти. Турецкие солдаты, которым он достался вместе с другими пленниками, спешили обратить свою добычу в деньги. Поэтому они отвели его и других рабов в генуэзскую колонию в Пере, чтобы поскорее продать. Таким образом, кардинал был избавлен от тягот пути в Адрианополь.

Генуэзец, выкупивший эту группу рабов и немедленно отпустивший их на свободу, явно не имел понятия о том, что Исидор находился среди них. Следующие восемь дней Исидор провел в Галате, переходя из дома в дом. Но ситуация сделалась для него еще более опасной, когда султан потребовал, чтобы Пера сдалась и тоже перешла под управление турок.

Переодетый небогатым греком, кардинал сел на турецкий корабль, следовавший в Малую Азию. После весьма трудного путешествия из Анатолии он наконец-то прибыл в генуэзскую колонию Фокею. Некоторые из жителей, к великому отчаянию Исидора, узнали его. Несмотря на то что этот регион формально находился под властью Генуи, его окружали османские земли.

Исидор снова решил бежать. Он нанял небольшое судно и успешно добрался до острова Хиос, которым владели генуэзцы. Зная, что его тем не менее могут опознать в любой момент, кардинал скрылся на борту венецианского корабля, который собирался идти на Крит. Только добравшись до Крита, он впервые смог почувствовать себя в безопасности. Остров находился далеко от османских земель, он был колонией Венеции — единственного государства, которое совершенно недвусмысленно выказало свою антиосманскую позицию.

На Крите Исидор провел около шести месяцев. Там он написал два послания к папе, одно — своему доброму другу Виссариону, одно — венецианскому дожу, и еще одно, адресованное всем благочестивым христианам. В этих посланиях он весьма подробно рассказал об обстоятельствах, сопутствовавших захвату Константинополя.

Считается, что в конце ноября того года он вернулся в Рим, заехав по пути в Венецию. Исидор неустанно работал, чтобы организовать крестовый поход против турок, но умер в 1463 году, спустя десять лет после падения Константинополя, так и не дождавшись воплощения своей мечты.