В 1940 г. СССР аннексировал Эстонию, Латвию и Литву. Ровно через год полновластными хозяевами балтийских стран — так называемого генерал-губернаторства «Остланд» — были немцы, через несколько недель после оккупации приступившие к вербовке добровольцев в полицейские части. В конце июля шеф полиции правопорядка получил в свое распоряжение первую партию эстонцев — 400 человек. В этом случае Бергер несколько промедлил: когда вербовщики СС прибыли в Остланд, вермахт уже сформировал 8 батальонов, которые были отправлены в группу армий «Норд». Во время зимнего контрнаступления русских под Москвой балтийские батальоны действовали в резерве группы армий «Центр». Они сражались достойно, но понесли жестокие потери. Когда на северном фланге Восточного фронта наметилась угроза прорыва, ОКХ решило провести мобилизацию и отправить на передний край литовские, латвийские и эстонские части. На этот раз Гиммлеру удалось опередить армию и полностью монополизировать селекцию, а также идеологическую и политическую подготовку прибалтов. Между тем русское контрнаступление захлебнулось, а идея создания балтийских СС осталась.

Умело манипулируя чувством патологического национализма, жадностью и политической неискушенностью эстонских коллаборационистов и их вождей, Бергер исподволь внушал руководству страны, что право на автономию нужно завоевать кровью. Благодаря усилиям хитроумного вербовщика эстонское руководство заговорило о необходимости формирования вооруженных сил Эстонии уже в 1942 г. Гиммлер заинтересовался эстонской программой СС, но отложил ее реализацию на более позднее время. «Заманчиво, но чревато неожиданностями», — такую резолюцию наложил рейхсфюрер СС на запрос Бергера.

Обострение ситуации на Восточном фронте летом 1943 г. заставило Гиммлера вернуться к рассмотрению эстонского вопроса. Так в конце августа 1942 г. в рядах Ваффен СС появились первые эстонские добровольцы — ядро будущего Эстонского легиона. В январе 1943 г. во время инспекционной проверки учебных заведений СС Гиммлер посетил одну из школ унтерфюреров Ваффен СС, где проходили спецподготовку 54 легионера из Эстонии. 13 января в Берлине, выступая перед руководителями отделов и ведомств Главного и оперативного управлений СС, рейхсфюрер с удовлетворением констатировал:

«В расовом отношении эстонцы практически ничем не отличаются от немцев. После выбраковки отдельных элементов этот маленький народ — 900 000 человек — без какого-либо вреда для германской нации может ассимилироваться в рейхе».

Вслед за Эстонией марионеточное правительство Латвии начало зондировать почву на предмет создания собственных вооруженных сил. Проинструктированный Гиммлером рейхскомиссар Остланда заметил, что «на данном этапе можно вести речь только о создании полицейских батальонов в составе Ваффен СС, а в зависимости от ситуации — о Латышском легионе. В связи с кризисом на Сталинградском фронте Гитлер удовлетворил представление рейхсфюрера СС о создании добровольческого латвийского формирования.

Через несколько месяцев после официального объявления о формировании прибалтийских добровольческих частей 15 000 латышей и 6 500 эстонцев подали заявления о вступлении в Ваффен СС. На этот момент в Эстонском легионе проходили службу 700 эстонских добровольцев и 200 немецких волонтеров. Элементарная нехватка казарменных помещений, не говоря уже об оружии и снаряжении, затрудняли выполнение программы, так что из всех желающих на службе в СС к апрелю 1943 г. оказались только 2 500 латышей и 3 000 эстонцев.

Проблемы с численностью личного состава испытывали и германские легионы СС, которые, как известно, были последовательно переформированы в бригады и позднее в дивизии. Такая же судьба ждала и добровольцев Балтии.

После завершения военной подготовки в полевых лагерях СС балтийские легионы были переформированы и усилены. Эстонский легион, усиленный несколькими полками 1 пехотной бригады СС, получил официальное название Эстонская добровольческая бригада СС, а Латышский легион вместе с частью 2 пехотной бригады СС — Латышская добровольческая бригада СС. Прибалтийские бригады не стали национальными формированиями в составе Ваффен СС, поскольку основная часть усиливших их пехотинцев СС были либо фольксдойче, либо коренными немцами.

Вскоре после этого Гиммлер подписал приказ о переформировании легионов в дивизии и формировании 3-й прибалтийской дивизии на базе полицейских батальонов СС. Развитие событий показало, что на добровольной основе третью дивизию сформировать не удастся, поэтому в генерал-губернаторстве Остланд был принят закон о всеобщей воинской обязанности, распространявшийся только на эстонцев и латышей 1915–1924 года рождения (причем призыв осуществлялся только в войска СС), а литовцев как «расово неполноценный и ненадежный элемент» в СС не брали.

В 1944 г. были сформированы 15 пехотная дивизия СС (латышская № 1), 19 пехотная дивизия СС (латышская № 2) и 20 пехотная дивизия СС (эстонская № 1). После того как Гиммлер приступил к формированию собственных армейских корпусов, обе латвийские дивизии входили в состав 6 (латвийского) добровольческого армейского корпуса СС. В ходе советского наступления 1944 г. все три балтийские дивизии принимали участие в тяжелых оборонительных боях. 19 дивизия попала в окружение и была полностью уничтожена в Курляндском котле. 15 дивизия сражалась в Померании, а несколько полков приняли участие в обороне Берлина. 20 дивизия была переброшена в Силезию, а после отступления в Богемию сдалась в плен англо-американским союзникам.