Весной 1669 г. Разин переплыл на восточный берег Каспийского моря, где разгромил туркменские улусы. В одной из стычек он потерял своего товарища Сергея Кривого. Казаки расположились на Свином острове. Здесь на них напал персидский флот с 4 тысячами воинов. Персы потерпели полное поражение. Только три судна успели спастись с командующим флотом Менеды-ханом, но его сын и дочь попали в плен к победителям. Ханская дочь стала наложницей атамана, о чем и поется в русской народной песне.

Казаки понимали, что им следует возвращаться на родину. В начале августа в Астрахани снова услышали о Разине. Начались переговоры между воеводой Семеном Львовым и атаманом Степаном Разиным. Шесть выборных казаков отправились в Москву, для того чтобы принести царю челобитную. Их выслушали, отпустили, но они не вернулись к Разину. Воеводы в Астрахани стали требовать от Разина перед его отпуском на Дон сдачи всех имевшихся у него пушек. Атаман казаков, отдав государю 21 пушку и морские струги, 20 пушек оставил у себя. Затем Разин с казаками отправился на Дон. 1 октября он приплыл к Царицыну. Поступил приказ, чтобы казаков в город не впускать и вина им не продавать. Но простой люд, видя в Разине защитника от боярской и царской власти, перешел на его сторону. Он был впущен в Царицын без сопротивления. В Царицыне возник конфликт между Разиным и воеводой. Воеводе пришлось спасаться от толпы разинцев, на волю были выпущены «тюремные стрельцы», воеводе и чиновникам угрожали расправой.

Долго думал Степан Тимофеевич, что ему делать, и решил поднять народ против бояр-угнетателей и царя. С этого времени Стенька «опрокидывается на государство».

Покинув Царицын, Разин сделал земляной город на острове недалеко от впадения в Дон Северского Донца, между Кагальником и Ведерниковом, пригласил к себе из Черкасс жену и брата Фрола. Дон разделился: в Черкассах, казачьем центре, сидело старое войсковое правительство во главе с атаманом Войска Донского Корнилом Яковлевым, другое, более сильное войско было у Разина. Численность войска Степана Тимофеевича с каждым днем увеличивалась. В ноябре у него уже было около 3 тысяч человек. Вскоре Разин прибыл в Черкассы. Видя, что сила не на его стороне, Яковлев отказался от атаманства. Разин начал «сбивать» с Дона священников, этих подозрительных для него «царских богомольцев».

Из города Черкассы Разин ушел в Паншин Городок, куда прибыл к нему знаменитый донской атаман Василий Ус. Всего набралось казаков тысяч семь. Был объявлен поход на Царицын. Город был окружен. Простой люд Царицына открыл казакам городские ворота. Воевода Тимофей Тургенев с приближенными людьми закрылся в башне. На другой день вход в башню взломали, Тургенева казнили. Разин укрепил Царицын. Под стенами города он разбил войско стрельцов. Затем казакам объявили поход на Москву.

Разин, однако, изменил свой план, он не пошел на столицу, а спустился вниз по Волге к Астрахани. Князь Иван Прозоровский начал готовить город к защите от восставшего народа. Но стрельцы, защитники Астрахани, уже давно ждали Разина с казаками. Подойдя к городу, Разин предложил Прозоровскому сдаться. Был получен отказ. Тогда ночью горожане дали возможность казакам взобраться на стены и проникнуть в город. Прозоровский был тяжело ранен копьем в живот. Казаки жестоко поступили с теми, кто не хотел им сдаваться: было убито свыше 400 человек. После убийств начался грабеж. Затем жители Астрахани присягнули на верность атаману Степану Тимофеевичу.

Летом 1670 г. на 200 судах Разин с войском поплыл вверх по Волге. Берегом шли две тысячи конницы. Атаман занял Саратов, Самару, 4 сентября он подошел к Симбирску, но город уже укрепился. Под стенами города состоялся бой. Воевода Данила Борятинский был побит, но не разбит.

К Разину шли чувашские, мордовские, русские крестьяне. Целый месяц Разин стоял у городских стен, но Симбирск устоял. Снова сразились Разин и Борятинский. В этом бою казаки были разбиты, а Разин получил две раны. Степан с близкими друзьями решил покинуть свое войско. Казаки сели на суда и уплыли. Борятинский быстро расправился с остатками войска Разина. В плен попало до 600 человек, все были убиты.

Бездействие казаков в Астрахани, упорная защита Симбирска Иваном Милославским и победа Данилы Борятинского погубили Разина и его дело. К началу 1671 г. Разин потерял и силы и власть, хотя народное волнение ширилось и охватило страну между Окой и Волгой. Когда Степан вторично подошел к Самаре, то горожане в город его не впустили. Саратовцы сделали то же самое. Тогда атаман подался на Дон, но и там именитые казаки его не поддержали. В феврале 1671 г. восставшие подошли к Черкассам, но у местного населения на этот раз Разин сочувствия не имел. Между тем Корнил Яковлев сносился с Москвой. 14 апреля старые, именитые казаки подступили к Кальницкому, где тогда находился Разин, сожгли городок, схватили Степана и его брата Фрола. В июне 1671 г. атамана Степана Тимофеевича Разина четвертовали в Москве. Таким образом, народное восстание, охватившее значительную часть России в 1670 — 1671 г., было подавлено.

После расправы с Разиным царь сосредоточил свои силы на мятежном Соловецком монастыре. Этот монастырь против царского войска держался более семи лет. В августе 1672 г. на Соловецкие острова был отправлен отряд с 726 стрельцами, но они не смогли усмирить мятежников. Лишь в январе 1676 г. защитники монастыря были покорены и то из-за предательства одного из монахов.

Не было спокойствия и в Запорожье. Казаки перебили русских послов и начали думать об отходе от Москвы. Подбивал их на это гетман Правобережной Украины Петр Дорошенко. Однако в это время гетман Левобережной Украины Иван Брюховецкий был пока на стороне царя. Казаки никак не могли «переварить» Андрусовское перемирие. У многих знатных казаков из Правобережья на Восточной Украине остались деревеньки, местечки и села. В конце концов Брюховецкий все-таки изменил России. Он открыто выступил против царя. Петр Дорошенко и митрополит Киевский Иосиф Тукальский уговорили Брюховецкого перейти на их сторону. В конце 1667 г. на Украине начались волнения. Казаки разоряли крестьян, решительно прогоняли из украинских городов московских воевод. Поляки внушали казакам мысль об отходе от России. Татары и гетман Западной Украины Дорошенко перешли на восточный берег Днепра. Произошла очередная ссора двух гетманов, которая окончилась тем, что казаки в 1668 г. убили Брюховецкого. После этого Петр Дорофеевич Дорошенко возвратился на западный берег Днепра, он считался уже гетманом всей Украины. В результате измены Брюховецкого Россия потеряла 48 городов и местечек, 74 тысячи ратных людей. Старшим на восточном берегу Днепра Дорошенко оставил черниговского полковника Демьяна Многогрешного. Но как только Дорошенко покинул Восточную Украину, народ снова потянулся к Москве.

Однако вскоре положение Дорошенко оказалось тяжелейшим. С помощью татар гетманом Украины избрали Петра Суховея (или Суховенко). Петр был писарем в Запорогах (Запорожье). Ему исполнилось 23 года. Обычно он ездил в Крым для переговоров с татарами и, видимо, имел поддержку крымского хана. Суховей отправил Дорошенко послание, о котором указывал, что тот больше не может называться гетманом Украины, так как он, Суховей, является «гетманом ханского величества». Из шести тысяч казаков только половина пошла за Дорошенко. Тяжело пришлось этому гетману Украины между Польшей, Россией и Крымом. Он не устраивал никого: ни одну из противоборствующих стран, ни казаков. Собравшееся в Глухове казачество избрало своим гетманом Многогрешного.

В октябре 1668 г. в Москве стало известно об отречении от польского престола Яна Казимира. В короли Польши была выдвинута кандидатура русского царевича Алексея Алексеевича. Ордин-Нащокин отговаривал царя от этой нереальной затеи. Начались переговоры, в которых участвовал Ордин-Нащокин. Как и следовало ожидать, переговоры затянулись и были безрезультатны. В Варшаве новым королем избрали князя Михаила Корибута Вишневецкого.

О последних годах жизни Афанасия Лаврентьевича Ордина-Нащокина нет сведений. Ясно одно, что он за свои прогрессивные идеи попал в опалу и был отправлен в 1672 г. в Крылецкий монастырь (в 12 верстах от Пскова) под именем Антония (умер в 1680 г.).