16 августа русские войска попытались штурмом одолеть Смоленск. В этом бою погибло 7 тысяч русских воинов, раненых насчитывалось более 15 тысяч. Но поляки не сдавали город. Они начали переговоры. Договорились о сдаче города. В сентябре под стенами Смоленска происходило явление, обратное тому, какое видели здесь в 1634 г. Теперь уже польские воеводы, выходя из города, били челом и клали знамена перед московским царем. После взятия Смоленска Алексей Михайлович направился в Вязьму. По дороге он узнал о сдаче поляками г. Дубровна.

Между тем из Москвы поступили сведения о том, что там свирепствует мор. Началось воровство, люди бежали из тюрем. Царская семья вынуждена была выехать из столицы. Она сначала прибыла в Калязинский монастырь. 21 октября к Алексею Михайловичу в Вязьму прибыла жена с детьми. Много людей погибло также от мора в Костроме, Нижнем Новгороде, Калуге, Переяславле-Рязанском, Переяславле-Залесском.

Война продолжалась на территории Белой Руси (Белоруссии). В ноябре с боем был взят Витебск. Затем начались неудачи. Могилев снова перешел к Польше. Хмельницкий на Украине действовал неуверенно, вяло. Так завершился 1654 год.

1655 год начался с неприятных известий. К полякам вновь перешли города Орша и Озерище. Наконец-то активизировал военные действия Хмельницкий, против которого действовали поляки и их союзники крымские татары. В январе войска воеводы Василия Шереметева и Богдана Хмельницкого встретились с польскими войсками под Ахматовом. Здесь русские и казаки в сильные морозы два дня отбивались от превосходящих сил и затем отступили к Белой Церкви, где соединились с войском Федора Бутурлина. Украина была сильно опустошена поляками и татарами. Зимой казаки взяли Бобруйск, Глуск, Королевскую Слободу. Но Могилев возвратить не удалось.

В мае 1655 г. Алексей Михайлович снова выехал к войскам в Смоленск. В августе русские заняли Вильно, Ковно (Каунас), Гродно. Хмельницкий подошел к Львову. Он взял с осажденных 60 тысяч злотых и ушел с войском к Люблину. Князь Волконский сжег Пинск. Поляки были побиты на Белых Песках, в 150 верстах от Бреста. Сражения происходили и в других местах.

Поляки, вымотанные войной, пошли на мирные переговоры. Алексей Михайлович считал несомненным, что все его завоевания останутся за ним, и он уже называл себя громким титулом «...всея Великия и Малыя и Белыя России самодержец, Литовский, Волынский, Подольский...». Но внезапно на польской земле вместо короля Яна Казимира появился новый опасный соперник — швед Кард X Густав. Видя затруднительное положение Польши, он напал на нее без предупреждения и овладел ею. Польша признала Карла своим королем. Ян Казимир бежал в Силезию. Гетман Литвы Януш Радзивилл подчинился шведскому королю. Он стал величать себя великим гетманом Швеции, Великого княжества Литовского, воеводой Виленским.

В октябре 1655 г. в Москву явились небывалые гости — австрийские послы. Для Австрии было опасным падение союзной католической Польши и усиление враждебной протестантской Швеции. Император Священной Римской империи, эрцгерцог Австрии Фердинанд III явился посредником между русским царем Алексеем Михайловичем и польским королем Яном Казимиром. Его целью было прекращение русско-польской войны и, возможно, обращение русского оружия против Швеции. Царь возвратился в Москву из похода в ноябре 1655 г. В начале 1656 г. была достигнута договоренность о прекращении военных действий с Польшей.

Но теперь вновь столкнулись интересы России и Швеции. Алексей Михайлович хотел восстановить против Швеции Данию. В Копенгаген для переговоров направили стольника — князя Данилу Мышецкого.

15 мая 1656 г. русское войско под предводительством воеводы Петра Потемкина отправилось освобождать земли, прилегающие к Финскому заливу. Но эти земли Россия смогла возвратить лишь через 50 лет. 15 июля свыше 3 тысяч русских воинов выступило против шведов в Ливонии. 31 июля пал город Динабург (Двинск). В городе спешно построили церковь Св. Бориса и Глеба и город назвали Борисоглебов (Борисоглебск). Затем был взят Кокенгаузен (Кокнес). Этот старинный город Кукейнос был переименован в Царевичев Дмитрий. 23 августа войска осадили Ригу, но генерал граф Магнус Делагарди города не сдал. Русские сняли осаду Риги и ушли в Полоцк, им сдались Ниеншанц и Дерпт. На этом военные действия России в Ливонии закончились.

В Полоцке Алексей Михайлович стал ожидать результатов переговоров России с Польшей. 12 августа на первом совещании польских и русских послов князь Иван Никитич Одоевский потребовал уступить России все Великое княжество Литовское, а также возместить военные расходы: 800 тысяч рублей за 1654 г. и 500 тысяч рублей за 1655 г. В свою очередь, поляки выставили ответные требования.

В начале 1657 г. шведский король Карл X Густав уже потерял надежду удержать за собой все королевство Яна Казимира и стал искать союзников. Между Карлом, Рагоци и Хмельницким был заключен договор, по которому Украина навсегда признавалась отделенной от Польши, Великая Польша, Данциг и Приморье отходили к Швеции, Малая Польша, Литва, Мазовия и Галицкая Русь переходили к Австрии.

27 июля 1657 г. умер знаменитый гетман Украины Богдан Хмельницкий. 26 августа Рада выбрала гетманам Украины Ивана Евстафьевича Выговского, но с одной оговоркой, что при достижении совершеннолетия гетманом будет Юрий Хмельницкий, младший сын Богдана. Выговский не пользовался уважением казаков, так как он был выходцем из шляхтичей. Попытка нового гетмана поднять казаков против Москвы не удалась.

Новый, 1658-й год у казаков начался казнью некоторых полковников, которые выступили против Выговского. Гетман еще хитрил, делал вид, что служит русскому царю, хотя давно защищал польские интересы. 6 сентября Выговский и волынский кастелян Станислав Беневский выработали условия, при которых запорожское войско должно было опять перейти под власть Польши. Выговский получил все, что хотел.