В 1547 г. летом в Москве приключился небывалый пожар. Все горело. Погибли 1700 человек (младенцев никто не считал). Пожаром воспользовались противники Глинских. Иоанну шепнули, что Москва сгорела от волшебства некоторых злодеев. Царь назначил расследование. Горожан собрали на Соборной площади в Москве и спросили, кто сжег Москву. Кто-то назвал Глинских. Многие не верили, что такое может свершиться, но Юрия Глинского тут же на площади схватили и умертвили. Погиб родной дядя царя. Народ разграбил имущество Глинских, никто не унимал это беззаконие.

Царь с женой спасались в загородном Воробьевском дворце, куда устремились разгневанные толпы народа. Неожиданно перед ними предстал удивительный человек, священник Благовещенского собора Сильвестр, родом из Новгорода. Он с видом пророка обратился сначала к народу, а затем к царю — стал укорять его за легкомыслие, заклинал быть ревностным исполнителем государственных уставов. Сильвестр потряс душу Иоанна, овладел его сердцем и произвел чудо. Иоанн стал другим человеком, он раскаялся в своих грехах. Иоанн подружился также с дворянами незнатного происхождения Алексеем и Данилой Адашевыми. Алексей стал любимцем царя, он был образованным, имел чистую душу, приятный разум, благие нравы.

С этого периода начинается эпоха славы Иоанна, новой, ревностной деятельности в правлении, ознаменованная государственными успехами и великими намерениями.

В течение трех лет Иоанн, в основном, опирался на Сильвестра и Адашева. Мудрая умеренность, человеколюбие, дух кротости и мира стали для царя и его приближенных правилом. Изменился и двор: в Думе появились новые бояре — дядя царицы Кошкин-Захарьин, Хабаров (верный друг несчастного Иоанна Бельского), князья Куракин-Булгаков, Данило Пронский, Дмитрий Палецкий, дочь которого удостоилась чести быть супругой 16-летнего брата царя князя Юрия Васильевича. Иоанн женил и Владимира Андреевича (двоюродного брата) на Евдокии на рода Нагих.

Царь приказал собрать в Москву со всех концов России представителей разных народностей. Он выступил перед собравшимися с пламенной речью, в которой каялся перед народом о принесенном ранее зле и обещал исправиться, стоять за справедливость. «Отныне я судья ваш и защитник», — так окончил свою речь Иоанн. Алексею Адашеву было поручено принимать челобитные от бедных, сирот, обиженных. Народ вместе с царем плакал от умиления.

Иоанн успешно действовал на дипломатическом поприще. Он заключил мир с Литвой. К этому времени (1548 г.) король Польши и великий князь Литвы Сигизмунд I уже умер, а его сын Август, преемник трона, больше занимался любовными делами.

Боярская Дума как высший совет функционировала при великих князьях с X века. Деятельность ее носила совещательный характер; Дума участвовала в обсуждении вопросов законодательства, внешней политики, внутреннего государственного устройства, религии. При Боярской думе находился еще один совет, состоящий из самых приближенных к великому князю (а затем и царю) людей. Он назывался Ближней думой (Тайной или Комнатной думой). Роль Ближней думы была очень велика.

Иоанн ввел царский Судебник (законодательство), который был утвержден первым в России Земским собором и введен в 1550 г. Этот Судебник в России называли второй "Русской Правдой" и он явился важным шагом на пути централизации страны.

23 февраля 1551 г. Иоанн собрал в Москве "Стоглавый" собор знатных людей, духовенства, сановников, где произнес речь, в которой говорилось, в частности, и об изменении российских законов. Собор одобрил предложения царя об избрании присяжных, старост, целовальников. Здесь же утвердили все внесенные Иоанном постановления.

Царь, «устроив державу», предложил духовенству «устроить» и церковь. Были заведены духовные училища в Москве и других городах страны.

Иоанн принял меры к просвещению России. В страну их-за рубежа пригласили более 150 человек — художников, аптекарей, типографов, лекарей, ремесленников и других специалистов, но Ганза и Ливонский Орден воспрепятствовали этому, и приглашенные до России не доехали. Лишь несколько человек из их числа тайными путями добрались до Москвы.

Царь продолжал борьбу с татарами. Первый поход 17-летнего Иоанна на Казань (1547—1550 гг.) был неудачным. Возвратившись в Москву, он поставил во главе войска Дмитрия Бельского. Когда русские били татар в одном месте, те в это же время разоряли села в другом — выше по Волге, у г. Галич. Царь был недоволен исходом военных действий.

Крымский хан Саип-Гирей продолжал грозить мечом Иоанну. Воинственные крымские татары захватили Астрахань (1547 г.), до основания разрушили город и оставили там своего ставленника.

В марте 1549 г. Казань лишилась хана. Сафа-Гирей погиб, будучи пьяным. У него остался двухлетний сын Утемиш-Гирей. Вельможи возвели младенца на престол. Иоанн решил воспользоваться создавшейся ситуацией и стал собирать войска. Царь 24 декабря 1549 г. выехал из Москвы сначала во Владимир, а затем в Нижний Новгород, где все полки соединились. 14 февраля 1550 г. войска подошли к Казани. Русские правители впервые были под стенами татарской столицы, впервые видели ее мощные укрепления. Шестидесятитысячное войско решилось на штурм города, но он не удался, перешли к осаде. Однако последний час Казани еще не настал, она мужественно сопротивлялась. Стоял конец февраля 1550 г., наступила оттепель, пошли дожди. Прекратился подвоз к войску провизии, начался голод. Нехотя русские войска сняли осаду Казани и потянулись в Москву, 25 марта 1550 г. царь возвратился в столицу. Ответственность за неудачный поход на Казань Иоанн возложил на главного воеводу князя Дмитрия Бельского, который безусловно не был виновным. Вскоре после похода Бельский умер.