Племена Старшего жуза отличались разрозненностью из-за многочисленных контактов с Джунгарией, Средней Азией, Восточным Туркестаном. Они зачастую выбирали себе собственных ханов и даже не съезжались с племенами Среднего и Младшего жузов на традиционных курултаях. Так, в рассказе сарта Нурмухаммеда говорится, что «в Кайсацкой орде было два хана: первый – в Большой, а другой в Средней и Меньшой ордах, и владели от Большой орды ханы Ташкентом и другими к нему принадлежащими городами, а Средней и Малой Туркестаном с прочими городами».

Сарт Нурмухаммед перечислял и ханов, управлявших Ташкентом в конце XVII – начале XVIII вв.: Иман, Рустам, Абдулла, Исфендияр, Турсун, Урус, Джахангир. Как видно, правителей городов было много, причем другие источники называют еще несколько имен. Свой хан был почти в каждом городе, а большими городами могли управлять даже два не зависимых друг от друга хана. В основном с правителями Среднего, а потом и Младшего жуза отношения поддерживал лишь Толе-бий.

В 1681 г. началась новая и далеко не самая последняя война в истории Казахского ханства против джунгар, инициатором которой стал хунтайджи Галдан. Подчинив Восточный Туркестан, правитель Джунгарии всерьез задумался о создании новой кочевой империи, но только в качестве официальной религии для этого государства он рассматривал лишь буддизм.

Вот что рассказывали сами ойраты представителям русских властей о причинах конфликта с казахами: «Верами де они, калмыцкой Бушухту хан (Галдан – Р. Т.) и Казачья Орда, разны: Бушухту хан де их с калмыки с ыными Орда верует в Далай ламу, а Казачья де Орда верует особливо по крымски в Махмета, обрезываютца по бусурменски. И посылал де Бушухту хан в Казачью Орду, чтоб они съединичались и веровали с ним, калмыцким Бушухту ханом, и с ыными Орды в одного Далай их ламу. Оттого де с ними учинилась и ссора, потому что они не похотели по калмыцки в Далай ламу веровать».

Как видно из процитированного отрывка, джунгарские послы не оставили выбора новоиспеченному казахскому хану. Вряд ли он мог поступить как-то иначе, если ханская ставка находилась буквально в двух шагах от мусульманской святыни – мавзолея Ходжи Ахмеда Яссави.

В отместку Галдан решил нанести удар по присырдарьинским городам. В 1681 г. он совершил первую попытку овладеть Сайрамом, но взять город джунгарским войскам в тот раз не удалось. В 1683 г. джунгарские войска предприняли еще одну попытку, однако и она оказалась безуспешной. Овладеть Сайрамом джунгары сумели лишь в 1684 г. Взяты и разрушены были и такие города, как Манкент, Караспан, Чимкент, Текес, Бабанолген, Карамурт и Чиназ. Жители Ташкента предпочли не оказывать сопротивление и добровольно признать власть джунгарского хунтайджи, обязавшись уплачивать дань. Отстоять казахам удалось лишь Туркестан, где находился сам Тауке. В ходе этой кампании в плен к джунгарам угодил даже сын Тауке, которого Галдан отправил к Далай-Ламе. Последний же за подобные свершения на поприще распространения буддизма пожаловал Галдану титул Бошокту-хана «Благословенный хан». Таким образом, Галдан стал первым джунгарским правителем, который получил титул хана. Это было откровенное нарушение принципов Ясы, и вряд ли было благоприятно воспринято казахским ханом, гордившимся чистотой своей крови.

Спустя некоторое время джунгары под давлением казахов оставили присырдарьинские города, вывезя оттуда многих ремесленников в Восточный Туркестан. Но адекватный ответный удар казахам удалось нанести только в 1688 г., когда Тауке воспользовался войной джунгарского правителя с халха-монголами. По всей видимости, казахи на этот раз действовали в союзе с бухарским ханом. В отписке полномочного посла Ф. А. Головина сообщалось: «А Тевкихан де собрал воинских людей з городов своих многое число да из Большие Бухареи Сабангул хан прислал к нему же, Тевки хану, в помочь людей тысяч з десять. И хотел де итти он, Тевки хан, со своими и с присланными воинскими людьми воевать колмыцкого Бушухту хана».

Внезапное нападение оказалось очень успешным, и казахи взяли огромную добычу, а также множество женщин и детей, в очередной раз потеснив джунгар из значительной части Жетысу (Семиречья). Успехи казахов, в свою очередь, очень тяжело сказались на племенах енисейских кыргызов, находившихся в вассальной зависимости от джунгарского хунтайджи. По этому поводу летом 1689 г. красноярский воевода И. Башковский доносил следующее: «И были де на Киргиской земле трое калмыцких тайшей и брали де они, тайши, у них, киргиз, коней и коров и всяким скотом. А как де те тайши из Киргиз ушли, и после того пришли на Киргискую ж землю трое ж тайшей, а с ними 20 человек. И те де последние трое тайшей брали с них, киргиз, всяким скотом половинной скот. Да они ж де, тайши, переписали у них киргиз, женеск пол – вдов и девок для того, что де их калмыцкого тайшу Бужухту хана развоевали Казачья Орда».

В годы правления Тауке-хана существенно осложнились и отношения с Россией, хотя вначале казалось, что они начинают налаживаться. Когда в 1686 г. в степи был разграблен караван российских татар Теуш-мергена и Ергенека, хан Тауке приложил все усилия, чтобы помочь этим купцам вернуть имущество и добраться до родины.

В 1687 г. Тауке-хан направил посольство во главе с Ташим-батыром в Тобольск и освободил захваченных прежде русских пленников, тем самым продемонстрировав свои намерения жить в мире с могущественным соседом. В ханском письме, доставленном посольством, говорилось: «Меж нами тма живота не дорого, надобно слава добрая меж нами; ныне подданным людем надобно покой и послы и торговые люди меж нами ездили, добрая слава меж нами хорошая будет без шерти на свете».

В зиму 1689–1690 гг. в Тобольске встретили еще одно посольство от хана Тауке во главе с Туманчи-батыром. Но затем ситуация изменилась, и с 1690 г. казахи совершили ряд набегов на русские приграничные поселения. По всей видимости, эти набеги, в которых очень активное участие принимали и каракалпаки, были организованы людьми, просто искавшими батырской славы. Хан Тауке впоследствии отрицал свою причастность к подобным нападениям, и в действительности он при всем желании не смог бы обуздать организаторов и участников подобных нападений. Хотя по этому поводу существует и другая точка зрения, представленная видным советским историком В. Я. Басиным: «Казахи вынуждены были противостоять продвижению царских войск, в глубь казахской степи. Поэтому набеги не являлись “разбоем ”, а имели характер наступательно-оборонительной тактики, вытекавшей из специфических особенностей их борьбы с царизмом».