Получив отказ русского правительства, Яков II не оставил намерения использовать столь преданного и способного соратника как П. Гордон в интересах британского престола. В ответ на просьбу князя В.В. Голицына прислать в Россию «посла или посланника» [1862] Яков II 25 октября 1686 г. назначил Гордона британским чрезвычайным посланником в Москве [1863] . По традиции, сложившейся в Московии в XVII в., этот дипломатический ранг был вторым по значимости и выше статуса резидента. Таким образом, Патрик Гордон представлял при русском дворе интересы своего монарха на более высоком уровне, чем постоянный агент главной соперницы Англии — Республики Соединенных провинций — резидент барон Й.В. ван Келлер, находившийся в Москве с 1677 г. по 1698 г. [1864]

Хотя в начале февраля 1687 г. в Лондоне уже были готовы «верительные грамоты, инструкции и снаряжение» [1865] для чрезвычайного посланника Якова II в Москве, в России Гордона не утвердили в новой должности официально по причине его пребывания на царской военной службе [1866] . Тем не менее, Д.Г. Федосов отмечает, что «и без формального дипломатического ранга он на высоком уровне представлял интересы своего законного сюзерена в России» [1867] . Данные источников позволяют установить, что с 1686 г. вплоть до своей смерти в 1699 г. [1868] П. Гордон выполнял традиционные дипломатические функции: пытался урегулировать торговые отношения между двумя странами, информировал правительство Якова II о внутренней и внешней политике России, направлял в Лондон инструкции о приеме русских послов [1869] . В то же время Патрик Гордон регулярно информировал русский двор о положении в Британии. В 1689 г. прибывший в Москву польский агент де ла Невилль (француз по происхождению) был изумлен информированностью князя В.В. Голицына о положении дел на Британских островах [1870] . Отечественный историк А.Б. Соколов полагает, что главным источником сведений для него явился дьяк Василий Постников, побывавший в 1687 г. с миссией в Лондоне [1871] , однако А. Брикнер доказывает, что «Голицын своим знанием английских дел был обязан главным образом Гордону» [1872] . Последнее подтверждается сведениями «Дневника» шотландского генерала [1873] . Таким образом, важнейшим итогом бурных событий 1686 г. явилось то, что Патрик Гордон, фактически, стал главным доверенным лицом и агентом Якова II в России.

На дипломатическом поприще генерал Гордон выступил уже в первые месяцы после прибытия в Россию в 1686 г. В частности, он использовал регулярные контакты с влиятельным князем В.В. Голицыным, чтобы смягчить «дурное мнение о нашем короле» [1874] , сложившееся при русском дворе, где о Якове II говорили, что «он горделив выше всякой меры» [1875] .

«Славная революция» 1688–1689 гг. предоставила П. Гордону возможность активнее проявить себя в роли дипломата, поскольку ему пришлось защищать при русском дворе права своего государя на потерянный им престол. В деятельности Патрика Гордона в России в качестве агента и представителя Якова II ключевое значение имели четыре фактора: роль, которую он играл в Немецкой слободе, личное влияние на царя Петра I, широкие связи с русской аристократией и, наконец, тот факт, что благодаря своим обширным знакомствам по всей Европе и интенсивной переписке, «шкоцкий» генерал «Петрушка» Гордон был, по мнению Д.Г. Федосова, самым информированным человеком в России [1876] .

Благодаря своей опытности, талантам и быстрому усвоению местных традиций и обычаев, П. Гордон задолго до «Славной революции» выдвинулся на первое место среди иноземцев, проживавших в Московском государстве. С одной стороны, в качестве неофициального главы Немецкой слободы он мог оказывать влияние на политическую позицию других британских подданных и вступать в переговоры с дипломатическими представителями европейских дворов, пребывавших в Москве. С другой, высокое положение П. Гордона, занимаемое им среди иностранцев, находившихся на русской службе, повышало его значение как политической фигуры в глазах российской элиты [1877] .

Важнейшим каналом влияния П. Гордона при русском дворе являлись его близкие отношения с Петром I3. А. Брикнер и Д.Г. Федосов убедительно доказывают, что из числа иноземцев ближайшим соратником первого русского императора был именно Патрик Гордон, а не женевец Франц Лефорт, который появился в ближайшем окружении Петра Великого значительно позднее [1878] . Поворотным моментом в военной и дипломатической карьере П. Гордона в России стал переворот 1689 г., в результате которого была низложена правительница Софья и началось фактически единоличное царствование Петра I. Согласно данным источников, в конце 1689–1690 гг. шотландский генерал вошел в круг ближайших приближенных молодого русского царя, на которых тот пытался опереться в первые годы своего единовластного правления [1879] . По всей видимости, подобной чести П. Гордон был обязан, прежде всего, тем, что в сентябре 1689 г. сыграл ключевую роль в переходе на сторону Петра иноземных офицеров и в целом Немецкой слободы, что оказалось немаловажным фактором в конечной победе молодого царя в его противоборстве с партией Милославских [1880] .

О повышении политического статуса П. Гордона в России после прихода к власти Петра I свидетельствуют следующие факты. Согласно данным архивных и опубликованных источников, с января 1690 г. он участвовал в обсуждении важных государственных дел в официальном кругу приближенных Петра I [1881] . С мая 1690 г. по личному приглашению государя он принимал участие в крупнейших торжествах при русском дворе, на которых шотландский генерал чествовал молодого царя в кругу виднейших бояр и русских сановников [1882] . Главный якобитский агент в России был удостоен чести присутствовать на приеме Петром I послов иностранных держав [1883] .

С сентября 1689 г. П. Гордон получил возможность ежедневно бывать в обществе царя на военных учениях и парадах. Дневниковые записи генерала свидетельствуют, что с декабря 1689 г. он регулярно бывал во всех царских дворцах [1884] . Наконец, 30 апреля 1690 г. во время первого в русской истории посещения царем Немецкой слободы Петр I остановился именно в доме П. Гордона [1885] . Впоследствии такие визиты стали регулярными [1886] . «Шкоцкий» генерал сопровождал будущего русского императора во время Кожуховского и Азовских походов, где он если и не номинально, то по существу был главным полководцем [1887] . П. Гордон был ближайшим соратником Петра I не только в военных и государственных делах. Они часто вместе проводили часы досуга [1888] .

Постоянное нахождение в обществе Петра I давало «чрезвычайному посланнику» Якова II в России возможность обсуждать важнейшие события и в их числе — политическое положение Британии после «Славной революции» и планы Якова II и его сторонников [1889] . В письмах своим коммерческим агентам в Лондоне П. Гордон просил приобрести для него «книги или документы, призывающие к поддержке короля Якова» [1890] . Современные шотландские историки полагают, что, опираясь на данные политические трактаты, П. Гордон в беседах с Петром I отстаивал права своего сюзерена на британский престол [1891] . Вероятно, не в последнюю очередь благодаря влиянию своего шотландского наставника Петр I так и не решился направить в Лондон посольство с целью поздравить Вильгельма III с капитуляцией последней крупной крепости, удерживаемой якобитами на Британских островах — ирландского города Лимерика [1892] .