Когда в октябре 1641 г. парламент собрался вновь, в третьем королевстве Карла, Ирландии, разразилась собственная революция, и в Англии положение начало склоняться в сторону вооружённого конфликта. Ирландцы, чрезвычайно раздражённые «всеобъемлющей» политикой Уэнтворта и боявшиеся теперь попасть под владычество пуританского парламента, дерзнули на бунт, видя, что английское правительство разваливается в самом своём центре. В октябре ирландские католики, как джентри, так и крестьяне, с именем короля поднялись против преемника Страффорда на посту лорда-лейтенанта и в ходе бунта вырезали часть населения Ольстера, пресвитерианской «плантации», созданной при Якове. Новости о резне привели в ужас английских протестантов, доведя до паранойи их вечные подозрения насчёт «папистского» заговора против английских свобод. Пошли разговоры, что за бунтовщиками стоят Карл и его королева в надежде воспользоваться армией ирландских католиков против своих английских подданных. Эта вера в обширный иностранный заговор против свободы станет неизменной чертой революционного синдрома. Во времена американской революции колонисты были убеждены, что политика Георга III служит выражением британского заговора против традиционных свобод, в годы французской революции «патриоты» считали, что вокруг сплошные заговоры аристократов и неприсягнувших священников, стакнувшихся с Питтом и Кобургом.

В практическом отношении ирландский бунт снова поставил проблему формирования и содержания армии, а главное, возможности доверить её Карлу. Будет ли он её использовать только против ирландцев, которые, между прочим, заявляли о своей поддержке короля, или первым делом бросит против парламента? Враждебность к королю переросла чуть ли не в панику, клика Пима потребовала предъявить ему «Великую ремонстрацию», где в истерическом тоне подробно перечислялись все злоупотребления, совершённые им с самого начала царствования. Этот подстрекательский документ был принят большинством всего в 11 голосов (159 против 148), что свидетельствовало об углублении раскола в парламенте. Такое разделение подтолкнуло Карла к ответному выступлению, и в январе он попытался арестовать Пима, Хэмпдена и ещё трёх парламентариев. Когда палата общин отказалась их выдать, Карл лично пришёл за ними в палату с парой сотен солдат, но обнаружил, что «птички упорхнули». Они нашли укрытие в Лондоне, куда за ними вскоре последовала вся палата общин, создав комитет в Гилдхолле под защитой лондонцев. В итоге радикальные парламентарии прибрали к рукам городской совет Сити, очистив его от ненадёжных элементов, а также его милицию — «обученные отряды». С этого момента столица стала бастионом парламентского движения, которое получило в своё распоряжение (конечно, под соответствующий процент) её немалые богатства для финансирования армии. (Английская валюта со времён Елизаветы до девальвации 1930-х гг. в основном отличалась стабильностью, в Англии не было кризиса инфляции, какой случился во Франции.)

Карл после провала попытки, недвусмысленно обнаружившей его нежелание соглашаться с конституционной революцией предыдущего года, уехал из столицы в Йорк. Торжествующая палата общин в ответ выслала ему билли об исключении епископов из палаты лордов, явно нарушавшем «старинную конституцию», и передаче командования ополчением парламенту («Ордонанс о милиции»), что представляло собой откровенную узурпацию главной королевской прерогативы. Так как Карл забрал с собой Большую государственную печать, парламент самовластно присвоил себе право издавать «ордонансы», то есть осуществлять законодательную власть, вводить налоги и управлять всеми государственными делами без короля. Страна оказалась в патовой ситуации. В июне парламент представил королю «Девятнадцать предложений», кодифицирующих вышеуказанные изменения; король, естественно, их не принял. В июле парламент создал Комитет общественной безопасности в качестве временного исполнительного органа, действующего вместо короля, и поставил во главе армии графа Эссекса. Через месяц король поднял в Ноттингеме королевский штандарт, и противостояние переросло в вооружённый конфликт.

Война, в особенности гражданская, всегда оказывает радикализирующее действие. Она милитаризует политику и тем самым обостряет все политические и идеологические расхождения. Таким образом, по мере продолжения войны конституционные и религиозные проблемы, разделявшие английское общество, постепенно приобретали все более серьёзный характер.

Король, твёрдо убеждённый в своём божественном праве на власть и повиновение подданных, избрал тактику переговоров и, если необходимо, компромиссов ради того, чтобы выиграть время, дожидаясь раскола среди противников, каковой уже произошёл однажды в конце 1641 г. Этим объяснялось его неизбежное и неизменное двуличие, так как до самого конца он верил, что рано или поздно победит. Парламенту же гораздо сложнее было выработать стратегию. С одной стороны, он очень долго ставил целью не разгромить короля по всем статьям, а лишь заставить его утвердить тот или иной вариант «Девятнадцати предложений». С другой стороны, парламентарии в глубине души сознавали, что сама природа королевской власти, возможно, не позволит Карлу добровольно пойти на компромисс.

В спорах по вопросу о войне выделились три партии: партия «мира как можно скорее», партия «ограниченных боевых действий» и партия «войны до полной победы». Учитывая натуру короля, время играло на руку последней группе.

Страна раскалывалась медленно и неохотно, и в этом процессе не прослеживалось чётких социальных или географических закономерностей. В общих чертах юг и восток поддерживали парламент, а север и запад — роялистов, что примерно соответствовало разграничению между развитой и отсталой частями страны. Но при этом Лондон твёрдо стоял за «круглоголовых», а Бристоль, второй по значению город Англии, — за «кавалеров». В восточной Англии, регионе в основном сельском, преобладали пуритане, отчасти благодаря близости и влиянию кальвинистских Нидерландов. Представители всех социальных слоёв, от великих пэров до простых ремесленников, встречались в обоих лагерях, хотя люди «низшего сорта» играли более громкую и заметную роль на стороне парламента. Одним словом, в действительности раскол происходил по идеологическим принципам — политическим и религиозным.

В военном отношении изначально король обладал преимуществом, в частности, поскольку в его лагере насчитывалось больше военных профессионалов, таких, как принц Руперт, заслуживший рыцарские шпоры во время Тридцатилетней войны. Парламенту же после первых военных неудач пришлось создавать собственное профессиональное войско. Его самую эффективную боевую силу составляла набранная из ремесленников и крестьян армия Восточной ассоциации под командованием Кромвеля — знаменитые «железнобокие». В 1644 г. их слили с другими военными частями, организованными парламентом, в «армию нового образца». «Нового» — потому что «Ордонансом о самоотречении» все члены парламента, кроме Кромвеля, устранились от военного руководства, предоставив ведение войны профессионалам. Она представляла собой примерно 50-тысячное вооружённое формирование под началом сэра Томаса Фэрфакса, Кромвель командовал кавалерией.

С политической точки зрения, парламент пользовался поддержкой шотландцев, официальным воплощением которой служил Комитет обоих королевств. А так как религия всегда переплеталась с политикой, то одновременно с этим союзом была создана Вестминстерская ассамблея из пресвитерианских богословов двух стран. В 1643 г. парламент и шотландцы заключили между собой «Торжественную лигу и Ковенант», поклявшись реформировать религию в Англии, Шотландии и Ирландии «по Слову Божьему и по образцу лучших реформатских церквей». Это означало введение пресвитерианства на всей территории Британских островов, отмену парламентом епископата, но не открывало дверь ни индепендентам, ни конгрегационной организации церковного управления. Предполагалось сохранить единую национальную церковь и единую ортодоксию. Разумеется, подобное положение оказалось неприемлемым для растущего числа индепендентов-конгрегационалистов, особенно в армии, и Кромвель разделял их позицию. В результате пресвитерианство не удалось ввести де-факто по всей Англии, на деле в стране ширился религиозный плюрализм.

В той же политической сфере парламенту пришлось стать настоящим правительством. Налоги повысились в несколько раз по сравнению с теми, что существовали при Карле. Они легли тяжким бременем на всё население, особенно на низшие классы, и в целом 1640-е гг. стали периодом экономической разрухи и депрессии. После отмены епископата церковные земли были конфискованы и проданы, королевские владения также проданы или выставлены на аукцион вместе с поместьями некоторых пэров-роялистов.

С помощью всех перечисленных мер парламент к 1646 г. выиграл войну против Карла, 14 июня одержав победу при Несби. Королевская столица, Оксфорд, капитулировала, король сдался шотландцам. Парламент передал ему новый пакет предложений по преодолению кризиса, включавших признание пресвитерианского Ковенанта и предоставление парламенту контроля над армией на двадцать лет. Карл, видя явно намечающийся разлад между парламентскими пресвитерианами и армейскими индепендентами, отказался принять условия парламента. В итоге шотландцы выдали его парламенту за 400 тыс. фунтов, которые король им задолжал. Эту сумму пресвитерианскому парламенту предоставили финансовые воротилы лондонского Сити.